P25799 (NFKB1_MOUSE) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 1, 2013.
Version 152.
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| Protein names | Recommended name: Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit Alternative name(s): DNA-binding factor KBF1 EBP-1 NF-kappa-B1 p84/NF-kappa-B1 p98 Nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells 1 Cleaved into the following chain: | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Mus musculus (Mouse) [Reference proteome] | ||
| Taxonomic identifier | 10090 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Glires › Rodentia › Sciurognathi › Muroidea › Muridae › Murinae › Mus › Mus![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 971 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | NF-kappa-B is a pleiotropic transcription factor present in almost all cell types and is the endpoint of a series of signal transduction events that are initiated by a vast array of stimuli related to many biological processes such as inflammation, immunity, differentiation, cell growth, tumorigenesis and apoptosis. NF-kappa-B is a homo- or heterodimeric complex formed by the Rel-like domain-containing proteins RELA/p65, RELB, NFKB1/p105, NFKB1/p50, REL and NFKB2/p52 and the heterodimeric p65-p50 complex appears to be most abundant one. The dimers bind at kappa-B sites in the DNA of their target genes and the individual dimers have distinct preferences for different kappa-B sites that they can bind with distinguishable affinity and specificity. Different dimer combinations act as transcriptional activators or repressors, respectively. NF-kappa-B is controlled by various mechanisms of post-translational modification and subcellular compartmentalization as well as by interactions with other cofactors or corepressors. NF-kappa-B complexes are held in the cytoplasm in an inactive state complexed with members of the NF-kappa-B inhibitor (I-kappa-B) family. In a conventional activation pathway, I-kappa-B is phosphorylated by I-kappa-B kinases (IKKs) in response to different activators, subsequently degraded thus liberating the active NF-kappa-B complex which translocates to the nucleus. NF-kappa-B heterodimeric p65-p50 and RelB-p50 complexes are transcriptional activators. The NF-kappa-B p50-p50 homodimer is a transcriptional repressor, but can act as a transcriptional activator when associated with BCL3. NFKB1 appears to have dual functions such as cytoplasmic retention of attached NF-kappa-B proteins by p105 and generation of p50 by a cotranslational processing. The proteasome-mediated process ensures the production of both p50 and p105 and preserves their independent function, although processing of NFKB1/p105 also appears to occur post-translationally. p50 binds to the kappa-B consensus sequence 5'-GGRNNYYCC-3', located in the enhancer region of genes involved in immune response and acute phase reactions. Plays a role in the regulation of apoptosis. Isoform 5, isoform 6 and isoform 7 act as inhibitors of transactivation of p50 NF-kappa-B subunit, probably by sequestering it in the cytoplasm. Isoform 3 (p98) (but not p84 or p105) acts as a transactivator of NF-kappa-B-regulated gene expression. In a complex with MAP3K8, NFKB1/p105 represses MAP3K8-induced MAPK signaling; active MAP3K8 is released by proteasome-dependent degradation of NFKB1/p105. |
| Subunit structure | Component of the NF-kappa-B p65-p50 complex. Component of the NF-kappa-B p65-p50 complex. Homodimer; component of the NF-kappa-B p50-p50 complex. Component of the NF-kappa-B p105-p50 complex. Component of the NF-kappa-B p50-c-Rel complex. Component of a complex consisting of the NF-kappa-B p50-p50 homodimer and BCL3. Also interacts with MAP3K8. NF-kappa-B p50 subunit interacts with NCOA3 coactivator, which may coactivate NF-kappa-B dependent expression via its histone acetyltransferase activity. Interacts with DSIPI; this interaction prevents nuclear translocation and DNA-binding. Interacts with SPAG9 and UNC5CL. NFKB1/p105 interacts with CFLAR; the interaction inhibits p105 processing into p50. NFKB1/p105 forms a ternary complex with MAP3K8 and TNIP2. Interacts with GSK3B; the interaction prevents processing of p105 to p50. NFKB1/p50 interacts with NFKBIE By similarity. NFKB1/p50 interacts with NFKBIZ. Nuclear factor NF-kappa-B p50 subunit interacts with NFKBID. Directly interacts with MEN1 By similarity. Interacts with HIF1AN By similarity. Ref.13 Ref.14 Ref.15 Ref.16 |
| Subcellular location | Nucleus Ref.2 Ref.11. Cytoplasm Ref.2 Ref.11. Note: Nuclear, but also found in the cytoplasm in an inactive form complexed to an inhibitor (I-kappa-B). Ref.2 Ref.11 Isoform 5: Cytoplasm Ref.2 Ref.11. |
| Induction | By phorbol ester and TNF-alpha. |
| Domain | The C-terminus of p105 might be involved in cytoplasmic retention, inhibition of DNA-binding, and transcription activation. Glycine-rich region (GRR) appears to be a critical element in the generation of p50. |
| Post-translational modification | While translation occurs, the particular unfolded structure after the GRR repeat promotes the generation of p50 making it an acceptable substrate for the proteasome. This process is known as cotranslational processing. The processed form is active and the unprocessed form acts as an inhibitor (I kappa B-like), being able to form cytosolic complexes with NF-kappa B, trapping it in the cytoplasm. Complete folding of the region downstream of the GRR repeat precludes processing. Phosphorylation at 'Ser-930' and 'Ser-935' are required for BTRC/BTRCP-mediated proteolysis By similarity. Polyubiquitination seems to allow p105 processing. S-nitrosylation of Cys-59 affects DNA binding By similarity. The covalent modification of cysteine by 15-deoxy-Delta12,14-prostaglandin-J2 is autocatalytic and reversible. It may occur as an alternative to other cysteine modifications, such as S-nitrosylation and S-palmitoylation By similarity. |
| Sequence similarities | Contains 7 ANK repeats. Contains 1 death domain. Contains 1 RHD (Rel-like) domain. |
| Sequence caution | The sequence BAC35117.1 differs from that shown. Reason: Erroneous initiation. Translation N-terminally extended. |
Ontologies
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| Hdac1 | O09106 | 2 | EBI-643958,EBI-301912 | |
| NCOA1 | Q15788 | 2 | EBI-643958,EBI-455189 | From a different organism. |
| Rela | Q04207 | 3 | EBI-643958,EBI-644400 |
Alternative products
| This entry describes 7 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: P25799-1) Also known as: p105; This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: P25799-2) Also known as: p84; The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 780-971: VFDILNGKPY...GQEGPIEGKI → GT | ||||||
| Isoform 3 (identifier: P25799-3) Also known as: p98; The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 860-971: VSGGTIKELM...GQEGPIEGKI → MNSGIVTASVTVVWRHPSANSALQSLLLETAHCYL | ||||||
| Isoform 4 (identifier: P25799-4) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 353-356: DKEE → GTWV 357-971: Missing. | ||||||
| Isoform 5 (identifier: P25799-5) Also known as: P70; I-kappa-B gamma; The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-364: Missing. | ||||||
| Isoform 6 (identifier: P25799-6) Also known as: p63; I-kappa-B gamma-1; The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-364: Missing. 860-971: VSGGTIKELM...GQEGPIEGKI → MNSGIVTASVTVVWRHPSANSALQSLLLETAHCYL | ||||||
| Isoform 7 (identifier: P25799-7) Also known as: p55; I-kappa-B gamma-2; The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-364: Missing. 780-971: VFDILNGKPY...GQEGPIEGKI → GT | ||||||
| Note: Inhibits the activity of the p50 NF-kappa-B subunit. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 971 | 971 | Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit | PRO_0000030312 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 1 – 431 | 431 | Nuclear factor NF-kappa-B p50 subunit By similarity | PRO_0000030313 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 40 – 365 | 326 | RHD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 538 – 567 | 30 | ANK 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 577 – 606 | 30 | ANK 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 610 – 639 | 30 | ANK 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 646 – 675 | 30 | ANK 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 680 – 710 | 31 | ANK 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 714 – 743 | 30 | ANK 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Repeat | 767 – 797 | 31 | ANK 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 801 – 888 | 88 | Death | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 370 – 392 | 23 | GRR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 433 – 971 | 539 | Interaction with CFLAR By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 646 – 680 | 35 | Essential for interaction with HIF1AN By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif | 358 – 363 | 6 | Nuclear localization signal Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Compositional bias | 373 – 431 | 59 | Gly-rich | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Site | 431 – 432 | 2 | Cleavage (when cotranslationally processed) By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 59 | 1 | S-nitrosocysteine; alternate By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 335 | 1 | Phosphoserine; by PKA Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 438 | 1 | N6-acetyllysine; by EP300 By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 447 | 1 | Phosphoserine Ref.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 674 | 1 | (3S)-3-hydroxyasparagine; by HIF1AN By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 910 | 1 | Phosphoserine; by GSK3-beta; in vitro By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 930 | 1 | Phosphoserine; by IKKB By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 935 | 1 | Phosphoserine; by IKKB By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 940 | 1 | Phosphoserine By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Lipidation | 59 | 1 | S-(15-deoxy-Delta12,14-prostaglandin J2-9-yl)cysteine; alternate By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1 – 364 | 364 | Missing in isoform 5, isoform 6 and isoform 7. | VSP_017236 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 353 – 356 | 4 | DKEE → GTWV in isoform 4. | VSP_017237 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 357 – 971 | 615 | Missing in isoform 4. | VSP_017238 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 780 – 971 | 192 | VFDIL…IEGKI → GT in isoform 2 and isoform 7. | VSP_005583 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 860 – 971 | 112 | VSGGT…IEGKI → MNSGIVTASVTVVWRHPSAN SALQSLLLETAHCYL in isoform 3 and isoform 6. | VSP_005584 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 111 | 1 | L → P in AAR00341. Ref.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 265 | 1 | E → G in BAC35117. Ref.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 530 | 1 | H → D in BAE34261. Ref.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 546 | 1 | A → G in BAE34261. Ref.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 684 | 1 | A → P in AAA40415. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 684 | 1 | A → P in AAB21851. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 684 | 1 | A → P in AAB28573. Ref.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 732 | 1 | A → T in BAE34261. Ref.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 950 | 1 | P → A in BAE43399. Ref.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 41 – 46 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 50 – 52 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 58 – 60 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 62 – 64 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 74 – 76 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 81 – 85 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 92 – 98 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 100 – 103 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 108 – 113 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 117 – 119 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 120 – 124 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 131 – 133 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 138 – 140 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 144 – 146 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 147 – 160 | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 162 – 164 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 165 – 169 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 171 – 173 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 179 – 182 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 188 – 203 | 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 209 – 219 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 221 – 223 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 225 – 228 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 232 – 239 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 240 – 242 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 243 – 246 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 250 – 254 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 256 – 259 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 265 – 271 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 275 – 277 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 279 – 284 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 287 – 289 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 292 – 295 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 300 – 302 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 305 – 307 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 308 – 312 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 325 – 332 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 334 – 336 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 343 – 348 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 351 – 354 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References
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