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UniProtKB/Swiss-Prot P50465 (END8_ECOLI)
Last modified
November 3, 2009.
Version 92.
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50% identity |
Documents (3) |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Endonuclease VIII Alternative name(s): DNA glycosylase/AP lyase Nei EC=3.2.2.- EC=4.2.99.18 DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase Nei | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Escherichia coli (strain K12) [Complete proteome] [HAMAP] | ||||
| Taxonomic identifier | 83333 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Bacteria › Proteobacteria › Gammaproteobacteria › Enterobacteriales › Enterobacteriaceae › Escherichia |
Protein attributes
| Sequence length | 263 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Involved in base excision repair of DNA damaged by oxidation or by mutagenic agents. Acts as DNA glycosylase that recognizes and removes damaged bases. Has a preference for oxidized pyrimidines, such as thymine glycol, 5,6-dihydrouracil and 5,6-dihydrothymine. Has AP (apurinic/apyrimidinic) lyase activity and introduces nicks in the DNA strand. Cleaves the DNA backbone by beta-delta elimination to generate a single-strand break at the site of the removed base with both 3'- and 5'-phosphates. HAMAP MF_01253 |
| Catalytic activity | Removes damaged bases from DNA, leaving an abasic site. HAMAP MF_01253 The C-O-P bond 3' to the apurinic or apyrimidinic site in DNA is broken by a beta-elimination reaction, leaving a 3'-terminal unsaturated sugar and a product with a terminal 5'-phosphate. HAMAP MF_01253 |
| Cofactor | Binds 1 zinc ion per subunit. HAMAP MF_01253 |
| Sequence similarities | Belongs to the FPG family. Contains 1 FPG-type zinc finger. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | DNA damage DNA repair |
| Domain | Zinc-finger |
| Ligand | DNA-binding Metal-binding Zinc |
| Molecular function | Glycosidase Hydrolase Lyase |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Direct protein sequencing Multifunctional enzyme |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | base-excision repair Inferred from electronic annotation. Source: InterPro nucleotide-excision repairInferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Molecular function | damaged DNA binding Inferred from electronic annotation. Source: InterPro oxidized pyrimidine base lesion DNA N-glycosylase activityInferred from electronic annotation. Source: HAMAP zinc ion bindingInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Initiator methionine | 1 | 1 | Removed Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 2 – 263 | 262 | Endonuclease VIII HAMAP MF_01253 | PRO_0000170893 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Zinc finger | 229 – 263 | 35 | FPG-type HAMAP MF_01253 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 2 | 1 | Schiff-base intermediate with DNA HAMAP MF_01253 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 3 | 1 | Proton donor Probable | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 53 | 1 | Proton donor; for beta-elimination activity Probable | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 253 | 1 | Proton donor; for delta-elimination activity Probable | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 70 | 1 | DNA HAMAP MF_01253 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 125 | 1 | DNA HAMAP MF_01253 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 169 | 1 | DNA HAMAP MF_01253 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 2 | 1 | P → T: Loss of glycosylase and AP lyase activity. Ref.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 3 | 1 | E → A or Q: Loss of glycosylase activity. No effect on AP lyase activity. Ref.6 Ref.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 3 | 1 | E → D: Much reduced glycosylase activity. No effect on AP lyase activity. Ref.6 Ref.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 6 | 1 | E → Q: Reduced glycosylase activity. No effect on AP lyase activity. Ref.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 53 | 1 | K → A: Loss of DNA cleavage at sites containing oxidized pyrimidine. No effect on AP lyase activity. Ref.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 129 | 1 | D → N: Reduced glycosylase activity. No effect on AP lyase activity. Ref.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 160 | 1 | D → N: No effect on glycosylase and AP lyase activity. Ref.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 174 | 1 | E → Q: Loss of glycosylase activity. No effect on AP lyase activity. Ref.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 213 | 1 | R → A: Slightly reduced activity. Ref.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 253 | 1 | R → A: Reduced DNA cleavage at sites containing oxidized pyrimidine. No effect on AP lyase activity. Ref.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 4 – 18 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 24 – 30 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 31 – 35 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 36 – 40 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 45 – 51 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 54 – 59 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 64 – 68 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 70 – 72 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 74 – 79 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 90 – 95 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 97 – 105 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 108 – 112 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 116 – 119 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 121 – 125 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 137 – 145 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 147 – 151 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 154 – 157 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 161 – 163 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 169 – 178 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 187 – 189 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 192 – 212 | 21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 239 – 241 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 246 – 250 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 253 – 257 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 259 – 261 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| U38616 Genomic DNA. Translation: AAC45355.1. D89754 Genomic DNA. Translation: BAA20414.1. U00096 Genomic DNA. Translation: AAC73808.1. AP009048 Genomic DNA. Translation: BAA35378.1. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | A64807. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | AP_001352.1. NP_415242.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DisProt | DP00375. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP:10327N. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | P50465. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 945320. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenomeReviews | Gene locus JW0704 in contig AP009048_GR. Gene locus b0714 in contig U00096_GR. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | ecj:JW0704. eco:b0714. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EchoBASE | EB3026. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EcoGene | EG13237. nei. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CMR | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | P50465. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | RSDFRVP. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BioCyc | EcoCyc:G6383-MON. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | P50465. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HAMAP | MF_01253. [Tree] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR015886. DNA_glyclase/AP_lyase_DNA-bd. IPR000214. DNA_glyclase/AP_lyase_Znf_dom. IPR015887. DNA_glyclase_Znf_dom_DNA_BS. IPR012319. DNA_glycosylase/AP_lyase_cat. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF01149. Fapy_DNA_glyco. 1 hit. PF06831. H2TH. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProDom | PD003680. Fapy_DNA_glyco. 1 hit. [Graphical view] [Entries sharing at least one domain] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS51068. FPG_CAT. 1 hit. PS01242. ZF_FPG_1. 1 hit. PS51066. ZF_FPG_2. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | END8_ECOLI | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P50465 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HAMAP (High-quality Automated and Manual Annotation of microbial Proteomes) | ||||||||
Relevant documents
| Escherichia coli Escherichia coli (strain K12): entries and cross-references to EcoGene |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with


