P26368 (U2AF2_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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February 22, 2012.
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| Protein names | Recommended name: Splicing factor U2AF 65 kDa subunit Alternative name(s): U2 auxiliary factor 65 kDa subunit Short name=hU2AF(65) Short name=hU2AF65 U2 snRNP auxiliary factor large subunit | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 475 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Necessary for the splicing of pre-mRNA. Induces cardiac troponin-T (TNNT2) pre-mRNA exon inclusion in muscle. Regulates the TNNT2 exon 5 inclusion through competition with MBNL1. Binds preferentially to a single-stranded structure within the polypyrimidine tract of TNNT2 intron 4 during spliceosome assembly. Required for the export of mRNA out of the nucleus, even if the mRNA is encoded by an intron-less gene. Represses the splicing of MAPT/Tau exon 10. Ref.9 Ref.18 Ref.19 |
| Subunit structure | Interacts with U2AF1L4 By similarity. Heterodimer with U2AF1. Binds unphosphorylated SF1. Interacts with SCAF11. Interacts with ZRSR2/U2AF1-RS2. Ref.5 Ref.6 Ref.7 Ref.8 |
| Subcellular location | |
| Post-translational modification | Lysyl-hydroxylation at Lys-15 and Lys-276 affects the mRNA splicing activity of the protein, leading to regulate some, but not all, alternative splicing events. |
| Sequence similarities | Belongs to the splicing factor SR family. Contains 3 RRM (RNA recognition motif) domains. |
Ontologies
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| ATXN1 | P54253 | 4 | EBI-742339,EBI-930964 | |
| U2AF1 | Q01081 | 3 | EBI-742339,EBI-632461 |
Alternative products
| This entry describes 2 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: P26368-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: P26368-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 345-348: Missing. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Initiator methionine | 1 | 1 | Removed Ref.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 2 – 475 | 474 | Splicing factor U2AF 65 kDa subunit | PRO_0000081988 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 149 – 231 | 83 | RRM 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 259 – 337 | 79 | RRM 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 385 – 466 | 82 | RRM 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Compositional bias | 27 – 62 | 36 | Arg/Ser-rich (RS domain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 2 | 1 | N-acetylserine Ref.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 2 | 1 | Phosphoserine Ref.10 Ref.11 Ref.17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 15 | 1 | 5-hydroxylysine; by JMJD6 Ref.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 53 | 1 | Phosphoserine Ref.11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 55 | 1 | Phosphoserine Ref.11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 70 | 1 | N6-acetyllysine Ref.20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 79 | 1 | Phosphoserine Ref.11 Ref.12 Ref.13 Ref.14 Ref.15 Ref.16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 276 | 1 | 5-hydroxylysine; by JMJD6 Ref.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 462 | 1 | N6-acetyllysine Ref.20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 345 – 348 | 4 | Missing in isoform 2. | VSP_035414 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 92 | 1 | W → A: Decreases affinity for UAF1 by 3 orders of magnitude. Ref.24 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 96 | 1 | P → G: Decreases affinity for UAF1 by 2 orders of magnitude. Ref.24 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 104 | 1 | P → G: Decreases affinity for UAF1 by 2 orders of magnitude. Ref.24 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 387 – 388 | 2 | EE → RR: Reduces interaction with SF1. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 391 – 394 | 4 | DDEE → AAAA: Reduces interaction with SF1. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 391 – 394 | 4 | DDEE → RRKK: Reduces interaction with SF1. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 396 – 397 | 2 | EE → AA: No effect. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 396 – 397 | 2 | EE → GA: Reduces interaction with SF1. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 396 – 397 | 2 | EE → KK: Reduces interaction with SF1. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 454 | 1 | F → A: Reduces interaction with SF1. Ref.23 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 104 – 109 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 150 – 155 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 162 – 175 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 180 – 183 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 185 – 191 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 193 – 204 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 205 – 211 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 212 – 214 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 225 – 227 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 236 – 259 | 24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 261 – 264 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 272 – 280 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 285 – 292 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 294 – 296 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 298 – 309 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 312 – 320 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 331 – 334 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 376 – 383 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 386 – 390 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 392 – 406 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 407 – 409 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 412 – 416 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 421 – 425 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 430 – 437 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 439 – 449 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 454 – 457 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 460 – 464 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 466 – 470 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| IPI | IPI00031556. IPI00830039. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | S20250. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_001012496.1. NM_001012478.1. NP_009210.1. NM_007279.2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.528007. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | P26368. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMR | P26368. Positions 148-475. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-2154N. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P26368. 23 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MINT | MINT-1192370. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | P26368. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P26368. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DMDM | 267188. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | P26368. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000308924; ENSP00000307863; ENSG00000063244. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 11338. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:11338. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc002qlu.1. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 11338. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC19P056165. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:23156. U2AF2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | CAB010910. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 191318. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_P26368. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA134908683. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | NOG298004. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneTree | ENSGT00630000089861. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HBG558924. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG062169. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | P26368. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KO | K12837. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | SKSRESH. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG4PRSQX. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | P26368. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_1675. mRNA Processing. REACT_1788. Transcription. REACT_71. Gene Expression. REACT_78. Post-Elongation Processing of the Transcript. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P26368. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | P26368. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_U2AF2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | P26368. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000063244. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR012677. Nucleotide-bd_a/b_plait. IPR000504. RRM_dom. IPR006529. U2AF_lg. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:3.30.70.330. a_b_plait_nuc_bd. 3 hits. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00076. RRM_1. 3 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00360. RRM. 3 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR01642. U2AF_lg. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS50102. RRM. 3 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 43079. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PMAP-CutDB | P26368. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | U2AF2_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P26368 Secondary accession number(s): Q96HC5 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 19 Human chromosome 19: entries, gene names and cross-references to MIM |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
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