Reviewed,
UniProtKB/Swiss-Prot P51124 (GRAM_HUMAN)
Last modified
November 25, 2008.
Version 72.
History...
Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (5) |
Third-party data |
Customize display | text xml rdf/xml gff fasta |
Names and origin
| Protein names | Recommended name: Granzyme M EC=3.4.21.- Alternative name(s): Met-ase Natural killer cell granular protease HU-Met-1 Met-1 serine protease | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 257 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at transcript level. |
General annotation (Comments)
| Function | Cleaves peptide substrates after methionine, leucine, and norleucine. |
| Subcellular location | Secreted. Cytoplasmic granule. Note= Granules of large granular lymphocytes. |
| Sequence similarities | Belongs to the peptidase S1 family. Granzyme subfamily. Contains 1 peptidase S1 domain. |
Ontologies
Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Cytolysis |
| Cellular component | Secreted |
| Domain | Signal |
| Molecular function | Hydrolase Protease Serine protease |
| PTM | Glycoprotein Zymogen |
| Technical term | 3D-structure |
Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | cytolysis Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW proteolysisInferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Cellular component | extracellular region Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Molecular function | serine-type endopeptidase activity Inferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Signal peptide | 1 – 23 | 23 | Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Propeptide | 24 – 25 | 2 | Activation peptide Potential | PRO_0000027421 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 26 – 257 | 232 | Granzyme M | PRO_0000027422 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 26 – 254 | 229 | Peptidase S1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 66 | 1 | Charge relay system By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 111 | 1 | Charge relay system By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 207 | 1 | Charge relay system By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 177 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 51 ↔ 67 | By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 145 ↔ 213 | By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 176 ↔ 192 | By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 203 ↔ 230 | By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 40 – 45 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 48 – 57 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 60 – 63 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 66 – 70 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 75 – 80 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 82 – 86 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 88 – 98 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 104 – 106 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 113 – 119 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 144 – 152 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 164 – 170 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 173 – 179 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 182 – 184 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 190 – 193 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 199 – 201 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 210 – 213 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 214 – 217 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 218 – 223 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 227 – 229 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 238 – 242 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 243 – 245 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 246 – 253 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Met-ase: cloning and distinct chromosomal location of a serine protease preferentially expressed in human natural killer cells." Smyth M.J., Sayers T.J., Wiltrout T., Powers J.C., Trapani J.A. J. Immunol. 151:6195-6205(1993) [PubMed: 8245461] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA]. |
| [2] | "The human Met-ase gene (GZMM): structure, sequence, and close physical linkage to the serine protease gene cluster on 19p13.3." Pilat D., Fink T.M., Obermaier-Skrobanek B., Zimmer M., Wekerle H., Lichter P., Jenne D.E. Genomics 24:445-450(1994) [PubMed: 7713495] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA]. |
| [3] | "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)." The MGC Project Team Genome Res. 14:2121-2127(2004) [PubMed: 15489334] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA]. Tissue: Pancreas and Spleen. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| L23134 mRNA. Translation: AAA59582.1. L36922 Genomic DNA. Translation: AAA57262.1. L36936 Genomic DNA. Translation: AAA57257.1. BC025701 mRNA. Translation: AAH25701.1. | |||||||||||||
| PIR | A55634. | ||||||||||||
| RefSeq | NP_005308.1. | ||||||||||||
| UniGene | Hs.465511 | ||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||
| |||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||
Protein family/group databases | |||||||||||||
| MEROPS | S01.139. | ||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||
| Ensembl | ENSG00000197540. Homo sapiens. [Contig view] | ||||||||||||
| GeneID | 3004. | ||||||||||||
| KEGG | hsa:3004. | ||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||
| H-InvDB | HIX0014555. | ||||||||||||
| HGNC | HGNC:4712. GZMM. | ||||||||||||
| MIM | 600311. gene. | ||||||||||||
| PharmGKB | PA29090. | ||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||
| GeneCards | Search... | ||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||
| HOGENOM | P51124. | ||||||||||||
| HOVERGEN | P51124. | ||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||
| ArrayExpress | P51124. | ||||||||||||
| CleanEx | HS_GZMM. | ||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000197540. Homo sapiens. | ||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||
| InterPro | IPR001254. Peptidase_S1_S6. IPR001314. Peptidase_S1A. [Graphical view] | ||||||||||||
| Pfam | PF00089. Trypsin. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| PRINTS | PR00722. CHYMOTRYPSIN. | ||||||||||||
| SMART | SM00020. Tryp_SPc. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| PROSITE | PS50240. TRYPSIN_DOM. 1 hit. PS00134. TRYPSIN_HIS. 1 hit. PS00135. TRYPSIN_SER. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||
| NextBio | 11912. | ||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||
Entry information
| Entry name | GRAM_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P51124 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 19 Human chromosome 19: entries, gene names and cross-references to MIM |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| Peptidase families Classification of peptidase families and list of entries |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with


