P52788 (SPSY_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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January 25, 2012.
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| Protein names | Recommended name: Spermine synthase Short name=SPMSY EC=2.5.1.22 Alternative name(s): Spermidine aminopropyltransferase | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 366 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Catalyzes the production of spermine from spermidine and decarboxylated S-adenosylmethionine (dcSAM). |
| Catalytic activity | S-adenosylmethioninamine + spermidine = 5'-methylthioadenosine + spermine. |
| Pathway | Amine and polyamine biosynthesis; spermine biosynthesis; spermine from spermidine: step 1/1. |
| Subunit structure | Homodimer. Dimerization is mediated through the N-terminal domain and seems to be required for activity as deletion of the N-terminal domain causes complete loss of activity. Ref.13 |
| Domain | Composed of 3 domains: the N-terminal domain has structural similarity to S-adenosylmethionine decarboxylase, the central domain is made up of four beta strands and the C-terminal domain is similar in structure to spermidine synthase. The N- and C-terminal domains are both required for activity. |
| Involvement in disease | Defects in SMS are the cause of X-linked syndromic mental retardation Snyder-Robinson type (MRXSSR) [MIM:309583]. Characterized by moderate intellectual deficit, hypotonia, an unsteady gait, osteoporosis, kyphoscoliosis and facial asymmetry. Transmission is X-linked recessive. Ref.9 |
| Sequence similarities | Belongs to the spermidine/spermine synthase family. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Coding sequence diversity | Alternative splicing |
| Disease | Mental retardation |
| Molecular function | Transferase |
| PTM | Acetylation Phosphoprotein |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Direct protein sequencing Reference proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | methionine metabolic process Traceable author statement. Source: ProtInc spermine biosynthetic processInferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Cellular component | cytosol Traceable author statement. Source: Reactome |
| Molecular function | spermidine synthase activity Traceable author statement. Source: ProtInc spermine synthase activityInferred from electronic annotation. Source: EC |
| Complete GO annotation... | |
Alternative products
| This entry describes 2 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: P52788-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: P52788-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 57-109: Missing. | ||||||
| Note: Gene prediction confirmed by EST data. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Initiator methionine | 1 | 1 | Removed | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 2 – 366 | 365 | Spermine synthase | PRO_0000156538 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 255 – 256 | 2 | S-adenosylmethioninamine binding | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 276 | 1 | Proton acceptor Probable | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 148 | 1 | S-adenosylmethioninamine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 177 | 1 | Spermidine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 201 | 1 | Spermidine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 220 | 1 | S-adenosylmethioninamine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 351 | 1 | Spermidine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 353 | 1 | Spermidine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 2 | 1 | N-acetylalanine Ref.11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 147 | 1 | Phosphotyrosine Ref.10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 57 – 109 | 53 | Missing in isoform 2. | VSP_034406 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 201 | 1 | D → A or N: 100,000-fold decrease in catalytic efficiency. Ref.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 276 | 1 | D → N: 200,000-fold decrease in catalytic efficiency. Ref.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 353 | 1 | E → Q: 800-fold decrease in catalytic efficiency. Ref.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 1 | 1 | M → MPG in CAA88921. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 5 – 12 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 21 – 32 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 36 – 42 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 43 – 45 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 46 – 52 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 58 – 63 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 67 – 75 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 85 – 98 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 114 – 117 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 136 – 144 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 149 – 155 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 156 – 158 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 159 – 164 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 167 – 171 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 175 – 181 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 182 – 185 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 193 – 198 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 203 – 209 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 214 – 221 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 223 – 232 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 242 – 246 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 249 – 254 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 256 – 266 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 270 – 276 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 291 – 304 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 306 – 318 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 322 – 332 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 335 – 337 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 339 – 346 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 349 – 351 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 355 – 362 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||
References
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| [1] | "Molecular cloning of a cDNA encoding human spermine synthase." Korhonen V.-P., Halmekytoe M., Kauppinen L., Myoehaenen S., Wahlfors J., Keinaenen T., Hyvoenen T., Alhonen L., Eloranta T., Jaenne J. DNA Cell Biol. 14:841-847(1995) [PubMed: 7546290] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] (ISOFORM 1). |
| [2] | "Sequence analysis of 139 kb in Xp22.1 containing spermine synthase and the 5' region of PEX." Grieff M., Whyte M.P., Thakker R.V., Mazzarella R. Genomics 44:227-231(1997) [PubMed: 9299240] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] (ISOFORM 1). Tissue: Colon. |
| [3] | "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs." Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T., Otsuki T., Sugiyama T., Irie R., Wakamatsu A., Hayashi K., Sato H., Nagai K., Kimura K., Makita H., Sekine M., Obayashi M., Nishi T., Shibahara T., Tanaka T., Ishii S. Sugano S.Nat. Genet. 36:40-45(2004) [PubMed: 14702039] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA] (ISOFORM 1). |
| [4] | "The DNA sequence of the human X chromosome." Ross M.T., Grafham D.V., Coffey A.J., Scherer S., McLay K., Muzny D., Platzer M., Howell G.R., Burrows C., Bird C.P., Frankish A., Lovell F.L., Howe K.L., Ashurst J.L., Fulton R.S., Sudbrak R., Wen G., Jones M.C. Bentley D.R.Nature 434:325-337(2005) [PubMed: 15772651] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. |
| [5] | Mural R.J., Istrail S., Sutton G.G., Florea L., Halpern A.L., Mobarry C.M., Lippert R., Walenz B., Shatkay H., Dew I., Miller J.R., Flanigan M.J., Edwards N.J., Bolanos R., Fasulo D., Halldorsson B.V., Hannenhalli S., Turner R. Venter J.C.Submitted (JUL-2005) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. |
| [6] | "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)." The MGC Project Team Genome Res. 14:2121-2127(2004) [PubMed: 15489334] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA] (ISOFORM 1). Tissue: Kidney and Skin. |
| [7] | Eloranta T., Kajander O., Kauppinen L., Hyvoenen T., Linnala-Kankkunen A., Kalkkinen N., Kulomaa M., Alhonen L., Jaenne J. (In) Goldemberg S.H., Algranati I.D. (eds.); Proceedings of the international symposium on the biology and chemistry of polyamines, pp.91-98, ICSU Press, New York (1988) Cited for: PARTIAL PROTEIN SEQUENCE. |
| [8] | "Exploring proteomes and analyzing protein processing by mass spectrometric identification of sorted N-terminal peptides." Gevaert K., Goethals M., Martens L., Van Damme J., Staes A., Thomas G.R., Vandekerckhove J. Nat. Biotechnol. 21:566-569(2003) [PubMed: 12665801] [Abstract] Cited for: PROTEIN SEQUENCE OF 97-107 (ISOFORM 1). Tissue: Platelet. |
| [9] | "X-linked spermine synthase gene (SMS) defect: the first polyamine deficiency syndrome." Cason A.L., Ikeguchi Y., Skinner C., Wood T.C., Holden K.R., Lubs H.A., Martinez F., Simensen R.J., Stevenson R.E., Pegg A.E., Schwartz C.E. Eur. J. Hum. Genet. 11:937-944(2003) [PubMed: 14508504] [Abstract] Cited for: INVOLVEMENT IN MRXSSR. |
| [10] | "Immunoaffinity profiling of tyrosine phosphorylation in cancer cells." Rush J., Moritz A., Lee K.A., Guo A., Goss V.L., Spek E.J., Zhang H., Zha X.-M., Polakiewicz R.D., Comb M.J. Nat. Biotechnol. 23:94-101(2005) [PubMed: 15592455] [Abstract] Cited for: PHOSPHORYLATION [LARGE SCALE ANALYSIS] AT TYR-147, MASS SPECTROMETRY. |
| [11] | "Lys-N and trypsin cover complementary parts of the phosphoproteome in a refined SCX-based approach." Gauci S., Helbig A.O., Slijper M., Krijgsveld J., Heck A.J., Mohammed S. Anal. Chem. 81:4493-4501(2009) [PubMed: 19413330] [Abstract] Cited for: ACETYLATION [LARGE SCALE ANALYSIS] AT ALA-2, MASS SPECTROMETRY. Tissue: Embryonic kidney. |
| [12] | "Initial characterization of the human central proteome." Burkard T.R., Planyavsky M., Kaupe I., Breitwieser F.P., Buerckstuemmer T., Bennett K.L., Superti-Furga G., Colinge J. BMC Syst. Biol. 5:17-17(2011) [PubMed: 21269460] [Abstract] Cited for: IDENTIFICATION BY MASS SPECTROMETRY [LARGE SCALE ANALYSIS]. |
| [13] | "Crystal structure of human spermine synthase: implications of substrate binding and catalytic mechanism." Wu H., Min J., Zeng H., McCloskey D.E., Ikeguchi Y., Loppnau P., Michael A.J., Pegg A.E., Plotnikov A.N. J. Biol. Chem. 283:16135-16146(2008) [PubMed: 18367445] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (1.95 ANGSTROMS) OF 5-366 (ISOFORM 1) IN COMPLEX WITH SPERMIDINE AND 5-METHYLTHIOADENOSINE, SUBUNIT, MUTAGENESIS OF ASP-201; ASP-276 AND GLU-353. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | Z49099 mRNA. Translation: CAA88921.1. AD001528 mRNA. Translation: AAB61308.1. AK313834 mRNA. Translation: BAG36567.1. U53331 Genomic DNA. Translation: AAD08634.1. U73023 Genomic DNA. No translation available. CH471074 Genomic DNA. Translation: EAW98984.1. BC009898 mRNA. Translation: AAH09898.1. BC085621 mRNA. Translation: AAH85621.1. | ||||||||||||||||||
| IPI | IPI00005102. IPI00642393. | ||||||||||||||||||
| PIR | S54160. | ||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_004586.2. NM_004595.3. | ||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.727552. | ||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | P52788. | ||||||||||||||||||
| SMR | P52788. Positions 3-365. | ||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||
| IntAct | P52788. 1 interaction. | ||||||||||||||||||
| MINT | MINT-5002620. | ||||||||||||||||||
| STRING | P52788. | ||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P52788. | ||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||
| DMDM | 8247960. | ||||||||||||||||||
2D gel databases | |||||||||||||||||||
| OGP | P52788. | ||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||
| PRIDE | P52788. | ||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000404933; ENSP00000385746; ENSG00000102172. | ||||||||||||||||||
| GeneID | 6611. | ||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:6611. | ||||||||||||||||||
| NMPDR | fig|9606.3.peg.32544. | ||||||||||||||||||
| UCSC | uc004dag.1. human. | ||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||
| CTD | 6611. | ||||||||||||||||||
| GeneCards | GC0XP021958. | ||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0016698. | ||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:11123. SMS. | ||||||||||||||||||
| HPA | HPA029849. HPA029852. | ||||||||||||||||||
| MIM | 300105. gene. 309583. phenotype. | ||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_P52788. | ||||||||||||||||||
| Orphanet | 3063. Intellectual deficit, X-linked, Snyder type. | ||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA35972. | ||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||
| eggNOG | prNOG05010. | ||||||||||||||||||
| GeneTree | ENSGT00530000063329. | ||||||||||||||||||
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Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||
| BioCyc | MetaCyc:MONOMER-11579. | ||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_111217. Metabolism. | ||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||
| Bgee | P52788. | ||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_SMS. | ||||||||||||||||||
| Genevestigator | P52788. | ||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000102172. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||
| InterPro | IPR015576. Spermine_synthase-related. IPR001045. Sprmine_synthase. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| KO | K00802. | ||||||||||||||||||
| PANTHER | PTHR11558:SF1. Spermine_synth-rel. 1 hit. PTHR11558. Sprmine_synthase. 1 hit. | ||||||||||||||||||
| Pfam | PF01564. Spermine_synth. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| PROSITE | PS01330. SPERMIDINE_SYNTHASE_1. 1 hit. PS51006. SPERMIDINE_SYNTHASE_2. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||
| DrugBank | DB00127. Spermine. | ||||||||||||||||||
| NextBio | 25739. | ||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | SPSY_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P52788 Secondary accession number(s): A6NHA7 Q9UQS1 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome X Human chromosome X: entries, gene names and cross-references to MIM |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PATHWAY comments Index of metabolic and biosynthesis pathways |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with