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UniProtKB/Swiss-Prot P60022 (DEFB1_HUMAN)
Last modified
June 16, 2009.
Version 67.
History...
Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (6) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Beta-defensin 1 Short name=BD-1 Short name=hBD-1 Alternative name(s): Defensin, beta 1 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 68 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Has bactericidal activity By similarity. |
| Subcellular location | |
| Tissue specificity | Plasma. |
| Sequence similarities | Belongs to the beta-defensin family. |
| Mass spectrometry | Molecular mass is 3928±0.5 Da from positions 33 - 68. Determined by ESI. Ref.5 |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Cellular component | Secreted |
| Coding sequence diversity | Polymorphism |
| Domain | Signal |
| Molecular function | Antibiotic Antimicrobial Defensin |
| PTM | Disulfide bond |
| Technical term | 3D-structure Direct protein sequencing |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | G-protein coupled receptor protein signaling pathway Traceable author statement. Source: ProtInc chemotaxisTraceable author statement. Source: ProtInc defense response to bacteriumInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW innate immune responseNon-traceable author statement. Source: UniProtKB |
| Cellular component | extracellular region Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-SubCell |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Signal peptide | 1 – 21 | 21 | Potential | |||||||||||||
| Propeptide | 22 – 32 | 11 | Ref.5 | PRO_0000006899 | ||||||||||||
| Peptide | 33 – 68 | 36 | Beta-defensin 1 | PRO_0000006900 | ||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||
| Disulfide bond | 37 ↔ 66 | |||||||||||||||
| Disulfide bond | 44 ↔ 59 | |||||||||||||||
| Disulfide bond | 49 ↔ 67 | |||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||
| Natural variant | 38 | 1 | V → I: dbSNP rs2738047. | VAR_018405 | ||||||||||||
| Natural variant | 48 | 1 | A → V: dbSNP rs1800967. | VAR_014925 | ||||||||||||
| Natural variant | 67 | 1 | C → S: dbSNP rs1800968. | VAR_014926 | ||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||
| Helix | 34 – 39 | 6 | ||||||||||||||
| Beta strand | 43 – 47 | 5 | ||||||||||||||
| Beta strand | 54 – 59 | 6 | ||||||||||||||
| Turn | 60 – 63 | 4 | ||||||||||||||
Sequences
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "The human beta-defensin-1 and alpha-defensins are encoded by adjacent genes: two peptide families with differing disulfide topology share a common ancestry." Liu L., Zhao C., Heng H.H.Q., Ganz T. Genomics 43:316-320(1997) [PubMed: 9268634] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA / MRNA]. |
| [2] | Zhao C. Submitted (OCT-1996) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA]. Tissue: Kidney. |
| [3] | "Human airway epithelia express a beta-defensin." McCray P.B. Jr., Bentley L. Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 16:343-349(1997) [PubMed: 9070620] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA / MRNA]. |
| [4] | "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)." The MGC Project Team Genome Res. 14:2121-2127(2004) [PubMed: 15489334] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA]. Tissue: Colon and Skin. |
| [5] | "hBD-1: a novel beta-defensin from human plasma." Bensch K.W., Raida M., Maegert H.-J., Schulz-Knappe P., Forssmann W.-G. FEBS Lett. 368:331-335(1995) [PubMed: 7628632] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] OF 33-68, PROTEIN SEQUENCE OF 33-68, MASS SPECTROMETRY. Tissue: Kidney, Plasma and Vagina. |
| [6] | "Chemical synthesis of beta-defensins and LEAP-1/hepcidin." Kluever E., Schulz A., Forssmann W.-G., Adermann K. J. Pept. Res. 59:241-248(2002) [PubMed: 12010514] [Abstract] Cited for: SYNTHESIS OF 33-68. |
| [7] | "The structure of human beta-defensin-1: new insights into structural properties of beta-defensins." Hoover D.M., Chertov O., Lubkowski J. J. Biol. Chem. 276:39021-39026(2001) [PubMed: 11486002] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (1.2 ANGSTROMS) OF 33-68. |
| [8] | "Structure determination of human and murine beta-defensins reveals structural conservation in the absence of significant sequence similarity." Bauer F., Schweimer K., Kluever E., Conejo-Garcia J.-R., Forssmann W.-G., Roesch P., Adermann K., Sticht H. Protein Sci. 10:2470-2479(2001) [PubMed: 11714914] [Abstract] Cited for: STRUCTURE BY NMR OF 33-68. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| U50931, U50930 Genomic DNA. Translation: AAC51728.1. X92744 mRNA. Translation: CAA63405.1. U73945 mRNA. Translation: AAB49758.1. BC033298 mRNA. Translation: AAH33298.1. BC047677 mRNA. Translation: AAH47677.1. Z50788 mRNA. Translation: CAA90650.1. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00022290. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | S66282. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_005209.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.32949 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein family/group databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TCDB | 1.C.85.1.1. pore-forming β,-defensin (β,-Defensin) family. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PeptideAtlas | P60022. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | P60022. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENSG00000164825. Homo sapiens. [Contig view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 1672. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:1672. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC08M006715. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0025569. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:2766. DEFB1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 602056. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA27243. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | P60022. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | P60022. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | P60022. GKAKCCK. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P60022. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | P60022. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_DEFB1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000164825. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR001855. Defensin_beta. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00711. Defensin_beta. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 6880. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PMAP-CutDB | P60022. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | DEFB1_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P60022 Secondary accession number(s): Q09753 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 8 Human chromosome 8: entries, gene names and cross-references to MIM |
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| Human polymorphisms and disease mutations Index of human polymorphisms and disease mutations |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
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