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UniProtKB/Swiss-Prot P42326 (TYSY1_BACSU)
Last modified
February 9, 2010.
Version 76.
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Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (4) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Thymidylate synthase 1 Short name=TS 1 Short name=TSase 1 EC=2.1.1.45 Alternative name(s): Thymidylate synthase A Short name=TS A Short name=TSase A | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Bacillus subtilis [Complete proteome] [HAMAP] | ||||
| Taxonomic identifier | 1423 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Bacteria › Firmicutes › Bacillales › Bacillaceae › Bacillus |
Protein attributes
| Sequence length | 279 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Provides the sole de novo source of dTMP for DNA biosynthesis. HAMAP MF_00008 |
| Catalytic activity | 5,10-methylenetetrahydrofolate + dUMP = dihydrofolate + dTMP. HAMAP MF_00008 |
| Pathway | |
| Subunit structure | Homodimer. HAMAP MF_00008 |
| Subcellular location | Cytoplasm By similarity HAMAP MF_00008. |
| Miscellaneous | B.subtilis strain 168 possesses two thymidylate synthases, a major form thyA and a minor form thyB. HAMAP MF_00008 |
| Sequence similarities | Belongs to the thymidylate synthase family. Bacterial-type thyA subfamily. |
| Biophysicochemical properties | Temperature dependence: Thermostable. Active at 46 degrees Celsius. HAMAP MF_00008 |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Nucleotide biosynthesis |
| Cellular component | Cytoplasm |
| Molecular function | Methyltransferase Transferase |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | dTMP biosynthetic process Inferred from electronic annotation. Source: HAMAP |
| Cellular component | cytoplasm Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-SubCell |
| Molecular function | thymidylate synthase activity Inferred from electronic annotation. Source: HAMAP |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 279 | 279 | Thymidylate synthase 1 HAMAP MF_00008 | PRO_0000140931 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 161 | 1 | By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 84 – 85 | 2 | ND → TE in strain: ATCC 6633 and W23. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 88 | 1 | M → K in strain: ATCC 6633 and W23. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 118 | 1 | S → N in strain: ATCC 6633 and W23. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 149 | 1 | N → S in strain: W23. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 155 | 1 | A → S in strain: ATCC 6633 and W23. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 171 | 1 | H → Q in strain: ATCC 6633 and W23. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 265 | 1 | I → F in strain: W23. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 4 – 18 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 32 – 34 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 40 – 50 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 52 – 54 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 59 – 61 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 65 – 76 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 83 – 87 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 88 – 90 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 95 – 97 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 109 – 113 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 117 – 119 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 122 – 124 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 126 – 136 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 144 – 147 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 150 – 152 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 153 – 155 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 156 – 158 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 161 – 170 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 173 – 184 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 185 – 188 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 189 – 207 | 19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 210 – 224 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 225 – 227 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 228 – 236 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 244 – 247 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 254 – 256 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 259 – 261 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 262 – 266 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "The thyA gene from Bacillus subtilis exhibits similarity with the phage phi 3T thymidylate synthase gene." Tam N.H., Borriss R. Microbiology 141:291-297(1995) [PubMed: 7704257] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA]. Strain: 168. |
| [2] | "The complete genome sequence of the Gram-positive bacterium Bacillus subtilis." Kunst F., Ogasawara N., Moszer I., Albertini A.M., Alloni G., Azevedo V., Bertero M.G., Bessieres P., Bolotin A., Borchert S., Borriss R., Boursier L., Brans A., Braun M., Brignell S.C., Bron S., Brouillet S., Bruschi C.V. Danchin A.Nature 390:249-256(1997) [PubMed: 9384377] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. Strain: 168. |
| [3] | "Genes encoding thymidylate synthases A and B in the genus Bacillus are members of two distinct families." Tam N.H., Borriss R. Mol. Gen. Genet. 258:427-430(1998) [PubMed: 9648749] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA] OF 49-279. Strain: ATCC 6633 / NCIMB 8054 / CCM1999 and W23. |
| [4] | "Crystal structures of a unique thermal-stable thymidylate synthase from Bacillus subtilis." Stout T.J., Schellenberger U., Santi D.V., Stroud R.M. Biochemistry 37:14736-14747(1998) [PubMed: 9778348] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (2.2 ANGSTROMS). |
| [5] | "Crystal structure of thymidylate synthase A from Bacillus subtilis." Fox K.M., Maley F., Garibian A., Changchien L.M., van Roey P. Protein Sci. 8:538-544(1999) [PubMed: 10091656] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (2.5 ANGSTROMS). |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | X78560 Genomic DNA. Translation: CAA55307.1. AL009126 Genomic DNA. Translation: CAB13652.1. AF004102 Genomic DNA. Translation: AAC26324.1. AF004103 Genomic DNA. Translation: AAC26325.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | I40494. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_389651.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 939555. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenomeReviews | Gene locus BSU17680 in contig AL009126_GR. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | bsu:BSU17680. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NMPDR | fig|224308.1.peg.1772. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SubtiList | BG11190. thyA1. [Micado] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CMR | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HBG588098. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | DIKPEDF. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | P42326. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BRENDA | 2.1.1.45. 150. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HAMAP | MF_00008. Thymidy_synth_bact. [Tree] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR000398. Thymidylate_synthase. IPR020940. Thymidylate_synthase_AS. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:3.30.572.10. Thymidylat_synth_C. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PANTHER | PTHR11549:SF2. Thymidylat_synth_C. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00303. Thymidylat_synt. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRINTS | PR00108. THYMDSNTHASE. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR03284. thym_sym. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00091. THYMIDYLATE_SYNTHASE. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | TYSY1_BACSU | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P42326 Secondary accession number(s): O30395, O30396 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HAMAP (High-quality Automated and Manual Annotation of microbial Proteomes) | ||||||||
Relevant documents
| Bacillus subtilis Bacillus subtilis (strain 168): entries, gene names and cross-references to SubtiList |
| PATHWAY comments Index of metabolic and biosynthesis pathways |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with


