P32322 (P5CR1_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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January 25, 2012.
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| Protein names | Recommended name: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial Short name=P5C reductase 1 Short name=P5CR 1 EC=1.5.1.2 | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 319 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Housekeeping enzyme that catalyzes the last step in proline biosynthesis. Can utilize both NAD and NADP, but has higher affinity for NAD. Involved in the cellular response to oxidative stress. Ref.7 Ref.9 |
| Catalytic activity | L-proline + NAD(P)+ = 1-pyrroline-5-carboxylate + NAD(P)H. Ref.9 |
| Enzyme regulation | Subject to competitive inhibition by the reaction product proline. Subject to competitive inhibition by stearoyl coenzyme A. Ref.9 |
| Pathway | |
| Subunit structure | Homodecamer; composed of 5 homodimers. Ref.9 |
| Subcellular location | |
| Involvement in disease | Defects in PYCR1 are the cause of cutis laxa autosomal recessive type 2B (ARCL2B) [MIM:612940]. A multisystem disorder characterized by the appearance of premature aging, wrinkled and lax skin with reduced elasticity, joint laxity, craniofacial dysmorphic features, intrauterine growth retardation with some degree of postnatal growth deficiency, and developmental delay. Ref.7 Ref.11 |
| Sequence similarities | Belongs to the pyrroline-5-carboxylate reductase family. |
| Biophysicochemical properties | Kinetic parameters: KM=0.151 mM for NAD+ Ref.9 KM=3.06 mM for NADP+ |
Ontologies
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| itself | 5 | EBI-848624,EBI-848624 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Initiator methionine | 1 | 1 | Removed Ref.5 Ref.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 2 – 319 | 318 | Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial | PRO_0000187314 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 6 – 11 | 6 | NADP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 69 – 72 | 4 | NADP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 95 – 97 | 3 | NADP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 34 | 1 | NADP; via carbonyl oxygen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 56 | 1 | NADP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 2 | 1 | N-acetylserine Ref.5 Ref.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 119 | 1 | R → G in ARCL2B. Ref.7 | VAR_059068 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 119 | 1 | R → H in ARCL2B. Ref.7 | VAR_059069 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 179 | 1 | A → T in ARCL2B. Ref.7 | VAR_059070 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 189 | 1 | A → V. Ref.7 | VAR_059071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 206 | 1 | G → R in ARCL2B. Ref.7 | VAR_059072 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 206 | 1 | G → W in ARCL2B. Ref.7 | VAR_059073 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 251 | 1 | R → H in ARCL2B. Ref.7 | VAR_059074 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 257 | 1 | A → T in ARCL2B. Ref.7 | VAR_059075 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 266 | 1 | R → Q in ARCL2B; may cause skipping of exon 6. Ref.11 | VAR_059076 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 221 | 1 | E → A: Reduced enzyme activity. Ref.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 155 | 1 | S → T in AAA36407. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 317 | 1 | G → S in CAG46568. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 3 – 7 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 10 – 21 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 27 – 29 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 30 – 33 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 40 – 48 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 51 – 54 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 56 – 62 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 64 – 68 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 72 – 74 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 75 – 82 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 83 – 85 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 91 – 94 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 101 – 109 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 116 – 121 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 124 – 128 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 131 – 137 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 143 – 154 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 157 – 161 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 164 – 166 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 167 – 173 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 174 – 176 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 177 – 194 | 18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 199 – 219 | 21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 224 – 231 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 237 – 247 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 250 – 270 | 21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | M77836 mRNA. Translation: AAA36407.1. CR541769 mRNA. Translation: CAG46568.1. AC145207 Genomic DNA. No translation available. BC001504 mRNA. Translation: AAH01504.1. BC071842 mRNA. Translation: AAH71842.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00941557. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | A41770. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_008838.2. NM_006907.2. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.163451. | ||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | P32322. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| SMR | P32322. Positions 1-275. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P32322. 2 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | P32322. | ||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P32322. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| DMDM | 60416434. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | P32322. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000329875; ENSP00000328858; ENSG00000183010. ENST00000405481; ENSP00000386002; ENSG00000183010. ENST00000432920; ENSP00000414068; ENSG00000183010. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 5831. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:5831. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc002kcr.1. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 5831. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC01M226075. GC17M079890. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0014258. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:9721. PYCR1. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 179035. gene. 612940. phenotype. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_P32322. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Orphanet | 90350. Autosomal recessive cutis laxa type 2. 2962. De Barsy syndrome. 2078. Geroderma osteodysplastica. 2834. Wrinkly skin syndrome. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | prNOG18642. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG053399. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | P32322. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | P32322. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| BioCyc | MetaCyc:MONOMER-11444. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| BRENDA | 1.5.1.2. 2681. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_111217. Metabolism. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P32322. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | P32322. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_PYCR1. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | P32322. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000183010. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR008927. 6-PGluconate_DH_C-like. IPR016040. NAD(P)-bd_dom. IPR004455. NADP_OxRdtase_F420. IPR000304. Pyrroline-COOH_reductase. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:3.40.50.720. NAD(P)-bd. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| KO | K00286. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PANTHER | PTHR11645. P5CR. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF03807. F420_oxidored. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PIRSF | PIRSF000193. Pyrrol-5-carb_rd. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| SUPFAM | SSF48179. 6DGDH_C_like. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR00112. ProC. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00521. P5CR. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||
| DrugBank | DB00172. L-Proline. DB00157. NADH. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 22720. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | P5CR1_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P32322 Secondary accession number(s): Q6FHI4, Q96DI6 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
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