P26045 (PTN3_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 1, 2013.
Version 133.
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Names·Attributes·General annotation·Ontologies·Interactions·Alt products·Sequence annotation·Sequences·References·Cross-refs·Entry info·DocumentsCustomize orderNames and origin
| Protein names | Recommended name: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3 EC=3.1.3.48 Alternative name(s): Protein-tyrosine phosphatase H1 Short name=PTP-H1 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 913 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | May act at junctions between the membrane and the cytoskeleton. Possesses tyrosine phosphatase activity. |
| Catalytic activity | Protein tyrosine phosphate + H2O = protein tyrosine + phosphate. |
| Subcellular location | Cell membrane; Peripheral membrane protein; Cytoplasmic side. Cytoplasm › cytoskeleton. |
| Sequence similarities | Belongs to the protein-tyrosine phosphatase family. Non-receptor class subfamily. Contains 1 FERM domain. Contains 1 PDZ (DHR) domain. Contains 1 tyrosine-protein phosphatase domain. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Cellular component | Cell membrane Cytoplasm Cytoskeleton Membrane |
| Coding sequence diversity | Alternative splicing Polymorphism |
| Molecular function | Hydrolase Protein phosphatase |
| PTM | Phosphoprotein |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Reference proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological_process | negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis Inferred from mutant phenotype PubMed 12207026. Source: BHF-UCL negative regulation of mitotic cell cycleInferred from direct assay PubMed 10364224. Source: BHF-UCL |
| Cellular_component | cytoplasm Inferred from direct assay PubMed 10940933. Source: UniProtKB cytoskeletonInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-SubCell internal side of plasma membraneInferred from direct assay PubMed 10940933. Source: UniProtKB |
| Molecular_function | protein tyrosine phosphatase activity Inferred from direct assay Ref.9. Source: UniProtKB |
| Complete GO annotation... | |
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| GHR | P10912 | 4 | EBI-1047946,EBI-286316 | |
| VDR | P11473 | 4 | EBI-1047946,EBI-286357 |
Alternative products
| This entry describes 3 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: P26045-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: P26045-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-131: Missing. | ||||||
| Note: No experimental confirmation available. | ||||||
| Isoform 3 (identifier: P26045-3) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-131: Missing. 335-379: Missing. | ||||||
| Note: No experimental confirmation available. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 913 | 913 | Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3 | PRO_0000219433 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 29 – 312 | 284 | FERM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 510 – 582 | 73 | PDZ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 646 – 901 | 256 | Tyrosine-protein phosphatase | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 842 – 848 | 7 | Substrate binding By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 842 | 1 | Phosphocysteine intermediate By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 811 | 1 | Substrate By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 886 | 1 | Substrate By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 359 | 1 | Phosphoserine Ref.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 367 | 1 | Phosphoserine Ref.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 376 | 1 | Phosphothreonine Ref.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 381 | 1 | Phosphoserine Ref.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1 – 131 | 131 | Missing in isoform 2 and isoform 3. | VSP_046309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 335 – 379 | 45 | Missing in isoform 3. | VSP_046310 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 77 | 1 | D → N. Corresponds to variant rs35285139 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_055252 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 90 | 1 | A → P. Ref.1 Corresponds to variant rs3793524 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_055253 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 409 | 1 | T → A. Corresponds to variant rs10979858 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_055254 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 605 | 1 | F → L. Corresponds to variant rs7859962 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_055255 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 763 | 1 | D → N. Corresponds to variant rs10116806 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_055256 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 814 | 1 | V → I in AAA35647. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 814 | 1 | V → I in AAB22439. Ref.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 649 – 652 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 664 – 666 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 668 – 673 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 683 – 685 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 686 – 688 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 690 – 692 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 695 – 705 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 706 – 708 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 710 – 717 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 722 – 724 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 725 – 734 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 739 – 742 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 746 – 748 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 764 – 767 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 770 – 779 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 781 – 792 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 793 – 795 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 798 – 806 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 811 – 813 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 819 – 831 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 838 – 841 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 843 – 846 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 847 – 863 | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 870 – 878 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 888 – 903 | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Isolation of a cDNA clone encoding a human protein-tyrosine phosphatase with homology to the cytoskeletal-associated proteins band 4.1, ezrin, and talin." Yang Q., Tonks N.K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88:5949-5953(1991) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] (ISOFORM 1), VARIANT PRO-90. |
| [2] | "The full-ORF clone resource of the German cDNA consortium." Bechtel S., Rosenfelder H., Duda A., Schmidt C.P., Ernst U., Wellenreuther R., Mehrle A., Schuster C., Bahr A., Bloecker H., Heubner D., Hoerlein A., Michel G., Wedler H., Koehrer K., Ottenwaelder B., Poustka A., Wiemann S., Schupp I. BMC Genomics 8:399-399(2007) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA] (ISOFORMS 2 AND 3). Tissue: Fetal kidney and Testis. |
| [3] | "DNA sequence and analysis of human chromosome 9." Humphray S.J., Oliver K., Hunt A.R., Plumb R.W., Loveland J.E., Howe K.L., Andrews T.D., Searle S., Hunt S.E., Scott C.E., Jones M.C., Ainscough R., Almeida J.P., Ambrose K.D., Ashwell R.I.S., Babbage A.K., Babbage S., Bagguley C.L. Dunham I.Nature 429:369-374(2004) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. |
| [4] | Mural R.J., Istrail S., Sutton G.G., Florea L., Halpern A.L., Mobarry C.M., Lippert R., Walenz B., Shatkay H., Dew I., Miller J.R., Flanigan M.J., Edwards N.J., Bolanos R., Fasulo D., Halldorsson B.V., Hannenhalli S., Turner R. Venter J.C.Submitted (JUL-2005) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. |
| [5] | "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)." The MGC Project Team Genome Res. 14:2121-2127(2004) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA] (ISOFORM 1). Tissue: Brain. |
| [6] | "cDNA cloning of new protein tyrosine phosphatases in the human colon." Arimura Y., Hinoda Y., Itoh F., Takekawa M., Tsujisaki M., Adachi M., Imai K., Yachi A. Tumor Biol. 13:180-186(1992) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] OF 194-896 (ISOFORM 1). Tissue: Colon. |
| [7] | "Expression of cytoskeletal-associated protein tyrosine phosphatase PTPH1 mRNA in human hepatocellular carcinoma." Ikuta S., Itoh F., Hinoda Y., Toyota M., Makiguchi Y., Imai K., Yachi A. J. Gastroenterol. 29:727-732(1994) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] OF 899-913 (ISOFORM 1). |
| [8] | "A quantitative atlas of mitotic phosphorylation." Dephoure N., Zhou C., Villen J., Beausoleil S.A., Bakalarski C.E., Elledge S.J., Gygi S.P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105:10762-10767(2008) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: PHOSPHORYLATION [LARGE SCALE ANALYSIS] AT SER-359; SER-367; THR-376 AND SER-381, MASS SPECTROMETRY. Tissue: Cervix carcinoma. |
| [9] | "Large-scale structural analysis of the classical human protein tyrosine phosphatome." Barr A.J., Ugochukwu E., Lee W.H., King O.N.F., Filippakopoulos P., Alfano I., Savitsky P., Burgess-Brown N.A., Mueller S., Knapp S. Cell 136:352-363(2009) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (1.54 ANGSTROMS) OF 628-913. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | M64572 mRNA. Translation: AAA35647.1. BX648253 mRNA. No translation available. BX648735 mRNA. No translation available. AL359963, AL162733, AL450025 Genomic DNA. Translation: CAH71094.1. AL450025, AL162733, AL359963 Genomic DNA. Translation: CAH73252.1. AL162733, AL359963, AL450025 Genomic DNA. Translation: CAH73386.1. CH471105 Genomic DNA. Translation: EAW59046.1. BC126117 mRNA. Translation: AAI26118.1. S39392 mRNA. Translation: AAB22439.2. S76309 mRNA. Translation: AAB33583.1. | ||||||||||||
| IPI | IPI00289649. IPI00480052. IPI00922112. | ||||||||||||
| PIR | A41109. | ||||||||||||
| RefSeq | NP_001138840.1. NM_001145368.1. NP_001138841.1. NM_001145369.1. NP_001138842.1. NM_001145370.1. NP_001138843.1. NM_001145371.1. NP_002820.3. NM_002829.3. | ||||||||||||
| UniGene | Hs.436429. | ||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||
| ProteinModelPortal | P26045. | ||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||
| IntAct | P26045. 5 interactions. | ||||||||||||
| MINT | MINT-246110. | ||||||||||||
| STRING | 9606.ENSP00000262539. | ||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||
| PhosphoSite | P26045. | ||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||
| DMDM | 229462761. | ||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||
| PaxDb | P26045. | ||||||||||||
| PRIDE | P26045. | ||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||
| DNASU | 5774. | ||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||
| Ensembl | ENST00000374541; ENSP00000363667; ENSG00000070159. ENST00000394831; ENSP00000378308; ENSG00000070159. ENST00000412145; ENSP00000416654; ENSG00000070159. ENST00000446349; ENSP00000395384; ENSG00000070159. | ||||||||||||
| GeneID | 5774. | ||||||||||||
| KEGG | hsa:5774. | ||||||||||||
| UCSC | uc004beb.2. human. | ||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||
| CTD | 5774. | ||||||||||||
| GeneCards | GC09M112138. | ||||||||||||
| H-InvDB | HIX0025742. | ||||||||||||
| HGNC | HGNC:9655. PTPN3. | ||||||||||||
| HPA | HPA038343. | ||||||||||||
| MIM | 176877. gene. | ||||||||||||
| neXtProt | NX_P26045. | ||||||||||||
| PharmGKB | PA33999. | ||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||
| eggNOG | COG5599. | ||||||||||||
| HOGENOM | HOG000007048. | ||||||||||||
| HOVERGEN | HBG008322. | ||||||||||||
| InParanoid | P26045. | ||||||||||||
| KO | K01104. | ||||||||||||
| OMA | RSEVICS. | ||||||||||||
| OrthoDB | EOG4RNB7S. | ||||||||||||
| PhylomeDB | P26045. | ||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||
| ArrayExpress | P26045. | ||||||||||||
| Bgee | P26045. | ||||||||||||
| CleanEx | HS_PTPN3. | ||||||||||||
| Genevestigator | P26045. | ||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000070159. Homo sapiens. | ||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||
| Gene3D | 1.20.80.10. 1 hit. 2.30.29.30. 1 hit. | ||||||||||||
| InterPro | IPR019749. Band_41_domain. IPR019750. Band_41_fam. IPR014352. FERM/acyl-CoA-bd_prot_3-hlx. IPR019748. FERM_central. IPR019747. FERM_CS. IPR000299. FERM_domain. IPR018979. FERM_N. IPR018980. FERM_PH-like_C. IPR001478. PDZ. IPR011993. PH_like_dom. IPR000387. Tyr/Dual-sp_Pase. IPR016130. Tyr_Pase_AS. IPR012151. Tyr_Pase_non-rcpt_typ-3/4. IPR000242. Tyr_Pase_rcpt/non-rcpt. [Graphical view] | ||||||||||||
| Pfam | PF09380. FERM_C. 1 hit. PF00373. FERM_M. 1 hit. PF09379. FERM_N. 1 hit. PF00595. PDZ. 1 hit. PF00102. Y_phosphatase. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| PIRSF | PIRSF000927. Tyr-Ptase_nr3. 1 hit. | ||||||||||||
| PRINTS | PR00935. BAND41. PR00700. PRTYPHPHTASE. | ||||||||||||
| SMART | SM00295. B41. 1 hit. SM00228. PDZ. 1 hit. SM00194. PTPc. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| SUPFAM | SSF47031. FERM_3-hlx. 1 hit. SSF50156. PDZ. 1 hit. | ||||||||||||
| PROSITE | PS00660. FERM_1. 1 hit. PS00661. FERM_2. 1 hit. PS50057. FERM_3. 1 hit. PS50106. PDZ. 1 hit. PS00383. TYR_PHOSPHATASE_1. 1 hit. PS50056. TYR_PHOSPHATASE_2. 1 hit. PS50055. TYR_PHOSPHATASE_PTP. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||
Other | |||||||||||||
| ChiTaRS | PTPN3. human. | ||||||||||||
| EvolutionaryTrace | P26045. | ||||||||||||
| GenomeRNAi | 5774. | ||||||||||||
| NextBio | 22458. | ||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||
Entry information
| Entry name | PTN3_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P26045 Secondary accession number(s): A0AUW9, E7EN99, E9PGU7 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
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