P56076 (TPIS_HELPY) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
Last modified
January 25, 2012.
Version 74.
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Names·Attributes·General annotation·Ontologies·Sequence annotation·Sequences·References·Cross-refs·Entry info·DocumentsCustomize orderNames and origin
| Protein names | Recommended name: Triosephosphate isomerase Short name=TIM EC=5.3.1.1 Alternative name(s): Triose-phosphate isomerase | ||||||
| Gene names |
| ||||||
| Organism | Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (Campylobacter pylori) | ||||||
| Taxonomic identifier | 85962 [NCBI] | ||||||
| Taxonomic lineage | Bacteria › Proteobacteria › Epsilonproteobacteria › Campylobacterales › Helicobacteraceae › Helicobacter |
Protein attributes
| Sequence length | 234 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Catalytic activity | D-glyceraldehyde 3-phosphate = glycerone phosphate. HAMAP MF_00147_B |
| Pathway | Carbohydrate biosynthesis; gluconeogenesis. HAMAP MF_00147_B Carbohydrate degradation; glycolysis; D-glyceraldehyde 3-phosphate from glycerone phosphate: step 1/1. HAMAP MF_00147_B |
| Subunit structure | Homodimer By similarity. HAMAP MF_00147_B |
| Subcellular location | Cytoplasm By similarity HAMAP MF_00147_B. |
| Sequence similarities | Belongs to the triosephosphate isomerase family. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Gluconeogenesis Glycolysis Pentose shunt |
| Cellular component | Cytoplasm |
| Molecular function | Isomerase |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Reference proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | gluconeogenesis Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW glycolysisInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW pentose-phosphate shuntInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Cellular component | cytoplasm Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-SubCell |
| Molecular function | triose-phosphate isomerase activity Inferred from electronic annotation. Source: EC |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 234 | 234 | Triosephosphate isomerase HAMAP MF_00147_B | PRO_0000090228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 90 | 1 | Electrophile By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 159 | 1 | Proton acceptor By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 8 | 1 | Substrate By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 10 | 1 | Substrate By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 4 – 8 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 15 – 28 | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 31 – 33 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 34 – 36 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 37 – 40 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 43 – 45 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 52 – 56 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 62 – 68 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 75 – 80 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 85 – 88 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 91 – 95 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 101 – 113 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 117 – 122 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 126 – 131 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 133 – 144 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 154 – 158 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 161 – 163 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 172 – 185 | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 192 – 197 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 200 – 202 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 203 – 207 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 214 – 218 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 219 – 222 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 224 – 231 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| [1] | "The complete genome sequence of the gastric pathogen Helicobacter pylori." Tomb J.-F., White O., Kerlavage A.R., Clayton R.A., Sutton G.G., Fleischmann R.D., Ketchum K.A., Klenk H.-P., Gill S.R., Dougherty B.A., Nelson K.E., Quackenbush J., Zhou L., Kirkness E.F., Peterson S.N., Loftus B.J., Richardson D.L., Dodson R.J. Venter J.C.Nature 388:539-547(1997) [PubMed: 9252185] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. Strain: ATCC 700392 / 26695. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | AE000511 Genomic DNA. Translation: AAD07261.1. | ||||||||||||
| PIR | B64544. | ||||||||||||
| RefSeq | NP_206993.1. NC_000915.1. | ||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||
| ProteinModelPortal | P56076. | ||||||||||||
| SMR | P56076. Positions 2-234. | ||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||
| DIP | DIP-3273N. | ||||||||||||
| MINT | MINT-166065. | ||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||
| GeneID | 899983. | ||||||||||||
| GenomeReviews | Gene locus HP_0194 in contig AE000511_GR. | ||||||||||||
| KEGG | hpy:HP0194. | ||||||||||||
| NMPDR | fig|85962.1.peg.191. | ||||||||||||
| PATRIC | 20591609. VBIHelPyl33062_0204. | ||||||||||||
| TIGR | HP_0194. | ||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||
| HOGENOM | HBG708281. | ||||||||||||
| OMA | FFKDKNF. | ||||||||||||
| ProtClustDB | PRK00042. | ||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||
| HAMAP | MF_00147_B. TIM_B. [Tree] | ||||||||||||
| InterPro | IPR013785. Aldolase_TIM. IPR022896. TrioseP_Isoase_bac/euk. IPR000652. Triosephosphate_isomerase. IPR020861. Triosephosphate_isomerase_AS. [Graphical view] | ||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:3.20.20.70. Aldolase_TIM. 1 hit. | ||||||||||||
| KO | K01803. | ||||||||||||
| PANTHER | PTHR21139. Triophos_ismrse. 1 hit. | ||||||||||||
| Pfam | PF00121. TIM. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| SUPFAM | SSF51351. Triophos_ismrse. 1 hit. | ||||||||||||
| PROSITE | PS00171. TIM_1. 1 hit. PS51440. TIM_2. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||
Entry information
| Entry name | TPIS_HELPY | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P56076 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Prokaryotic Protein Annotation Program | ||||||||
Relevant documents
| Helicobacter pylori Helicobacter pylori (strain 26695): entries and gene names |
| PATHWAY comments Index of metabolic and biosynthesis pathways |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with