P60906 (SYH_ECOLI) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 1, 2013.
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Names·Attributes·General annotation·Ontologies·Sequence annotation·Sequences·References·Cross-refs·Entry info·DocumentsCustomize orderNames and origin
| Protein names | Recommended name: Histidine--tRNA ligase EC=6.1.1.21 Alternative name(s): Histidyl-tRNA synthetase Short name=HisRS | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Escherichia coli (strain K12) [Reference proteome] [HAMAP] | ||||
| Taxonomic identifier | 83333 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Bacteria › Proteobacteria › Gammaproteobacteria › Enterobacteriales › Enterobacteriaceae › Escherichia › ![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 424 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Catalytic activity | ATP + L-histidine + tRNA(His) = AMP + diphosphate + L-histidyl-tRNA(His). HAMAP-Rule MF_00127 |
| Subunit structure | Homodimer. |
| Subcellular location | |
| Sequence similarities | Belongs to the class-II aminoacyl-tRNA synthetase family. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Protein biosynthesis |
| Cellular component | Cytoplasm |
| Ligand | ATP-binding Nucleotide-binding |
| Molecular function | Aminoacyl-tRNA synthetase Ligase |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Direct protein sequencing Reference proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological_process | histidyl-tRNA aminoacylation Inferred from direct assay PubMed 4591623. Source: EcoCyc |
| Cellular_component | cytoplasm Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-SubCell |
| Molecular_function | ATP binding Inferred from electronic annotation. Source: HAMAP histidine-tRNA ligase activityInferred from direct assay PubMed 4591623. Source: EcoCyc |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Initiator methionine | 1 | 1 | Removed HAMAP-Rule MF_00127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 2 – 424 | 423 | Histidine--tRNA ligase HAMAP-Rule MF_00127 | PRO_0000136161 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 16 – 34 | 19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 35 – 37 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 45 – 48 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 49 – 56 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 58 – 60 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 61 – 65 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 68 – 71 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 77 – 80 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 85 – 95 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 103 – 112 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 123 – 134 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 138 – 154 | 17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 158 – 160 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 162 – 167 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 171 – 176 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 178 – 182 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 225 – 227 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 231 – 245 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 246 – 248 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 251 – 253 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 260 – 262 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 266 – 272 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 281 – 287 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 291 – 294 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 302 – 308 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 309 – 319 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 320 – 322 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 330 – 335 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 340 – 354 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 360 – 362 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 369 – 379 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 382 – 387 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 389 – 394 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 396 – 401 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 402 – 404 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 407 – 411 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 412 – 423 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | M11843 Genomic DNA. Translation: AAA03226.1. U00096 Genomic DNA. Translation: AAC75567.1. AP009048 Genomic DNA. Translation: BAA16401.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | SYECH. A23890. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_417009.1. NC_000913.2. YP_490742.1. NC_007779.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | P60906. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| SMR | P60906. Positions 4-424. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-35894N. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P60906. 2 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| MINT | MINT-1236095. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | 511145.b2514. | ||||||||||||||||||||||||||||||
2D gel databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| SWISS-2DPAGE | P60906. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| PaxDb | P60906. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | P60906. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| EnsemblBacteria | AAC75567; AAC75567; b2514. BAA16401; BAA16401; BAA16401. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 12931595. 946989. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | ecj:Y75_p2467. eco:b2514. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PATRIC | 32120421. VBIEscCol129921_2613. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| EchoBASE | EB0448. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| EcoGene | EG10453. hisS. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | COG0124. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HOG000018072. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| KO | K01892. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | CGGGNFK. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtClustDB | PRK00037. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| BioCyc | EcoCyc:HISS-MONOMER. ECOL316407:JW2498-MONOMER. MetaCyc:HISS-MONOMER. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| SABIO-RK | P60906. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | P60906. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | 3.40.50.800. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| HAMAP | MF_00127. His_tRNA_synth. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR002314. aa-tRNA-synt_IIb_cons-dom. IPR006195. aa-tRNA-synth_II. IPR004154. Anticodon-bd. IPR015807. His-tRNA-ligase. IPR004516. HisRS/HisZ. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PANTHER | PTHR11476. PTHR11476. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF03129. HGTP_anticodon. 1 hit. PF00587. tRNA-synt_2b. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PIRSF | PIRSF001549. His-tRNA_synth. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| SUPFAM | SSF52954. Anticodon_bd. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR00442. hisS. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS50862. AA_TRNA_LIGASE_II. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||
| DrugBank | DB00131. Adenosine monophosphate. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | P60906. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | SYH_ECOLI | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P60906 Secondary accession number(s): P04804 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Prokaryotic Protein Annotation Program | ||||||||
Relevant documents
| Aminoacyl-tRNA synthetases List of aminoacyl-tRNA synthetase entries |
| Escherichia coli Escherichia coli (strain K12): entries and cross-references to EcoGene |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with
