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UniProtKB/Swiss-Prot P32851 (STX1A_RAT)
Last modified
January 19, 2010.
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Syntaxin-1A Alternative name(s): Synaptotagmin-associated 35 kDa protein Short name=P35A Neuron-specific antigen HPC-1 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Rattus norvegicus (Rat) | ||||
| Taxonomic identifier | 10116 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Glires › Rodentia › Sciurognathi › Muroidea › Muridae › Murinae › Rattus |
Protein attributes
| Sequence length | 288 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Potentially involved in docking of synaptic vesicles at presynaptic active zones. May play a critical role in neurotransmitter exocytosis. |
| Subunit structure | Interacts with OTOF, SYTL4, VAPA, SYBU and LGI3. Found in a complex with VAMP8 and SNAP23 By similarity. Part of the SNARE core complex containing SNAP25, VAMP2 and STX1A. This complex binds to CPLX1. Binds STXBP6. Found in a ternary complex with STX1A and SNAP25. Ref.6 |
| Subcellular location | Cytoplasmic vesicle › secretory vesicle › synaptic vesicle membrane; Single-pass type IV membrane protein By similarity. Cell junction › synapse › synaptosome By similarity. |
| Tissue specificity | Expressed predominantly in cerebral cortex, hippocampus, cerebellum, adrenal medulla and retina with weak expression detected in non-neuronal tissues. |
| Post-translational modification | Phosphorylated by CK2. |
| Sequence similarities | Belongs to the syntaxin family. Contains 1 t-SNARE coiled-coil homology domain. |
Ontologies
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| Sept5 | Q9JJM9 | 1 | EBI-539720,EBI-539712 | |
| Stxbp1 | P61765 | 1 | EBI-539720,EBI-1029097 | |
| Vamp2 | P63045 | 2 | EBI-539720,EBI-520880 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 288 | 288 | Syntaxin-1A | PRO_0000210189 | |||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 1 – 265 | 265 | Cytoplasmic Potential | ||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 266 – 288 | 23 | Anchor for type IV membrane protein Potential | ||||||||||||||||||||||
| Domain | 192 – 254 | 63 | t-SNARE coiled-coil homology | ||||||||||||||||||||||
| Coiled coil | 68 – 109 | 42 | Potential | ||||||||||||||||||||||
| Compositional bias | 13 – 19 | 7 | Asp-rich (acidic) | ||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 14 | 1 | Phosphoserine By similarity | ||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||
| Turn | 6 – 8 | 3 | |||||||||||||||||||||||
| Helix | 28 – 63 | 36 | |||||||||||||||||||||||
| Helix | 69 – 104 | 36 | |||||||||||||||||||||||
| Helix | 111 – 146 | 36 | |||||||||||||||||||||||
| Helix | 151 – 156 | 6 | |||||||||||||||||||||||
| Helix | 162 – 170 | 9 | |||||||||||||||||||||||
| Turn | 178 – 180 | 3 | |||||||||||||||||||||||
| Helix | 192 – 254 | 63 | |||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | D10392 mRNA. Translation: BAA01231.1. Different initiation. D12519 mRNA. Translation: BAA02089.1. M95734 mRNA. Translation: AAA42195.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00324381. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | A38141. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_446240.2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Rn.9943 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DisProt | DP00155. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-108N. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P32851. 11 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | P32851. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P32851. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENSRNOT00000049601; ENSRNOP00000040699; ENSRNOG00000029165; Rattus norvegicus. [Genome view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 116470. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | rno:116470. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | NM_053788. rat. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 116470. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RGD | 69430. Stx1a. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | roNOG09503. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | P32851. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | P32851. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | GIEQSIE. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG9FN73Q. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | P32851. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P32851. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | P32851. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSRNOG00000029165. Rattus norvegicus. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR015709. Syntaxin-1. IPR006012. Syntaxin/epimorphin_CS. IPR006011. Syntaxin_N. IPR010989. t-SNARE. IPR000727. T_SNARE_dom. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PANTHER | PTHR19957:SF35. Syntaxin-1. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF05739. SNARE. 1 hit. PF00804. Syntaxin. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00503. SynN. 1 hit. SM00397. t_SNARE. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00914. SYNTAXIN. 1 hit. PS50192. T_SNARE. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 619018. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PMAP-CutDB | P32851. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | STX1A_RAT | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P32851 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
Relevant documents
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with


