P26599 (PTBP1_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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| Protein names | Recommended name: Polypyrimidine tract-binding protein 1 Short name=PTB Alternative name(s): 57 kDa RNA-binding protein PPTB-1 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein I Short name=hnRNP I | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 531 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Plays a role in pre-mRNA splicing and in the regulation of alternative splicing events. Activates exon skipping of its own pre-mRNA during muscle cell differentiation. Binds to the polypyrimidine tract of introns. May promote RNA looping when bound to two separate polypyrimidine tracts in the same pre-mRNA. May promote the binding of U2 snRNP to pre-mRNA. Cooperates with RAVER1 to modulate switching between mutually exclusive exons during maturation of the TPM1 pre-mRNA. Represses the splicing of MAPT/Tau exon 10. Ref.9 Ref.10 Ref.11 Ref.19 Ref.22 |
| Subunit structure | Monomer. Part of a ternary complex containing KHSRP, PTBP1, PTBP2 and HNRPH1. Interacts with RAVER1 and SFPQ. Ref.8 Ref.9 Ref.21 |
| Subcellular location | |
| Sequence similarities | Contains 4 RRM (RNA recognition motif) domains. |
Ontologies
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| hnrnpab | Q7ZYE9 | 4 | EBI-350540,EBI-1086317 | From a different organism. |
| PCBP1 | Q15365 | 2 | EBI-350540,EBI-946095 | |
| QKI | Q96PU8 | 2 | EBI-350540,EBI-945792 | |
| SFPQ | P23246 | 2 | EBI-350540,EBI-355453 |
Alternative products
| This entry describes 2 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] Note: Additional isoforms seem to exist. | ||||||
| Isoform 1 (identifier: P26599-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: P26599-2) Also known as: PTB2; The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 297-297: F → FASPYAGAGFPPTFAIPQAA |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 531 | 531 | Polypyrimidine tract-binding protein 1 | PRO_0000081737 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 59 – 143 | 85 | RRM 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 184 – 260 | 77 | RRM 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 337 – 411 | 75 | RRM 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 454 – 529 | 76 | RRM 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Compositional bias | 316 – 323 | 8 | Poly-Ala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 1 | 1 | N-acetylmethionine Ref.6 Ref.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 16 | 1 | Phosphoserine Ref.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 127 | 1 | Phosphotyrosine Ref.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 141 | 1 | Phosphoserine Ref.13 Ref.15 Ref.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 433 | 1 | Phosphoserine Ref.13 Ref.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 297 | 1 | F → FASPYAGAGFPPTFAIPQAA in isoform 2. | VSP_005802 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 60 – 63 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 72 – 82 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 85 – 91 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 92 – 95 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 96 – 103 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 104 – 114 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 132 – 135 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 142 – 145 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 183 – 188 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 197 – 207 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 210 – 220 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 222 – 229 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 231 – 240 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 246 – 249 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 253 – 257 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 259 – 262 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 269 – 276 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 329 – 332 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 339 – 342 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 346 – 348 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 351 – 359 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 365 – 368 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 378 – 380 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 382 – 384 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 385 – 394 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 405 – 408 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 417 – 425 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 427 – 431 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 437 – 440 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 455 – 458 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 467 – 476 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 483 – 488 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 494 – 497 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 501 – 511 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 524 – 527 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
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| IPI | IPI00179964. IPI00334175. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | S23016. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_002810.1. NM_002819.4. NP_114367.1. NM_031990.3. NP_114368.1. NM_031991.3. NP_787041.1. NM_175847.2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.172550. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | P26599. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMR | P26599. Positions 49-531. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P26599. 20 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MINT | MINT-1348690. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | P26599. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P26599. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DMDM | 131528. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2D gel databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SWISS-2DPAGE | P26599. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Aarhus/Ghent-2DPAGE | 1505. NEPHGE. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | P26599. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000349038; ENSP00000014112; ENSG00000011304. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 5725. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:5725. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc002lpq.1. human. uc002lpr.1. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 5725. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC19P000797. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:9583. PTBP1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | CAB013507. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 600693. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_P26599. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | prNOG10547. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG069548. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | P26599. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_1675. mRNA Processing. REACT_71. Gene Expression. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P26599. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | P26599. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_PTBP1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | P26599. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000011304. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR006536. HnRNP-L_PTB. IPR012677. Nucleotide-bd_a/b_plait. IPR000504. RRM_dom. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:3.30.70.330. a_b_plait_nuc_bd. 4 hits. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KO | K13218. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| SMART | SM00360. RRM. 4 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR01649. HnRNP-L_PTB. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 22252. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PMAP-CutDB | P26599. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | PTBP1_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P26599 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
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Relevant documents
| Human chromosome 19 Human chromosome 19: entries, gene names and cross-references to MIM |
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