P53602 (MVD1_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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January 25, 2012.
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| Protein names | Recommended name: Diphosphomevalonate decarboxylase EC=4.1.1.33 Alternative name(s): Mevalonate (diphospho)decarboxylase Short name=MDDase Mevalonate pyrophosphate decarboxylase | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 400 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Performs the first committed step in the biosynthesis of isoprenes. |
| Catalytic activity | ATP + (R)-5-diphosphomevalonate = ADP + phosphate + isopentenyl diphosphate + CO2. Ref.1 |
| Pathway | |
| Subunit structure | Homodimer. Ref.1 |
| Tissue specificity | Expressed in heart, skeletal muscle, lung, liver, brain, pancreas, kidney and placenta. Ref.1 |
| Sequence similarities | Belongs to the diphosphomevalonate decarboxylase family. |
| Biophysicochemical properties | Kinetic parameters: KM=7.4 µM for (R)-5-diphosphomevalonate Ref.5 KM=0.32 mM for ATP |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Cholesterol biosynthesis Lipid synthesis Steroid biosynthesis Sterol biosynthesis |
| Coding sequence diversity | Polymorphism |
| Ligand | ATP-binding Nucleotide-binding |
| Molecular function | Lyase |
| PTM | Acetylation Phosphoprotein |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Reference proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | cholesterol biosynthetic process Non-traceable author statement. Source: UniProtKB positive regulation of cell proliferationInferred from mutant phenotype. Source: UniProtKB |
| Cellular component | cytosol Inferred from direct assay. Source: UniProtKB |
| Molecular function | ATP binding Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW Hsp70 protein bindingInferred from physical interaction. Source: UniProtKB diphosphomevalonate decarboxylase activityInferred from direct assay. Source: UniProtKB kinase activityInferred from electronic annotation. Source: InterPro protein homodimerization activityInferred from direct assay Ref.1. Source: UniProtKB |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Initiator methionine | 1 | 1 | Removed | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 2 – 400 | 399 | Diphosphomevalonate decarboxylase | PRO_0000087012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 2 | 1 | N-acetylalanine Ref.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 96 | 1 | Phosphoserine Ref.6 Ref.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 278 | 1 | N → H. Corresponds to variant rs34519538 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_051605 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 10 – 14 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 17 – 21 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 29 – 32 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 38 – 42 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 45 – 47 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 50 – 56 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 64 – 67 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 77 – 88 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 110 – 118 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 126 – 128 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 132 – 139 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 149 – 153 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 159 – 163 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 168 – 170 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 183 – 187 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 189 – 191 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 195 – 201 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 216 – 221 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 223 – 231 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 233 – 245 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 249 – 268 | 20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 270 – 272 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 279 – 294 | 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 300 – 303 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 310 – 315 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 316 – 318 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 319 – 327 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 339 – 341 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 352 – 358 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 369 – 374 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 385 – 387 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | U49260 mRNA. Translation: AAC50440.1. BT006930 mRNA. Translation: AAP35576.1. CH471184 Genomic DNA. Translation: EAW66792.1. BC000011 mRNA. Translation: AAH00011.1. | ||||||||||||
| IPI | IPI00022745. | ||||||||||||
| RefSeq | NP_002452.1. NM_002461.1. | ||||||||||||
| UniGene | Hs.252457. | ||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||
| ProteinModelPortal | P53602. | ||||||||||||
| SMR | P53602. Positions 8-396. | ||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||
| IntAct | P53602. 3 interactions. | ||||||||||||
| MINT | MINT-5004338. | ||||||||||||
| STRING | P53602. | ||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||
| PhosphoSite | P53602. | ||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||
| DMDM | 1706681. | ||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||
| PRIDE | P53602. | ||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||
| Ensembl | ENST00000301012; ENSP00000301012; ENSG00000167508. | ||||||||||||
| GeneID | 4597. | ||||||||||||
| KEGG | hsa:4597. | ||||||||||||
| NMPDR | fig|9606.3.peg.12716. | ||||||||||||
| UCSC | uc002flg.1. human. | ||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||
| CTD | 4597. | ||||||||||||
| GeneCards | GC16M088718. | ||||||||||||
| H-InvDB | HIX0202291. | ||||||||||||
| HGNC | HGNC:7529. MVD. | ||||||||||||
| MIM | 603236. gene. | ||||||||||||
| neXtProt | NX_P53602. | ||||||||||||
| PharmGKB | PA31330. | ||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||
| eggNOG | prNOG04954. | ||||||||||||
| GeneTree | ENSGT00390000015359. | ||||||||||||
| HOGENOM | HBG502799. | ||||||||||||
| HOVERGEN | HBG051503. | ||||||||||||
| InParanoid | P53602. | ||||||||||||
| OMA | FGGYVAW. | ||||||||||||
| OrthoDB | EOG4CZBG5. | ||||||||||||
| PhylomeDB | P53602. | ||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||
| BioCyc | MetaCyc:ENSG00000167508-MONOMER. | ||||||||||||
| Reactome | REACT_22258. Metabolism of lipids and lipoproteins. | ||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||
| ArrayExpress | P53602. | ||||||||||||
| Bgee | P53602. | ||||||||||||
| CleanEx | HS_MVD. | ||||||||||||
| Genevestigator | P53602. | ||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000167508. Homo sapiens. | ||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||
| InterPro | IPR006204. GHMP_kinase. IPR005935. Mev_diP_decarb. IPR020568. Ribosomal_S5_D2-typ_fold. IPR014721. Ribosomal_S5_D2-typ_fold_subgr. [Graphical view] | ||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:3.30.230.10. Ribosomal_S5_D2-type_fold. 1 hit. | ||||||||||||
| KO | K01597. | ||||||||||||
| PANTHER | PTHR10977. Mev_diP_decarb. 1 hit. | ||||||||||||
| Pfam | PF00288. GHMP_kinases_N. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| PIRSF | PIRSF015950. Mev_P_decrbx. 1 hit. | ||||||||||||
| SUPFAM | SSF54211. Ribosomal_S5_D2-typ_fold. 1 hit. | ||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR01240. MevDPdecarb. 1 hit. | ||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||
Other | |||||||||||||
| NextBio | 17676. | ||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||
Entry information
| Entry name | MVD1_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P53602 Secondary accession number(s): Q53Y65 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
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| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

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