P35269 (T2FA_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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| Protein names | Recommended name: General transcription factor IIF subunit 1 Alternative name(s): General transcription factor IIF 74 kDa subunit Transcription initiation factor IIF subunit alpha Short name=TFIIF-alpha Transcription initiation factor RAP74 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 517 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | TFIIF is a general transcription initiation factor that binds to RNA polymerase II and helps to recruit it to the initiation complex in collaboration with TFIIB. It promotes transcription elongation. Ref.9 |
| Subunit structure | Heterodimer of an alpha and a beta subunit. Interacts with GTF2F2, CTDP1, TAF6/TAFII80 and URI1. Ref.7 Ref.10 |
| Subcellular location | |
| Induction | Up-regulated in response to enterovirus 71 (EV71) infection. Ref.12 |
| Post-translational modification | Phosphorylated on Ser and other residues by TAF1 and casein kinase II-like kinases. Ref.8 Ref.9 |
| Sequence similarities | Belongs to the TFIIF alpha subunit family. |
| Caution | Was reported (Ref.9) to have a protein kinase activity and to autophosphorylates on Ser-385 and Thr-389. |
Ontologies
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| TAF1 | P21675 | 3 | EBI-457886,EBI-491289 | |
| URI1 | O94763 | 3 | EBI-457886,EBI-357067 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 517 | 517 | General transcription factor IIF subunit 1 | PRO_0000211231 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Compositional bias | 283 – 350 | 68 | Glu-rich | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 217 | 1 | Phosphoserine Ref.8 Ref.11 Ref.15 Ref.17 Ref.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 218 | 1 | Phosphoserine Ref.8 Ref.11 Ref.15 Ref.17 Ref.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 221 | 1 | Phosphoserine Ref.8 Ref.11 Ref.15 Ref.17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 224 | 1 | Phosphoserine Ref.8 Ref.11 Ref.15 Ref.17 Ref.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 331 | 1 | Phosphothreonine Ref.8 Ref.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 377 | 1 | Phosphoserine Ref.8 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 380 | 1 | Phosphoserine Ref.8 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 381 | 1 | Phosphoserine Ref.8 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 385 | 1 | Phosphoserine Ref.8 Ref.9 Ref.14 Ref.15 Ref.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 389 | 1 | Phosphothreonine Ref.8 Ref.9 Ref.14 Ref.15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 391 | 1 | Phosphoserine Ref.8 Ref.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 407 | 1 | N6-acetyllysine Ref.16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 431 | 1 | Phosphoserine Ref.8 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 433 | 1 | Phosphoserine Ref.8 Ref.13 Ref.14 Ref.17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 436 | 1 | Phosphoserine Ref.8 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 446 | 1 | Phosphothreonine Ref.8 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 449 | 1 | Phosphoserine Ref.8 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 3 | 1 | A → V. Corresponds to variant rs34826931 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_039004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 385 | 1 | S → A: Eliminates putative kinase activity; when associated with A-389. Ref.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 389 | 1 | T → A: Eliminates putative kinase activity; when associated with A-385. Ref.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 231 | 1 | V → I in CAA45404. Ref.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 361 | 1 | L → F in CAA45408. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 10 – 17 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 23 – 31 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 33 – 35 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 39 – 41 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 45 – 49 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 52 – 55 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 58 – 61 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 76 – 78 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 84 – 87 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 98 – 104 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 109 – 114 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 120 – 129 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 135 – 148 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 149 – 151 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 456 – 465 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 470 – 475 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 479 – 482 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 486 – 500 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 503 – 507 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 510 – 515 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | X64037 mRNA. Translation: CAA45408.1. X64002 mRNA. Translation: CAA45404.1. BT007097 mRNA. Translation: AAP35761.1. AK315240 mRNA. Translation: BAG37667.1. CH471139 Genomic DNA. Translation: EAW69098.1. BC000120 mRNA. Translation: AAH00120.1. BC013007 mRNA. Translation: AAH13007.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00017450. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | S20248. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_002087.2. NM_002096.2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.68257. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | P35269. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-677N. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P35269. 10 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MINT | MINT-1403790. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | 9606.ENSP00000377969. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P35269. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DMDM | 46397744. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PaxDb | P35269. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PeptideAtlas | P35269. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | P35269. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DNASU | 2962. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000394456; ENSP00000377969; ENSG00000125651. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 2962. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:2962. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc002meq.2. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 2962. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC19M006381. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:4652. GTF2F1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | HPA022793. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 189968. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_P35269. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA29038. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | NOG244830. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HOG000059644. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG000729. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | P35269. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KO | K03138. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | KRTSETP. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG4XD3RC. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | P35269. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_116125. Disease. REACT_1675. mRNA Processing. REACT_1788. Transcription. REACT_1892. Elongation arrest and recovery. REACT_71. Gene Expression. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P35269. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | P35269. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_GTF2F1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | P35269. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | 1.10.10.10. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR008851. TFIIF-alpha. IPR011039. TFIIF_interaction. IPR011991. WHTH_DNA-bd_dom. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF05793. TFIIF_alpha. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SUPFAM | SSF50916. TFIIF_interactn. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ChiTaRS | GTF2F1. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | P35269. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenomeRNAi | 2962. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 11742. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PMAP-CutDB | P35269. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | T2FA_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P35269 Secondary accession number(s): B2RCS0, Q9BWN0 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
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