P52788 (SPSY_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 1, 2013.
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| Protein names | Recommended name: Spermine synthase Short name=SPMSY EC=2.5.1.22 Alternative name(s): Spermidine aminopropyltransferase | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 366 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Catalyzes the production of spermine from spermidine and decarboxylated S-adenosylmethionine (dcSAM). |
| Catalytic activity | S-adenosylmethioninamine + spermidine = S-methyl-5'-thioadenosine + spermine. |
| Pathway | Amine and polyamine biosynthesis; spermine biosynthesis; spermine from spermidine: step 1/1. |
| Subunit structure | Homodimer. Dimerization is mediated through the N-terminal domain and seems to be required for activity as deletion of the N-terminal domain causes complete loss of activity. Ref.12 |
| Domain | Composed of 3 domains: the N-terminal domain has structural similarity to S-adenosylmethionine decarboxylase, the central domain is made up of four beta strands and the C-terminal domain is similar in structure to spermidine synthase. The N- and C-terminal domains are both required for activity. |
| Involvement in disease | X-linked syndromic mental retardation Snyder-Robinson type (MRXSSR) [MIM:309583]: Characterized by moderate intellectual deficit, hypotonia, an unsteady gait, osteoporosis, kyphoscoliosis and facial asymmetry. Transmission is X-linked recessive. |
| Sequence similarities | Belongs to the spermidine/spermine synthase family. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Coding sequence diversity | Alternative splicing |
| Disease | Mental retardation |
| Molecular function | Transferase |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Direct protein sequencing Reference proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological_process | methionine metabolic process Traceable author statement Ref.1. Source: ProtInc polyamine metabolic processTraceable author statement. Source: Reactome spermine biosynthetic processInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-UniPathway |
| Cellular_component | cytosol Traceable author statement. Source: Reactome |
| Molecular_function | spermidine synthase activity Traceable author statement Ref.2. Source: ProtInc spermine synthase activityInferred from electronic annotation. Source: EC |
| Complete GO annotation... | |
Alternative products
| This entry describes 2 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: P52788-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: P52788-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 57-109: Missing. | ||||||
| Note: Gene prediction confirmed by EST data. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 366 | 366 | Spermine synthase | PRO_0000156538 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 255 – 256 | 2 | S-adenosylmethioninamine binding | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 276 | 1 | Proton acceptor Probable | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 148 | 1 | S-adenosylmethioninamine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 177 | 1 | Spermidine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 201 | 1 | Spermidine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 220 | 1 | S-adenosylmethioninamine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 351 | 1 | Spermidine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 353 | 1 | Spermidine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 57 – 109 | 53 | Missing in isoform 2. | VSP_034406 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 201 | 1 | D → A or N: 100,000-fold decrease in catalytic efficiency. Ref.12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 276 | 1 | D → N: 200,000-fold decrease in catalytic efficiency. Ref.12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 353 | 1 | E → Q: 800-fold decrease in catalytic efficiency. Ref.12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 1 | 1 | M → MPG in CAA88921. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 5 – 12 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 21 – 32 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 36 – 42 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 43 – 45 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 46 – 52 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 58 – 63 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 67 – 75 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 85 – 98 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 114 – 117 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 136 – 144 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 149 – 155 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 156 – 158 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 159 – 164 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 167 – 171 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 175 – 181 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 182 – 185 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 193 – 198 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 203 – 209 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 214 – 221 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 223 – 232 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 234 – 237 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 242 – 246 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 249 – 254 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 256 – 266 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 270 – 276 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 291 – 304 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 306 – 318 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 322 – 332 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 335 – 337 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 339 – 346 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 349 – 351 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 355 – 362 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | Z49099 mRNA. Translation: CAA88921.1. AD001528 mRNA. Translation: AAB61308.1. AK313834 mRNA. Translation: BAG36567.1. U53331 Genomic DNA. Translation: AAD08634.1. U73023 Genomic DNA. No translation available. CH471074 Genomic DNA. Translation: EAW98984.1. BC009898 mRNA. Translation: AAH09898.1. BC085621 mRNA. Translation: AAH85621.1. | ||||||||||||||||||
| IPI | IPI00005102. IPI00642393. | ||||||||||||||||||
| PIR | S54160. | ||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_001245352.1. NM_001258423.1. NP_004586.2. NM_004595.4. | ||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.741247. | ||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | P52788. | ||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||
| IntAct | P52788. 2 interactions. | ||||||||||||||||||
| MINT | MINT-5002620. | ||||||||||||||||||
| STRING | 9606.ENSP00000385746. | ||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P52788. | ||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||
| DMDM | 8247960. | ||||||||||||||||||
2D gel databases | |||||||||||||||||||
| OGP | P52788. | ||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||
| PaxDb | P52788. | ||||||||||||||||||
| PRIDE | P52788. | ||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||
| DNASU | 6611. | ||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000379404; ENSP00000368714; ENSG00000102172. ENST00000404933; ENSP00000385746; ENSG00000102172. | ||||||||||||||||||
| GeneID | 6611. | ||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:6611. | ||||||||||||||||||
| UCSC | uc004dag.3. human. | ||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||
| CTD | 6611. | ||||||||||||||||||
| GeneCards | GC0XP021958. | ||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:11123. SMS. | ||||||||||||||||||
| HPA | HPA029849. HPA029852. | ||||||||||||||||||
| MIM | 300105. gene. 309583. phenotype. | ||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_P52788. | ||||||||||||||||||
| Orphanet | 3063. Intellectual deficit, X-linked, Snyder type. | ||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA35972. | ||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||
| eggNOG | NOG259013. | ||||||||||||||||||
| HOGENOM | HOG000007053. | ||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG004512. | ||||||||||||||||||
| InParanoid | P52788. | ||||||||||||||||||
| KO | K00802. | ||||||||||||||||||
| OMA | EGRMFDY. | ||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG479F7N. | ||||||||||||||||||
| PhylomeDB | P52788. | ||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||
| BioCyc | MetaCyc:HS02362-MONOMER. | ||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_111217. Metabolism. | ||||||||||||||||||
| SABIO-RK | P52788. | ||||||||||||||||||
| UniPathway | UPA00249; UER00315. | ||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P52788. | ||||||||||||||||||
| Bgee | P52788. | ||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_SMS. | ||||||||||||||||||
| Genevestigator | P52788. | ||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000102172. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||
| InterPro | IPR001045. Spermidine/spermine_synthase. IPR015576. Spermine_synthase. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| PANTHER | PTHR11558. PTHR11558. 1 hit. PTHR11558:SF1. PTHR11558:SF1. 1 hit. | ||||||||||||||||||
| Pfam | PF01564. Spermine_synth. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| PROSITE | PS01330. SPERMIDINE_SYNTHASE_1. 1 hit. PS51006. SPERMIDINE_SYNTHASE_2. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||
| BindingDB | P52788. | ||||||||||||||||||
| ChEMBL | CHEMBL4934. | ||||||||||||||||||
| DrugBank | DB00127. Spermine. | ||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | P52788. | ||||||||||||||||||
| GenomeRNAi | 6611. | ||||||||||||||||||
| NextBio | 25739. | ||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | SPSY_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P52788 Secondary accession number(s): A6NHA7 Q9UQS1 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome X Human chromosome X: entries, gene names and cross-references to MIM |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PATHWAY comments Index of metabolic and biosynthesis pathways |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with
