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UniProtKB/Swiss-Prot P27694 (RFA1_HUMAN)
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June 16, 2009.
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90%,
50% identity |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit Short name=RP-A p70 Alternative name(s): Replication factor A protein 1 Short name=RF-A protein 1 Single-stranded DNA-binding protein | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 616 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | It participates in a very early step in initiation. RP-A is a single-stranded DNA-binding protein. Absolutely required for simian virus 40 DNA replication in vitro. |
| Subunit structure | Heterotrimer of 70, 32 and 14 kDa chains. The DNA-binding activity may reside exclusively on the 70 kDa subunit. Interacts with RIP and XPA. Interacts with RPA4. Ref.7 Ref.8 Ref.9 Ref.10 |
| Subcellular location | |
| Post-translational modification | Phosphorylated upon DNA damage, probably by ATM or ATR. Ref.11 Ref.12 |
| Sequence similarities | Belongs to the replication factor A protein 1 family. |
Ontologies
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| BLM | P54132 | 1 | EBI-621389,EBI-621372 | |
| TP53 | P04637 | 1 | EBI-621389,EBI-366083 | |
| WRN | Q14191 | 4 | EBI-621389,EBI-368417 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Initiator methionine | 1 | 1 | Removed Ref.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 2 – 616 | 615 | Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit | PRO_0000097260 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Zinc finger | 481 – 503 | 23 | C4-type Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 180 | 1 | Phosphothreonine Ref.11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 384 | 1 | Phosphoserine Ref.12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 351 | 1 | T → A: dbSNP rs5030755. Ref.3 Ref.4 | VAR_019236 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 9 – 16 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 24 – 33 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 41 – 47 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 49 – 58 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 60 – 62 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 63 – 67 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 76 – 86 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 88 – 90 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 92 – 103 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 445 – 451 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 452 – 454 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 455 – 458 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 460 – 471 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 477 – 480 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 491 – 493 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 494 – 496 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 497 – 500 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 501 – 504 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 505 – 509 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 512 – 521 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 526 – 532 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 533 – 540 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 544 – 550 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 555 – 564 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 565 – 567 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 569 – 577 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 588 – 596 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 599 – 615 | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Characterization of a cDNA encoding the 70-kDa single-stranded DNA-binding subunit of human replication protein A and the role of the protein in DNA replication." Erdile L.F., Heyer W.-D., Kolodner R., Kelly T.J. J. Biol. Chem. 266:12090-12098(1991) [PubMed: 2050703] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA], PARTIAL PROTEIN SEQUENCE. |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| M63488 mRNA. Translation: AAA36584.1. AB209732 mRNA. Translation: BAD92969.1. Different initiation. AY599563 Genomic DNA. Translation: AAS94324.1. BC018126 mRNA. Translation: AAH18126.1. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00020127. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | A40457. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_002936.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.461925 Hs.595562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DisProt | DP00061. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP:24189N. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P27694. 16 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P27694. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PeptideAtlas | P27694. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | P27694. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENSG00000132383. Homo sapiens. [Contig view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 6117. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:6117. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC17P001680. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0017624. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:10289. RPA1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | CAB004563. HPA006914. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 179835. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA29353. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | P27694. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | P27694. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | P27694. TLWGEDA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_152. Cell Cycle, Mitotic. REACT_1538. Cell Cycle Checkpoints. REACT_216. DNA Repair. REACT_383. DNA Replication. REACT_7970. Telomere Maintenance. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P27694. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | P27694. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_RPA1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000132383. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR012340. NA-bd_OB-fold. IPR004365. NA_bd_OB_tRNA-helicase. IPR007199. Rep-A_N. IPR013955. Rep_factor-A_C. IPR004591. Rpa1. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:2.40.50.140. OB_NA_bd_sub. 4 hits. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF04057. Rep-A_N. 1 hit. PF08646. Rep_fac-A_C. 1 hit. PF01336. tRNA_anti. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR00617. rpa1. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 23755. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | RFA1_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P27694 Secondary accession number(s): Q59ES9 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 17 Human chromosome 17: entries, gene names and cross-references to MIM |
| Human entries with polymorphisms or disease mutations List of human entries with polymorphisms or disease mutations |
| Human polymorphisms and disease mutations Index of human polymorphisms and disease mutations |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

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