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UniProtKB/Swiss-Prot P43246 (MSH2_HUMAN)
Last modified
June 16, 2009.
Version 109.
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50% identity |
Documents (6) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: DNA mismatch repair protein Msh2 Alternative name(s): MutS protein homolog 2 | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 934 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is not processed. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Component of the post-replicative DNA mismatch repair system (MMR). Forms two different heterodimers: MutS alpha (MSH2-MSH6 heterodimer) and MutS beta (MSH2-MSH3 heterodimer) which binds to DNA mismatches thereby initiating DNA repair. When bound, heterodimers bend the DNA helix and shields approximately 20 base pairs. MutS alpha recognizes single base mismatches and dinucleotide insertion-deletion loops (IDL) in the DNA. MutS beta recognizes larger insertion-deletion loops up to 13 nucleotides long. After mismatch binding, MutS alpha or beta forms a ternary complex with the MutL alpha heterodimer, which is thought to be responsible for directing the downstream MMR events, including strand discrimination, excision, and resynthesis. ATP binding and hydrolysis play a pivotal role in mismatch repair functions. The ATPase activity associated with MutS alpha regulates binding similar to a molecular switch: mismatched DNA provokes ADP-->ATP exchange, resulting in a discernible conformational transition that converts MutS alpha into a sliding clamp capable of hydrolysis-independent diffusion along the DNA backbone. This transition is crucial for mismatch repair. MutS alpha may also play a role in DNA homologous recombination repair. In melanocytes may modulate both UV-B-induced cell cycle regulation and apoptosis. Ref.13 Ref.14 Ref.15 Ref.17 Ref.20 Ref.26 Ref.28 |
| Subunit structure | Heterodimer consisting of MSH2-MSH6 (MutS alpha) or MSH2-MSH3 (MutS beta). Both heterodimer form a ternary complex with MutL alpha (MLH1-PMS1). Interacts with EXO1. Part of the BRCA1-associated genome surveillance complex (BASC), which contains BRCA1, MSH2, MSH6, MLH1, ATM, BLM, PMS2 and the RAD50-MRE11-NBS1 protein complex. This association could be a dynamic process changing throughout the cell cycle and within subnuclear domains. Interacts with ATR. Ref.11 Ref.12 Ref.19 Ref.21 Ref.22 Ref.23 Ref.24 Ref.25 |
| Subcellular location | Nucleus Potential. |
| Tissue specificity | Ubiquitously expressed. Ref.19 |
| Post-translational modification | Phosphorylated by PRKCZ, which may prevent MutS alpha degradation by the ubiquitin-proteasome pathway. Ref.27 Ref.32 Phosphorylated upon DNA damage, probably by ATM or ATR. Ref.27 Ref.32 |
| Involvement in disease | Defects in MSH2 are the cause of hereditary non-polyposis colorectal cancer type 1 (HNPCC1) [MIM:120435]. Mutations in more than one gene locus can be involved alone or in combination in the production of the HNPCC phenotype (also called Lynch syndrome). Most families with clinically recognized HNPCC have mutations in either MLH1 or MSH2 genes. HNPCC is an autosomal, dominantly inherited disease associated with marked increase in cancer susceptibility. It is characterized by a familial predisposition to early onset colorectal carcinoma (CRC) and extra-colonic cancers of the gastrointestinal, urological and female reproductive tracts. HNPCC is reported to be the most common form of inherited colorectal cancer in the Western world. Cancers in HNPCC originate within benign neoplastic polyps termed adenomas. Clinically, HNPCC is often divided into two subgroups. Type I: hereditary predisposition to colorectal cancer, a young age of onset, and carcinoma observed in the proximal colon. Type II: patients have an increased risk for cancers in certain tissues such as the uterus, ovary, breast, stomach, small intestine, skin, and larynx in addition to the colon. Diagnosis of classical HNPCC is based on the Amsterdam criteria: 3 or more relatives affected by colorectal cancer, one a first degree relative of the other two; 2 or more generation affected; 1 or more colorectal cancers presenting before 50 years of age; exclusion of hereditary polyposis syndromes. The term "suspected HNPCC" or "incomplete HNPCC" can be used to describe families who do not or only partially fulfill the Amsterdam criteria, but in whom a genetic basis for colon cancer is strongly suspected. MSH2 mutations may predispose to hematological malignancies and multiple cafe-au-lait spots. Ref.3 Ref.4 Ref.16 Ref.35 Ref.38 Ref.40 Ref.41 Ref.42 Ref.43 Ref.46 Ref.47 Ref.48 Ref.50 Ref.53 Ref.55 Ref.56 Ref.57 Ref.58 Ref.60 Ref.61 Ref.63 Ref.64 Ref.66 Ref.67 Ref.68 Ref.71 Ref.72 Ref.73 Ref.74 Ref.75 Ref.77 Ref.78 Ref.79 Ref.81 Ref.82 Ref.83 Ref.84 Ref.85 Ref.86 Ref.87 Ref.88 Ref.89 Ref.90 Ref.91 Ref.92 Ref.94 Ref.95 Ref.96 Defects in MSH2 are a cause of Muir-Torre syndrome (MTS) [MIM:158320]. MTS is a rare autosomal dominant disorder characterized by sebaceous neoplasms and visceral malignancy. Ref.4 Defects in MSH2 are a cause of susceptibility to endometrial cancer [MIM:608089]. Ref.4 |
| Sequence similarities | Belongs to the DNA mismatch repair mutS family. |
| Sequence caution | The sequence AAC27930.1 differs from that shown. Reason: Frameshift at position 417. The frameshift is caused by a single nucleotide deletion which is found in a HNPCC kindred. |
Ontologies
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| itself | 1 | EBI-355888,EBI-355888 | ||
| EXO1 | P39875 | 1 | EBI-355888,EBI-6738 | From a different organism. |
| EXO1 | Q9UQ84-1 | 2 | EBI-355888,EBI-944694 | |
| MSH3 | P20585 | 1 | EBI-355888,EBI-1164205 | |
| MSH6 | P52701 | 1 | EBI-355888,EBI-395529 | |
| PTP4A3 | O75365 | 1 | EBI-355888,EBI-1043866 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 934 | 934 | DNA mismatch repair protein Msh2 | PRO_0000115183 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 669 – 676 | 8 | ATP Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 601 – 671 | 71 | Interaction with EXO1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 860 | 1 | Phosphoserine Ref.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 2 | 1 | A → T in HNPCC1. Ref.90 | VAR_054511 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 8 | 1 | T → M Could be associated with increased colorectal cancer susceptibility. dbSNP rs17217716. Ref.58 Ref.6 Ref.80 | VAR_013171 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 13 | 1 | S → I in colorectal cancer. Ref.76 | VAR_043736 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 17 | 1 | V → F in gastric cancer; uncertain pathogenicity; cryptic acceptor splice site suppressed on ex vivo splicing assay. Ref.63 | VAR_043737 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 33 | 1 | T → P in HNPCC1; shows slightly reduced mismatch binding or release efficiency. Ref.91 Ref.94 | VAR_043738 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 40 | 1 | G → S in CRC. Ref.80 | VAR_043739 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 43 | 1 | Y → C: dbSNP rs17217723. Ref.6 | VAR_019233 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 44 | 1 | T → M in HNPCC1. Ref.71 | VAR_043740 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 45 | 1 | A → V in HNPCC1. Ref.71 | VAR_043741 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 46 | 1 | H → Q in HNPCC1. dbSNP rs33946261. Ref.40 | VAR_004470 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 92 | 1 | Missing in HNPCC1; uncertain pathogenicity; has no effect on ex vivo splicing assay. Ref.74 Ref.90 Ref.95 | VAR_043742 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 93 | 1 | L → F in HNPCC1. Ref.86 | VAR_043743 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 96 | 1 | R → H Ref.5 | VAR_004471 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 98 | 1 | Y → C in HNPCC1; uncertain pathogenicity. Ref.63 | VAR_043744 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 102 | 1 | V → I in HNPCC1. Ref.72 | VAR_043745 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 106 | 1 | R → K: dbSNP rs41295286. Ref.93 | VAR_038026 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 110 | 1 | K → T in HNPCC1; somatic mutation. Ref.43 | VAR_043746 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 127 | 1 | N → S in HNPCC1; shows no defects. dbSNP rs17217772. Ref.77 Ref.94 | VAR_019234 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 139 | 1 | N → S in HNPCC1. | VAR_004472 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 145 | 1 | I → M in HNPCC1. Ref.90 | VAR_004473 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 161 | 1 | V → D in HNPCC1; affects protein stability; associated with an absence of the protein in tumors. Ref.64 Ref.91 Ref.94 | VAR_012936 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 162 | 1 | G → A in HNPCC1. Ref.89 Ref.91 Ref.92 Ref.94 Ref.96 | VAR_054512 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 162 | 1 | G → R in HNPCC1; shows a decreased expression level of the MutS alpha complex and is associated with an abnormal subcellular localization pattern; affects protein stability; associated with an absence of the protein in tumors. Ref.89 Ref.91 Ref.92 Ref.94 Ref.96 | VAR_043747 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 163 | 1 | V → D in HNPCC1. Ref.72 Ref.79 | VAR_043748 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 163 | 1 | V → G in HNPCC1. Ref.72 Ref.79 | VAR_022670 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 164 | 1 | G → R in HNPCC1; affects protein stability; associated with an absence of the protein in tumors. Ref.91 Ref.94 | VAR_043749 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 167 | 1 | D → H in HNPCC1; does not show a decreased expression level of the MutS alpha complex and is not associated with an abnormal subcellular localization pattern; could be a polymorphism. Ref.68 Ref.73 Ref.96 | VAR_004474 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 169 | 1 | I → V in HNPCC1; uncertain pathogenicity. Ref.87 | VAR_043750 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 173 | 1 | L → P in HNPCC1; affects protein stability; associated with an absence of the protein in tumors. Ref.91 Ref.94 | VAR_043751 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 175 | 1 | L → P in HNPCC1. Ref.78 | VAR_043752 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 187 | 1 | L → P in HNPCC1; affects protein stability; associated with an absence of the protein in tumors. Ref.91 Ref.94 | VAR_043753 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 198 | 1 | E → G in HNPCC1. | VAR_054513 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 199 | 1 | C → R in glioma; also associated with HNPCC1; has no effect on ex vivo splicing assay. Ref.95 Ref.49 | VAR_012937 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 203 | 1 | G → R in CRC; uncertain pathogenicity; somatic mutation. Ref.80 | VAR_043754 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 216 | 1 | I → V in HNPCC1; could be a polymorphism; shows slightly reduced mismatch binding or release efficiency. Ref.64 | VAR_012938 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 246 | 1 | K → Q in HNPCC1; uncertain pathogenicity. Ref.55 | VAR_043755 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 265 – 314 | 50 | Missing in HNPCC1. Ref.48 | VAR_004475 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 272 | 1 | A → V Associated wiht HNPCC1; shows slightly reduced mismatch binding or release efficiency; results in partial exon 5 skipping on ex vivo splicing assay. dbSNP rs34136999. Ref.91 Ref.94 Ref.95 | VAR_043756 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 283 | 1 | D → Y in HNPCC1. Ref.88 | VAR_043757 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 305 | 1 | A → T in HNPCC1. Ref.41 | VAR_004476 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 322 | 1 | G → D Common polymorphism; may be associated with increased colorectal cancer susceptibility; the equivalent substitution in yeast reduces the mismatch repair efficiency in vitro; shows slightly reduced mismatch binding or release efficiency. dbSNP rs4987188. Ref.47 Ref.55 Ref.61 Ref.72 Ref.74 Ref.90 Ref.94 Ref.6 Ref.76 Ref.93 Ref.37 Ref.45 Ref.51 Ref.54 Ref.59 Ref.65 Ref.70 | VAR_004477 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 323 | 1 | S → C in HNPCC1; uncertain pathogenicity. Ref.42 Ref.63 | VAR_012939 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 323 | 1 | S → Y in HNPCC1; uncertain pathogenicity. Ref.42 Ref.63 | VAR_043758 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 331 | 1 | N → D Associated with HNPCC1; has no effect on ex vivo splicing assay. Ref.95 | VAR_054514 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 333 | 1 | C → Y in HNPCC1; affects protein stability; associated with an absence of the protein in tumors. Ref.91 Ref.94 | VAR_043759 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 335 | 1 | T → I in HNPCC1; uncertain pathogenicity. Ref.63 | VAR_043760 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 336 | 1 | P → S in HNPCC1. Ref.53 | VAR_043761 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 342 | 1 | V → I in colorectal cancer. Ref.76 | VAR_043762 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 349 | 1 | P → L in HNPCC1. Ref.85 | VAR_043763 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 359 | 1 | R → S in HNPCC1; shows a decreased expression level of the MutS alpha comp lex and is associated with an abnormal subcellular localization pattern. Ref.73 Ref.96 | VAR_043764 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 390 | 1 | L → F in HNPCC1; uncertain pathogenicity; the equivalent substitution in yeast partially affects mismatch repair in vitro. dbSNP rs17224367. Ref.56 Ref.87 Ref.90 | VAR_004478 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 393 | 1 | K → M in HNPCC1. Ref.68 | VAR_043765 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 419 | 1 | Q → K in CRC; uncertain pathogenicity; the equivalent substitution in yeast partially affects mismatch repair in vitro. Ref.87 Ref.80 | VAR_012940 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 440 | 1 | Missing in HNPCC1. Ref.83 | VAR_043766 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 470 | 1 | V → E Associated with HNPCC1; has no effect on ex vivo splicing assay. Ref.95 | VAR_054515 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 492 | 1 | M → V in HNPCC1. | VAR_043767 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 506 | 1 | D → Y in CRC; sporadic; early onset; the equivalent substitution in yeast partially affects mismatch repair in vitro. Ref.50 Ref.39 | VAR_012941 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 524 | 1 | R → P in HNPCC1; defective in mismatch repair activity. Ref.16 Ref.68 | VAR_004479 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 552 | 1 | T → P in HNPCC1. Ref.75 | VAR_043768 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 554 | 1 | S → R in HNPCC1; could be a polymorphism. Ref.64 | VAR_012942 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 562 | 1 | E → V in HNPCC1. Ref.46 | VAR_004480 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 564 | 1 | T → A in HNPCC1; uncertain pathogenicity. dbSNP rs55778204. Ref.72 Ref.87 | VAR_043769 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 583 | 1 | N → S in HNPCC1. Ref.75 | VAR_043770 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 596 | 1 | N → S in HNPCC1; could be a polymorphism. dbSNP rs41295288. Ref.35 Ref.38 Ref.41 Ref.53 Ref.55 Ref.68 Ref.71 Ref.85 | VAR_012943 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 596 | 1 | Missing in HNPCC1; has no effect on ex vivo splicing assay. Ref.35 Ref.38 Ref.41 Ref.53 Ref.55 Ref.68 Ref.71 Ref.85 | VAR_004481 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 600 | 1 | A → V in HNPCC1. Ref.67 | VAR_043771 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 603 | 1 | D → N in HNPCC1; affects protein stability; associated with an absence of the protein in tumors. Ref.61 Ref.91 Ref.94 | VAR_043772 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 610 | 1 | H → N Associated with HNPCC1; has no effect on ex vivo splicing assay. Ref.95 | VAR_054516 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 619 | 1 | Y → C in CRC. Ref.80 | VAR_043773 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 622 | 1 | P → L in HNPCC1; the equivalent substitution in yeast causes loss of function in a mismatch repair assay. Ref.3 Ref.68 | VAR_004482 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 629 | 1 | Q → R in HNPCC1; uncertain pathogenicity. Ref.63 Ref.83 Ref.87 | VAR_043774 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 636 | 1 | A → P in HNPCC1; partial functional loss; mainly causes defects in mismatch binding or release efficiency. Ref.57 Ref.75 Ref.91 Ref.94 | VAR_012944 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 638 | 1 | R → G Associated with HNPCC1; has no effect on ex vivo splicing assay. Ref.95 | VAR_054517 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 639 | 1 | H → R in HNPCC1. Ref.3 Ref.43 | VAR_043775 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 639 | 1 | H → Y in HNPCC1; the equivalent substitution in yeast does not affect mismatch repair efficiency in vitro. Ref.3 Ref.43 | VAR_004483 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 641 | 1 | C → G Ref.48 | VAR_004484 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 645 | 1 | Q → E Associated with HNPCC1; has no effect on ex vivo splicing assay. Ref.95 | VAR_054518 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 647 | 1 | E → K in HNPCC1. Ref.43 | VAR_043776 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 656 | 1 | Y → H in HNPCC1; somatic mutation. Ref.43 | VAR_043777 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 660 | 1 | D → G in HNPCC1. Ref.79 | VAR_022671 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 670 | 1 | P → L: dbSNP rs41294982. Ref.93 | VAR_038027 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 671 | 1 | N → Y in HNPCC1; uncertain pathogenicity. Ref.82 | VAR_043778 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 674 | 1 | G → S in HNPCC1; somatic mutation. Ref.68 | VAR_004485 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 679 | 1 | I → T in HNPCC1; somatic mutation. Ref.43 | VAR_043779 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 688 | 1 | M → I in HNPCC1. Ref.50 Ref.58 Ref.83 | VAR_012945 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 692 | 1 | G → R in HNPCC1. Ref.60 | VAR_009250 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 696 | 1 | P → L Associated with HNPCC1; has no effect on ex vivo splicing assay. Ref.95 | VAR_054519 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 697 | 1 | C → F in HNPCC1; the equivalent substitution in yeast causes loss of function in a mismatch repair assay; mainly causes defects in mismatch binding or release efficiency. Ref.47 Ref.60 Ref.91 Ref.94 | VAR_004486 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 697 | 1 | C → R in HNPCC1; has no effect on ex vivo splicing assay. Ref.47 Ref.60 Ref.91 Ref.94 | VAR_009251 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 714 | 1 | A → V in HNPCC1; uncertain pathogenicity. Ref.63 | VAR_043780 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 723 | 1 | S → F in HNPCC1; has no effect on ex vivo splicing assay. Ref.67 | VAR_043781 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 729 | 1 | M → V in HNPCC1; somatic mutation. Ref.43 | VAR_043782 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 732 | 1 | T → I in HNPCC1; somatic mutation. Ref.43 | VAR_043783 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 745 – 746 | 2 | Missing in HNPCC1; mainly causes defects in mismatch binding or release efficiency. | VAR_043784 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 748 | 1 | D → Y Associated with HNPCC1; has no effect on ex vivo splicing assay. Ref.95 | VAR_054520 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 749 | 1 | E → K in HNPCC1; mainly causes defects in mismatch binding or release efficiency; the mutant protein is well expressed in tumors. Ref.91 Ref.94 | VAR_043785 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 770 | 1 | I → V Ref.48 | VAR_004487 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 779 | 1 | M → I: dbSNP rs41295292. Ref.93 | VAR_038028 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 807 | 1 | T → S: dbSNP rs41295294. Ref.93 | VAR_038029 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 813 | 1 | M → V in HNPCC1. Ref.66 | VAR_043786 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 824 | 1 | Q → E in gastric cancer; uncertain pathogenicity. Ref.63 | VAR_043787 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 834 | 1 | A → T in HNPCC1; shows no defects; could be a polymorphism. Ref.41 Ref.55 Ref.94 | VAR_004488 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 835 | 1 | N → H: dbSNP rs41295296. Ref.93 | VAR_038030 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 839 | 1 | H → Q Associated with HNPCC1; has no effect on ex vivo splicing assay. Ref.84 Ref.95 | VAR_054521 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 839 | 1 | H → R in HNPCC1. Ref.84 | VAR_043788 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 845 | 1 | K → E in HNPCC1. Ref.58 | VAR_013172 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 853 | 1 | E → A in HNPCC1; uncertain pathogenicity. Ref.74 Ref.90 | VAR_043789 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 868 | 1 | P → A in gastric cancer; uncertain pathogenicity. Ref.63 | VAR_043790 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 870 | 1 | A → G in gastric cancer; uncertain pathogenicity. Ref.63 | VAR_043791 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 873 | 1 | C → G in gastric cancer; uncertain pathogenicity. Ref.63 | VAR_043792 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 886 | 1 | E → G in HNPCC1. Ref.71 | VAR_043793 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 905 | 1 | T → R in HNPCC1; could be a polymorphism. Ref.68 | VAR_004489 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 911 | 1 | L → R: dbSNP rs41295182. Ref.93 | VAR_038031 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 923 | 1 | V → E in HNPCC1; could be a polymorphism. Ref.71 Ref.94 | VAR_043794 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 931 | 1 | K → T in HNPCC1. Ref.81 | VAR_043795 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 674 | 1 | G → A: Mainly causes defects in mismatch binding or release efficiency. Ref.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 675 | 1 | K → R: No effect on mismatch binding, complete loss of DNA repair function when associated with MSH6 mutant R-1140. Ref.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 13 – 24 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 33 – 38 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 40 – 46 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 47 – 56 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 65 – 68 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 75 – 80 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 82 – 94 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 99 – 105 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 117 – 124 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 129 – 131 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 132 – 134 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 147 – 151 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 154 – 158 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 160 – 167 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 168 – 171 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 172 – 179 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 185 – 194 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 197 – 201 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 206 – 208 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 209 – 218 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 219 – 221 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 223 – 226 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 237 – 240 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 252 – 256 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 259 – 262 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 264 – 276 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 304 – 309 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 326 – 330 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 336 – 347 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 353 – 369 | 17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 371 – 377 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 378 – 380 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 381 – 383 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 387 – 395 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 401 – 412 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 415 – 421 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 424 – 427 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 437 – 446 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 448 – 457 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 460 – 463 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 464 – 466 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 472 – 474 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 476 – 503 | 28 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 508 – 510 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 517 – 519 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 523 – 525 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 531 – 534 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 537 – 545 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 548 – 553 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 554 – 585 | 32 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 586 – 588 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 589 – 614 | 26 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 615 – 617 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 623 – 625 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 630 – 637 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 640 – 644 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 653 – 658 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 664 – 668 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 675 – 690 | 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 695 – 703 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 706 – 712 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 724 – 736 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 743 – 749 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 756 – 772 | 17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 777 – 781 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 790 – 793 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 794 – 806 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 811 – 820 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 827 – 833 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 838 – 852 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
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References
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