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UniProtKB/Swiss-Prot P42907 (AGAS_ECOLI)
Last modified
June 16, 2009.
Version 52.
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Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (3) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase EC=5.3.1.- | ||||||
| Gene names |
| ||||||
| Organism | Escherichia coli (strain K12) [Complete proteome] [HAMAP] | ||||||
| Taxonomic identifier | 83333 [NCBI] | ||||||
| Taxonomic lineage | Bacteria › Proteobacteria › Gammaproteobacteria › Enterobacteriales › Enterobacteriaceae › Escherichia |
Protein attributes
| Sequence length | 384 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is not processed. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | May be a tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase By similarity. |
| Miscellaneous | In contrast to E.coli strains C and EC3132, K-12 strains can not grow on N-acetylgalactosamine and D-galactosamine, because they carry a deletion and thus lack active PTS systems specific for these compounds. Therefore, agaS in K-12 strains is not involved in the degradation of these compounds. |
| Sequence similarities | Belongs to the SIS family. AgaS subfamily. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Molecular function | Isomerase |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | carbohydrate metabolic process Inferred from electronic annotation. Source: InterPro oxidation reductionInferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Molecular function | intramolecular oxidoreductase activity, interconverting aldoses and ketoses Inferred from electronic annotation. Source: InterPro sugar bindingInferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 384 | 384 | Putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase | PRO_0000136590 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 15 – 21 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 23 – 49 | 27 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 55 – 59 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 63 – 79 | 17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 81 – 85 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 88 – 93 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 95 – 98 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 105 – 114 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 117 – 129 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 131 – 140 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 145 – 151 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 163 – 165 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 169 – 171 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 174 – 187 | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 189 – 191 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 194 – 197 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 198 – 210 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 211 – 213 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 225 – 232 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 235 – 249 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 250 – 252 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 253 – 259 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 261 – 264 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 265 – 267 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 268 – 271 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 276 – 281 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 288 – 302 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 305 – 314 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 317 – 320 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 322 – 326 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 335 – 356 | 22 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
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| [1] | "The complete genome sequence of Escherichia coli K-12." Blattner F.R., Plunkett G. III, Bloch C.A., Perna N.T., Burland V., Riley M., Collado-Vides J., Glasner J.D., Rode C.K., Mayhew G.F., Gregor J., Davis N.W., Kirkpatrick H.A., Goeden M.A., Rose D.J., Mau B., Shao Y. Science 277:1453-1474(1997) [PubMed: 9278503] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. Strain: K12 / MG1655 / ATCC 47076. |
| [2] | "Highly accurate genome sequences of Escherichia coli K-12 strains MG1655 and W3110." Hayashi K., Morooka N., Yamamoto Y., Fujita K., Isono K., Choi S., Ohtsubo E., Baba T., Wanner B.L., Mori H., Horiuchi T. Mol. Syst. Biol. 2:E1-E5(2006) [PubMed: 16738553] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. Strain: K12 / W3110 / ATCC 27325 / DSM 5911. |
| [3] | "Novel phosphotransferase genes revealed by bacterial genome sequencing: a gene cluster encoding a putative N-acetylgalactosamine metabolic pathway in Escherichia coli." Reizer J., Ramseier T.M., Reizer A., Charbit A., Saier M.H. Jr. Microbiology 142:231-250(1996) [PubMed: 8932697] [Abstract] Cited for: DISCUSSION OF SEQUENCE. |
| [4] | "The crystal structure of the tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase from Escherichia coli." Midwest center for structural genomics (MCSG) Submitted (FEB-2008) to the PDB data bank Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (1.8 ANGSTROMS). |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| U18997 Genomic DNA. Translation: AAA57939.1. U00096 Genomic DNA. Translation: AAC76170.1. AP009048 Genomic DNA. Translation: BAE77182.1. | |||||||||||||
| PIR | D65103. | ||||||||||||
| RefSeq | AP_003681.1. NP_417605.1. | ||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||
| |||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||
| GeneID | 947645. | ||||||||||||
| GenomeReviews | Gene locus JW3105 in contig AP009048_GR. Gene locus b3136 in contig U00096_GR. | ||||||||||||
| KEGG | ecj:JW3105. eco:b3136. | ||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||
| EchoBASE | EB2620. | ||||||||||||
| EcoGene | EG12767. agaS. | ||||||||||||
| CMR | Search... | ||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||
| HOGENOM | P42907. | ||||||||||||
| OMA | P42907. SPLGFRH. | ||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||
| BioCyc | EcoCyc:G7634-MON. | ||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||
| InterPro | IPR001347. SIS. IPR014180. Sugar_isomerase_AgaS. [Graphical view] | ||||||||||||
| Pfam | PF01380. SIS. 2 hits. [Graphical view] | ||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR02815. agaS_fam. 1 hit. | ||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||
Entry information
| Entry name | AGAS_ECOLI | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P42907 Secondary accession number(s): Q2M974 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HAMAP (High-quality Automated and Manual Annotation of microbial Proteomes) | ||||||||
Relevant documents
| Escherichia coli Escherichia coli (strain K12): entries and cross-references to EcoGene |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with


