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UniProtKB/Swiss-Prot P50895 (LU_HUMAN)
Last modified
November 25, 2008.
Version 84.
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Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (8) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Lutheran blood group glycoprotein Alternative name(s): B-CAM cell surface glycoprotein Auberger B antigen F8/G253 antigen CD_antigen=CD239 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 628 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Probable receptor. May mediate intraellular signaling. |
| Subcellular location | |
| Tissue specificity | Wide tissue distribution (highest in the pancreas and very low in brain). Closely associated with the basal layer of cells in epithelia and the endothelium of blood vessel walls. |
| Developmental stage | Is under developmental control in liver and may also be regulated during differentiation in other tissues. Up-regulated following malignant transformation in some cell types. |
| Polymorphism | LU is responsible for the Lutheran blood group system. |
| Sequence similarities | Contains 3 Ig-like C2-type (immunoglobulin-like) domains. Contains 2 Ig-like V-type (immunoglobulin-like) domains. |
Ontologies
Keywords | |
|---|---|
| Cellular component | Membrane |
| Coding sequence diversity | Polymorphism |
| Domain | Immunoglobulin domain Repeat Signal Transmembrane |
| Molecular function | Blood group antigen Receptor |
| PTM | Glycoprotein |
| Technical term | 3D-structure Direct protein sequencing |
Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | cell adhesion Ref.4 Traceable author statement. Source: ProtInc signal transduction Ref.1Traceable author statement. Source: ProtInc |
| Cellular component | cell surface Inferred from direct assay. Source: UniProtKB integral to plasma membrane Ref.1Traceable author statement. Source: ProtInc |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Signal peptide | 1 – 31 | 31 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 32 – 628 | 597 | Lutheran blood group glycoprotein | PRO_0000014850 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 32 – 547 | 516 | Extracellular Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 548 – 568 | 21 | Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 569 – 628 | 60 | Cytoplasmic Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 32 – 142 | 111 | Ig-like V-type 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 147 – 257 | 111 | Ig-like V-type 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 274 – 355 | 82 | Ig-like C2-type 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 363 – 441 | 79 | Ig-like C2-type 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 448 – 541 | 94 | Ig-like C2-type 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 321 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 377 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 383 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 419 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 439 | 1 | N-linked (GlcNAc...) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 53 ↔ 125 | Probable | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 172 ↔ 237 | Probable | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 291 ↔ 337 | Probable | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 384 ↔ 424 | Probable | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 473 ↔ 522 | Probable | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 77 | 1 | R → H | VAR_021348 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 196 | 1 | V → I | VAR_021349 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 204 | 1 | M → K | VAR_021350 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 282 | 1 | R → H | VAR_021351 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 381 | 1 | V → I | VAR_021352 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 451 | 1 | K → Q | VAR_021353 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 539 | 1 | T → A | VAR_021354 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 581 | 1 | Q → L | VAR_021355 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 225 – 226 | 2 | RL → PC in CAA56327. Ref.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 355 – 356 | 2 | EL → DV in CAA56327. Ref.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 39 – 44 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 49 – 51 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 60 – 69 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 77 – 84 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 87 – 92 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 110 – 114 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 117 – 119 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 121 – 128 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 130 – 132 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 134 – 145 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 151 – 154 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 167 – 179 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 182 – 187 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 200 – 210 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 216 – 224 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 228 – 232 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 234 – 242 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 244 – 246 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 248 – 252 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "The Lutheran blood group glycoprotein, another member of the immunoglobulin superfamily, is widely expressed in human tissues and is developmentally regulated in human liver." Parsons S.F., Mallinson G., Holmes C.H., Houlihan J.M., Simpson K.L., Mawby W.J., Spurr N.K., Warne D., Barclay A.N., Anstee D.J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92:5496-5500(1995) [PubMed: 7777537] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA], PROTEIN SEQUENCE OF 32-67 AND 182-203, VARIANT ALA-539. Tissue: Placenta. |
| [2] | SeattleSNPs program for genomic applications Submitted (DEC-2004) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA], VARIANTS HIS-77; ILE-196; LYS-204; HIS-282; ILE-381; GLN-451 AND LEU-581. |
| [3] | "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)." The MGC Project Team Genome Res. 14:2121-2127(2004) [PubMed: 15489334] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA]. Tissue: Brain. |
| [4] | "Molecular cloning of the B-CAM cell surface glycoprotein of epithelial cancers: a novel member of the immunoglobulin superfamily." Campbell I.G., Foulkes W.D., Senger G., Trowsdale J., Garin-Chesa P., Rettig W.J. Cancer Res. 54:5761-5765(1994) [PubMed: 7954395] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] OF 1-588, VARIANT ALA-539. |
| [5] | "Identification and quantification of N-linked glycoproteins using hydrazide chemistry, stable isotope labeling and mass spectrometry." Zhang H., Li X.-J., Martin D.B., Aebersold R. Nat. Biotechnol. 21:660-666(2003) [PubMed: 12754519] [Abstract] Cited for: GLYCOSYLATION AT ASN-439. |
| [6] | "Human plasma N-glycoproteome analysis by immunoaffinity subtraction, hydrazide chemistry, and mass spectrometry." Liu T., Qian W.-J., Gritsenko M.A., Camp D.G. II, Monroe M.E., Moore R.J., Smith R.D. J. Proteome Res. 4:2070-2080(2005) [PubMed: 16335952] [Abstract] Cited for: GLYCOSYLATION [LARGE SCALE ANALYSIS] AT ASN-439, MASS SPECTROMETRY. Tissue: Plasma. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| X83425 mRNA. Translation: CAA58449.1. AY845133 Genomic DNA. Translation: AAV88096.1. BC050450 mRNA. Translation: AAH50450.1. X80026 mRNA. Translation: CAA56327.1. | |||||||||||||||||||
| PIR | I37202. I38000. | ||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_001013275.1. NP_005572.2. | ||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.654540 | ||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P50895. | ||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||
| Ensembl | ENSG00000187244. Homo sapiens. [Contig view] | ||||||||||||||||||
| GeneID | 4059. | ||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:4059. | ||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0027520. | ||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:6722. BCAM. | ||||||||||||||||||
| MIM | 111200. gene+phenotype. | ||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA30484. | ||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||
| GeneCards | Search... | ||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||
| HOGENOM | P50895. | ||||||||||||||||||
| HOVERGEN | P50895. | ||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P50895. | ||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_BCAM. | ||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000187244. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||
| InterPro | IPR013162. CD80_C2-set. IPR013151. Ig. IPR007110. Ig-like. IPR013783. Ig-like_fold. IPR003599. Ig_sub. IPR003598. Ig_sub2. IPR013106. Ig_V-set. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:2.60.40.10. Ig-like_fold. 4 hits. | ||||||||||||||||||
| Pfam | PF08205. C2-set_2. 1 hit. PF00047. ig. 3 hits. PF07686. V-set. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| SMART | SM00409. IG. 2 hits. SM00408. IGc2. 2 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| PROSITE | PS50835. IG_LIKE. 5 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||
| NextBio | 15906. | ||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | LU_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P50895 Secondary accession number(s): Q86VC7 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
Relevant documents
| Blood group antigen proteins Nomenclature of blood group antigens and list of entries |
| Human cell differentiation molecules CD nomenclature of surface proteins of human leucocytes and list of entries |
| Human chromosome 19 Human chromosome 19: entries, gene names and cross-references to MIM |
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