Reviewed,
UniProtKB/Swiss-Prot P51513 (NOVA1_HUMAN)
Last modified
November 25, 2008.
Version 76.
History...
Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (4) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: RNA-binding protein Nova-1 Alternative name(s): Neuro-oncological ventral antigen 1 Onconeural ventral antigen 1 Paraneoplastic Ri antigen Ventral neuron-specific protein 1 | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 510 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is not processed. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | May regulate RNA splicing or metabolism in a specific subset of developing neurons. |
| Subunit structure | Interacts with PTBP2 By similarity. |
| Subcellular location | |
| Tissue specificity | Brain. |
| Involvement in disease | Autoantigen in the paraneoplastic opsoclonus myoclonus ataxia (POMA), a paraneoplastic neurological syndrome/disorder (PNS/D) associated with breast cancer, fallopian cancer, and SCLCa and characterized primarily by loss of inhibitory control of motor neurons in the spinal cord and brainstem. Recognized by the IgG autoantibody ANNA-2 (also called anti-Ri). |
| Sequence similarities | Contains 3 KH domains. |
Ontologies
Keywords | |
|---|---|
| Cellular component | Nucleus |
| Coding sequence diversity | Alternative splicing |
| Domain | Repeat |
| Ligand | RNA-binding |
| Technical term | 3D-structure |
Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | locomotory behavior Traceable author statement. Source: ProtInc synaptic transmissionTraceable author statement. Source: ProtInc |
| Cellular component | nucleolus Inferred from direct assay. Source: HPA |
| Complete GO annotation... | |
Alternative products
| This entry describes 4 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: P51513-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: P51513-2) Also known as: Tumor; The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 88-90: Missing. 177-184: VKIIVPNS → KHNISWIS 185-510: Missing. | ||||||
| Isoform 3 (identifier: P51513-3) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 153-176: Missing. | ||||||
| Isoform 4 (identifier: P51513-4) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 88-90: Missing. | ||||||
| Notes: No experimental confirmation available. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 510 | 510 | RNA-binding protein Nova-1 | PRO_0000050116 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 49 – 119 | 71 | KH 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 174 – 240 | 67 | KH 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 424 – 491 | 68 | KH 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif | 27 – 43 | 17 | Bipartite nuclear localization signal Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Compositional bias | 276 – 412 | 137 | Ala-rich | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 88 – 90 | 3 | Missing in isoform 2 and isoform 4. | VSP_002841 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 153 – 176 | 24 | Missing in isoform 3. | VSP_002842 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 177 – 184 | 8 | VKIIVPNS → KHNISWIS in isoform 2. | VSP_002843 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 185 – 510 | 326 | Missing in isoform 2. | VSP_002844 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 50 – 57 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 58 – 65 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 67 – 69 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 70 – 79 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 82 – 88 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 98 – 107 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 109 – 123 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 148 – 175 | 28 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 176 – 182 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 183 – 190 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 192 – 194 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 195 – 204 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 207 – 210 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 221 – 228 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 230 – 246 | 17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 425 – 432 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 433 – 436 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 437 – 440 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 442 – 444 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 445 – 454 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 457 – 460 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 472 – 479 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 481 – 494 | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Nova, the paraneoplastic Ri antigen, is homologous to an RNA-binding protein and is specifically expressed in the developing motor system." Buckanovich R.J., Posner J.B., Darnell R.B. Neuron 11:657-672(1993) [PubMed: 8398153] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] (ISOFORMS 1; 2 AND 3). Tissue: Cerebellum and Hippocampus. |
| [2] | "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)." The MGC Project Team Genome Res. 14:2121-2127(2004) [PubMed: 15489334] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA] (ISOFORM 4). Tissue: Brain. |
| [3] | Dmitrenko V.V., Garifulin O.M., Shostak K.A., Smikodub A.I., Kavsan V.M. Submitted (APR-1996) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] OF 1-34. Tissue: Fetal brain. |
| [4] | "Crystal structures of Nova-1 and Nova-2 K-homology RNA-binding domains." Lewis H.A., Chen H., Edo C., Buckanovich R.J., Yang Y.Y.-L., Musunuru K., Zhong R., Darnell R.B., Burley S.K. Structure 7:191-203(1999) [PubMed: 10368286] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (2.0 ANGSTROMS) OF 423-495. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| U04840 mRNA. Translation: AAA16022.1. BC075038 mRNA. Translation: AAH75038.1. BC075039 mRNA. Translation: AAH75039.1. Z70771 mRNA. Translation: CAA94810.1. | |||||||||||||||||||||||||
| PIR | I38489. | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_002506.2. NP_006480.2. NP_006482.1. | ||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.31588 | ||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| SMR | P51513. Positions 424-509. | ||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P51513. | ||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P51513. | ||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENSG00000139910. Homo sapiens. [Contig view] | ||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 4857. | ||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:4857. | ||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0037755. | ||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:7886. NOVA1. | ||||||||||||||||||||||||
| HPA | HPA004155. | ||||||||||||||||||||||||
| MIM | 602157. gene. | ||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA31688. | ||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | P51513. | ||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | P51513. | ||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P51513. | ||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_NOVA1. | ||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000139910. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR004087. KH. IPR004088. KH_type_1. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00013. KH_1. 3 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00322. KH. 3 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS50084. KH_TYPE_1. 3 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 18710. | ||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | NOVA1_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P51513 Secondary accession number(s): Q6B004 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 14 Human chromosome 14: entries, gene names and cross-references to MIM |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

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