P46060 (RAGP1_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 1, 2013.
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| Protein names | Recommended name: Ran GTPase-activating protein 1 Short name=RanGAP1 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 587 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | GTPase activator for the nuclear Ras-related regulatory protein Ran, converting it to the putatively inactive GDP-bound state. |
| Subunit structure | Homodimer. Forms a tight complex in association with RANBP2/NUP358 and UBE2I/UBC9, the ubiquitin-conjugating enzyme E2. Interacts with UBE2I; the interaction conjugates SUMO1 to RANGAP1, and subsequently stabilizes interactions of sumoylated RANGAP1 with RANBP2/NUP358. The SUMO1/RANGAP1/UBC9/NUP358 complex associates with nuclear pore complexes. Interacts with TRAF6. Ref.9 Ref.11 |
| Subcellular location | Cytoplasm. Nucleus membrane; Peripheral membrane protein; Cytoplasmic side. Chromosome › centromere › kinetochore By similarity. Cytoplasm › cytoskeleton › spindle pole By similarity. Note: Cytoplasmic during interphase. Targeted to the nuclear rim after sumoylation. During mitosis, associates with mitotic spindles. Association with kinetochores appears soon after nuclear envelope breakdown and persists until late anaphase. Mitotic location also requires sumoylation. Ref.8 Ref.9 |
| Tissue specificity | Highly expressed in brain, thymus and testis. Ref.7 |
| Post-translational modification | Phosphorylated occurs before nuclear envelope breakdown and continues throughout mitosis. Phosphorylated by the M-phase kinase cyclin B/Cdk1, in vitro. Differential timimg of dephosphorylation occurs during phases of mitosis. The phosphorylated form remains associated with RANBP2/NUP358 and the SUMO E2-conjugating enzyme, UBC9, on nuclear pore complex (NPC) diassembly and during mitosis. Ref.9 Sumoylated with SUMO1. Sumoylation is necessary for targeting to the nuclear envelope (NE), and for association with mitotic spindles and kinetochores during mitosis. Also required for interaction with RANBP2 and is mediated by UBC9. Ref.8 Ref.15 |
| Sequence similarities | Belongs to the RNA1 family. Contains 6 LRR (leucine-rich) repeats. |
| Sequence caution | The sequence BAB47464.1 differs from that shown. Reason: Erroneous initiation. |
Ontologies
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| SUMO1 | P63165 | 3 | EBI-396091,EBI-80140 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Initiator methionine | 1 | 1 | Removed | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 2 – 587 | 586 | Ran GTPase-activating protein 1 | PRO_0000056737 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 48 – 71 | 24 | LRR 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 111 – 134 | 24 | LRR 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 207 – 230 | 24 | LRR 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 235 – 258 | 24 | LRR 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 292 – 319 | 28 | LRR 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 320 – 343 | 24 | LRR 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif | 523 – 526 | 4 | SUMO conjugation | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Compositional bias | 359 – 399 | 41 | Asp/Glu-rich (highly acidic) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Compositional bias | 359 – 397 | 39 | Asp/Glu-rich (highly acidic) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Site | 562 | 1 | Hydrophobic interaction with UBC9 By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Site | 565 | 1 | Hydrophobic interaction with UBC9 By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 2 | 1 | N-acetylalanine Ref.15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 358 | 1 | Phosphoserine Ref.12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 409 | 1 | Phosphothreonine; by CDK2 Ref.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 428 | 1 | Phosphoserine Ref.9 Ref.12 Ref.13 Ref.16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 435 | 1 | Phosphoserine Ref.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 436 | 1 | Phosphothreonine Ref.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 442 | 1 | Phosphoserine Ref.9 Ref.10 Ref.12 Ref.13 Ref.16 Ref.18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 524 | 1 | N6-acetyllysine; alternate Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cross-link | 8 | Glycyl lysine isopeptide (Lys-Gly) (interchain with G-Cter in SUMO-1) Ref.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cross-link | 524 | Glycyl lysine isopeptide (Lys-Gly) (interchain with G-Cter in SUMO-1); alternate Ref.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 133 | 1 | E → Q. Corresponds to variant rs2229752 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_029240 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 524 | 1 | K → R: No association with mitotic spindles during mitosis. Ref.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 434 – 439 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 443 – 448 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 450 – 452 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 453 – 459 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 466 – 477 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 484 – 502 | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 503 – 507 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 509 – 519 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 522 – 526 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 536 – 545 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 548 – 551 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 553 – 555 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 556 – 564 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 568 – 571 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 574 – 586 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | X82260 mRNA. Translation: CAA57714.1. AB058738 mRNA. Translation: BAB47464.1. Different initiation. CR456557 mRNA. Translation: CAG30443.1. AL035681 Genomic DNA. Translation: CAB63073.1. BC014044 mRNA. Translation: AAH14044.1. BC041396 mRNA. Translation: AAH41396.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00294879. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | JC5300. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_002874.1. NM_002883.2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.183800. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | P46060. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-29079N. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P46060. 14 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MINT | MINT-3016328. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | 9606.ENSP00000348577. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P46060. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DMDM | 1172922. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PaxDb | P46060. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | P46060. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DNASU | 5905. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000356244; ENSP00000348577; ENSG00000100401. ENST00000405486; ENSP00000385866; ENSG00000100401. ENST00000455915; ENSP00000401470; ENSG00000100401. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 5905. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:5905. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc003azs.3. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 5905. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC22M041641. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:9854. RANGAP1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | CAB004293. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 602362. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_P46060. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA34216. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HUGE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | COG5238. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HOG000195026. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG017720. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | P46060. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KO | K14319. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | SFNSNAF. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG4K0QN7. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pathway_Interaction_DB | hdac_classi_pathway. Signaling events mediated by HDAC Class I. hdac_classii_pathway. Signaling events mediated by HDAC Class II. ranbp2pathway. Sumoylation by RanBP2 regulates transcriptional repression. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_115566. Cell Cycle. REACT_21300. Mitotic M-M/G1 phases. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P46060. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | P46060. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_RANGAP1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | P46060. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000100401. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | 1.25.40.200. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR009109. Ran_GTPase_activating_1_C. IPR027038. RanGap. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PANTHER | PTHR24113. PTHR24113. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF07834. RanGAP1_C. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SUPFAM | SSF69099. RanGAP1_C. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ChiTaRS | RANGAP1. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | P46060. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenomeRNAi | 5905. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 22968. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | RAGP1_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P46060 Secondary accession number(s): Q96JJ2 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
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