P28834 (IDH1_YEAST) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
Last modified
May 29, 2013.
Version 118.
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| Protein names | Recommended name: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1, mitochondrial EC=1.1.1.41 Alternative name(s): Isocitric dehydrogenase NAD(+)-specific ICDH | ||||||
| Gene names |
| ||||||
| Organism | Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (Baker's yeast) [Reference proteome] | ||||||
| Taxonomic identifier | 559292 [NCBI] | ||||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Fungi › Dikarya › Ascomycota › Saccharomycotina › Saccharomycetes › Saccharomycetales › Saccharomycetaceae › Saccharomyces › ![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 360 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Performs an essential role in the oxidative function of the citric acid cycle. Also binds RNA; specifically to the 5'-untranslated leaders of mitochondrial mRNAs. |
| Catalytic activity | Isocitrate + NAD+ = 2-oxoglutarate + CO2 + NADH. |
| Cofactor | Binds 1 magnesium or manganese ion per subunit By similarity. |
| Enzyme regulation | Allosterically regulated by several compounds including AMP, NAD+, and citrate. |
| Subunit structure | Octamer of two non-identical subunits IDH1 and IDH2. |
| Subcellular location | |
| Miscellaneous | Present with 10500 molecules/cell in log phase SD medium. |
| Sequence similarities | Belongs to the isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases family. |
Ontologies
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| IDH2 | P28241 | 7 | EBI-8878,EBI-8883 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Transit peptide | 1 – 11 | 11 | Mitochondrion Ref.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 12 – 360 | 349 | Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1, mitochondrial | PRO_0000014431 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 228 | 1 | Magnesium or manganese By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 109 | 1 | Substrate By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 140 | 1 | Substrate By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 228 | 1 | Substrate By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Site | 194 | 1 | Critical for catalysis By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 29 – 37 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 38 – 53 | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 57 – 62 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 71 – 84 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 85 – 91 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 95 – 99 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 102 – 110 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 114 – 122 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 135 – 141 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 145 – 148 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 150 – 153 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 158 – 166 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 167 – 183 | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 188 – 193 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 195 – 197 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 201 – 216 | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 220 – 226 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 227 – 236 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 238 – 240 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 242 – 246 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 248 – 262 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 265 – 267 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 269 – 276 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 278 – 280 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 283 – 286 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 289 – 291 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 300 – 313 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 317 – 331 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 332 – 335 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 338 – 340 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 346 – 358 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Cloning and characterization of the gene encoding the IDH1 subunit of NAD(+)-dependent isocitrate dehydrogenase from Saccharomyces cerevisiae." Cupp J.R., McAlister-Henn L. J. Biol. Chem. 267:16417-16423(1992) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA], PROTEIN SEQUENCE OF 49-61; 72-83; 325-333 AND 339-356. |
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| [6] | "Global analysis of protein expression in yeast." Ghaemmaghami S., Huh W.-K., Bower K., Howson R.W., Belle A., Dephoure N., O'Shea E.K., Weissman J.S. Nature 425:737-741(2003) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: LEVEL OF PROTEIN EXPRESSION [LARGE SCALE ANALYSIS]. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | M95203 Genomic DNA. Translation: AAA34711.1. Z71313 Genomic DNA. Translation: CAA95904.1. BK006947 Genomic DNA. Translation: DAA10508.1. | ||||||||||||||||||||||||
| PIR | S31264. | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_014361.1. NM_001182876.1. | ||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | P28834. | ||||||||||||||||||||||||
| SMR | P28834. Positions 28-360. | ||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-4376N. | ||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P28834. 17 interactions. | ||||||||||||||||||||||||
| MINT | MINT-484546. | ||||||||||||||||||||||||
| STRING | 4932.YNL037C. | ||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| PaxDb | P28834. | ||||||||||||||||||||||||
| PeptideAtlas | P28834. | ||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||
| EnsemblFungi | YNL037C; YNL037C; YNL037C. | ||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 855691. | ||||||||||||||||||||||||
| KEGG | sce:YNL037C. | ||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||
| CYGD | YNL037c. | ||||||||||||||||||||||||
| SGD | S000004982. IDH1. | ||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | COG0473. | ||||||||||||||||||||||||
| GeneTree | ENSGT00590000083091. | ||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HOG000021113. | ||||||||||||||||||||||||
| KO | K00030. | ||||||||||||||||||||||||
| OMA | ARFAFDF. | ||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG473T12. | ||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||
| BioCyc | MetaCyc:MONOMER-13685. YEAST:YNL037C-MONOMER. | ||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_118590. Mitochondrial Protein Import (yeast). REACT_85873. Metabolism of proteins. | ||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | P28834. | ||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | YNL037C. Saccharomyces cerevisiae. | ||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | 3.40.718.10. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR019818. IsoCit/isopropylmalate_DH_CS. IPR001804. Isocitrate/isopropylmalate_DH. IPR004434. Isocitrate_DH_NAD. IPR024084. IsoPropMal-DH-like_dom. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| PANTHER | PTHR11835. PTHR11835. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00180. Iso_dh. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR00175. mito_nad_idh. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00470. IDH_IMDH. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | P28834. | ||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 980007. | ||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | IDH1_YEAST | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P28834 Secondary accession number(s): D6W1E2 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Fungal Protein Annotation Program | ||||||||
Relevant documents
| Yeast Yeast (Saccharomyces cerevisiae): entries, gene names and cross-references to SGD |
| Yeast chromosome XIV Yeast (Saccharomyces cerevisiae) chromosome XIV: entries and gene names |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with
