P43489 (TNR4_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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January 25, 2012.
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| Protein names | Recommended name: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 Alternative name(s): ACT35 antigen OX40L receptor TAX transcriptionally-activated glycoprotein 1 receptor CD_antigen=CD134 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 277 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Receptor for TNFSF4/OX40L/GP34. |
| Subunit structure | |
| Subcellular location | |
| Sequence similarities | Contains 4 TNFR-Cys repeats. |
| Sequence caution | The sequence AAB33944.1 differs from that shown. Reason: Erroneous initiation. |
Ontologies
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Signal peptide | 1 – 28 | 28 | Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 29 – 277 | 249 | Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 | PRO_0000034554 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 29 – 214 | 186 | Extracellular Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 215 – 235 | 21 | Helical; Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 236 – 277 | 42 | Cytoplasmic Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 30 – 65 | 36 | TNFR-Cys 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 66 – 107 | 42 | TNFR-Cys 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 108 – 126 | 19 | TNFR-Cys 3; truncated | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 127 – 167 | 41 | TNFR-Cys 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 146 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 160 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 31 ↔ 42 | Ref.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 43 ↔ 56 | Ref.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 46 ↔ 64 | Ref.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 67 ↔ 81 | Ref.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 84 ↔ 99 | Ref.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 87 ↔ 107 | Ref.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 109 ↔ 125 | Ref.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 128 ↔ 141 | Ref.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 147 ↔ 166 | By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 10 | 1 | R → C. Ref.4 Corresponds to variant rs35304565 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_025164 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 33 – 38 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 41 – 44 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 50 – 54 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 58 – 60 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 63 – 66 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 77 – 79 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 89 – 91 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 93 – 97 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 106 – 109 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 113 – 115 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 121 – 123 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 124 – 127 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 147 – 151 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 153 – 156 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 160 – 162 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 165 – 167 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "The human OX40 homolog: cDNA structure, expression and chromosomal assignment of the ACT35 antigen." Latza U., Duerkop H., Schnittger S., Ringeling J., Eitelbach F., Hummel M., Fonatsch C., Stein H. Eur. J. Immunol. 24:677-683(1994) [PubMed: 7510240] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA]. |
| [2] | "Identification of OX40 ligand and preliminary characterization of its activities on OX40 receptor." Baum P.R., Gayle R.B. III, Ramsdell F., Srinivasan S., Sorensen R.A., Watson M.L., Seldin M.F., Clifford K.N., Grabstein K., Alderson M.R. Circ. Shock 44:30-34(1994) [PubMed: 7704935] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA]. |
| [3] | "The HTLV-I protein transcriptionally modulates OX40 antigen expression." Pankow R., Duerkop H., Latza U., Krause H., Kunzendorf U., Pohl T., Bulfone-Paus S. J. Immunol. 165:263-270(2000) [PubMed: 10861060] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA]. |
| [4] | NIEHS SNPs program Submitted (JUL-2005) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA], VARIANT CYS-10. |
| [5] | "The DNA sequence and biological annotation of human chromosome 1." Gregory S.G., Barlow K.F., McLay K.E., Kaul R., Swarbreck D., Dunham A., Scott C.E., Howe K.L., Woodfine K., Spencer C.C.A., Jones M.C., Gillson C., Searle S., Zhou Y., Kokocinski F., McDonald L., Evans R., Phillips K. Bentley D.R.Nature 441:315-321(2006) [PubMed: 16710414] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. |
| [6] | "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)." The MGC Project Team Genome Res. 14:2121-2127(2004) [PubMed: 15489334] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA]. Tissue: Brain. |
| [7] | "4-1BB and Ox40 are members of a tumor necrosis factor (TNF)-nerve growth factor receptor subfamily that bind TNF receptor-associated factors and activate nuclear factor kappaB." Arch R.H., Thompson C.B. Mol. Cell. Biol. 18:558-565(1998) [PubMed: 9418902] [Abstract] Cited for: INTERACTION WITH TRAF1; TRAF2 AND TRAF3. |
| [8] | "Activation of OX40 signal transduction pathways leads to tumor necrosis factor receptor-associated factor (TRAF) 2- and TRAF5-mediated NF-kappaB activation." Kawamata S., Hori T., Imura A., Takaori-Kondo A., Uchiyama T. J. Biol. Chem. 273:5808-5814(1998) [PubMed: 9488716] [Abstract] Cited for: INTERACTION WITH TRAF2 AND TRAF5. |
| [9] | "The crystal structure of the costimulatory OX40-OX40L complex." Compaan D.M., Hymowitz S.G. Structure 14:1321-1330(2006) [PubMed: 16905106] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (2.0 ANGSTROMS) OF 29-170 IN COMPLEX WITH TNFSF4, DISULFIDE BONDS. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Web resources
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | X75962 mRNA. Translation: CAA53576.1. S76792 mRNA. Translation: AAB33944.1. Different initiation. AJ277151 Genomic DNA. Translation: CAB96543.1. DQ118974 Genomic DNA. Translation: AAZ15374.1. AL162741 Genomic DNA. Translation: CAI23250.1. BC105070 mRNA. Translation: AAI05071.1. BC105072 mRNA. Translation: AAI05073.1. | ||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00018859. | ||||||||||||||||||||||||
| PIR | I37552. | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_003318.1. NM_003327.3. | ||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.129780. | ||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | P43489. | ||||||||||||||||||||||||
| SMR | P43489. Positions 29-168. | ||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-3024N. | ||||||||||||||||||||||||
| STRING | P43489. | ||||||||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||||||||
| DMDM | 1171933. | ||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | P43489. | ||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000379236; ENSP00000368538; ENSG00000186827. | ||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 7293. | ||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:7293. | ||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc001ade.1. human. | ||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||
| CTD | 7293. | ||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC01M001136. | ||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0028755. | ||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:11918. TNFRSF4. | ||||||||||||||||||||||||
| HPA | CAB016128. | ||||||||||||||||||||||||
| MIM | 600315. gene. | ||||||||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_P43489. | ||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA36611. | ||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | prNOG06912. | ||||||||||||||||||||||||
| GeneTree | ENSGT00550000074207. | ||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HBG283062. | ||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG005031. | ||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | P43489. | ||||||||||||||||||||||||
| OMA | YNEAVNY. | ||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG4JQ3ZC. | ||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | P43489. | ||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||
| Pathway_Interaction_DB | cd8tcrdownstreampathway. Downstream signaling in naive CD8+ T cells. | ||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P43489. | ||||||||||||||||||||||||
| Bgee | P43489. | ||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_TNFRSF4. | ||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | P43489. | ||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000186827. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR020445. TNFR_4. IPR001368. TNFR_Cys_rich_reg. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| KO | K05142. | ||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00020. TNFR_c6. 2 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| PRINTS | PR01921. TNFACTORR4. | ||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00208. TNFR. 3 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00652. TNFR_NGFR_1. 2 hits. PS50050. TNFR_NGFR_2. 2 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 28515. | ||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | TNR4_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P43489 Secondary accession number(s): Q13663, Q2M312, Q5T7M0 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
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