P24173 (RFAC_ECOLI) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 1, 2013.
Version 107.
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| Protein names | Recommended name: Lipopolysaccharide heptosyltransferase 1 EC=2.-.-.- | ||||||
| Gene names |
| ||||||
| Organism | Escherichia coli (strain K12) [Reference proteome] [HAMAP] | ||||||
| Taxonomic identifier | 83333 [NCBI] | ||||||
| Taxonomic lineage | Bacteria › Proteobacteria › Gammaproteobacteria › Enterobacteriales › Enterobacteriaceae › Escherichia › ![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 319 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Heptose transfer to the lipopolysaccharide core. It transfers the innermost heptose to [4'-P](3-deoxy-D-manno-octulosonic acid)2-IVA. |
| Pathway | |
| Sequence similarities | Belongs to the glycosyltransferase 9 family. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Lipopolysaccharide biosynthesis |
| Molecular function | Glycosyltransferase Transferase |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Direct protein sequencing Reference proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological_process | lipopolysaccharide core region biosynthetic process Inferred from mutant phenotype PubMed 3882666PubMed 7024253. Source: EcoCyc |
| Molecular_function | lipopolysaccharide heptosyltransferase activity Inferred from direct assay PubMed 22059588PubMed 9446588. Source: EcoCyc |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 319 | 319 | Lipopolysaccharide heptosyltransferase 1 | PRO_0000207260 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 2 – 6 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 15 – 17 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 18 – 27 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 32 – 38 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 43 – 46 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 51 – 57 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 59 – 63 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 64 – 67 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 69 – 83 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 84 – 92 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 97 – 102 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 104 – 106 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 110 – 112 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 116 – 118 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 119 – 121 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 122 – 127 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 136 – 138 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 140 – 151 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 167 – 170 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 180 – 184 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 190 – 192 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 196 – 202 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 212 – 215 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 220 – 230 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 236 – 238 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 248 – 251 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 257 – 260 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 265 – 270 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 275 – 279 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 294 – 298 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Cloning and characterization of the Escherichia coli K-12 rfa-2 (rfaC) gene, a gene required for lipopolysaccharide inner core synthesis." Chen L., Coleman W.G. Jr. J. Bacteriol. 175:2534-2540(1993) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA], PROTEIN SEQUENCE OF 1-24. Strain: K12. |
| [2] | "Analysis of the Escherichia coli genome. V. DNA sequence of the region from 76.0 to 81.5 minutes." Sofia H.J., Burland V., Daniels D.L., Plunkett G. III, Blattner F.R. Nucleic Acids Res. 22:2576-2586(1994) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. Strain: K12 / MG1655 / ATCC 47076. |
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| [4] | "Highly accurate genome sequences of Escherichia coli K-12 strains MG1655 and W3110." Hayashi K., Morooka N., Yamamoto Y., Fujita K., Isono K., Choi S., Ohtsubo E., Baba T., Wanner B.L., Mori H., Horiuchi T. Mol. Syst. Biol. 2:E1-E5(2006) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. Strain: K12 / W3110 / ATCC 27325 / DSM 5911. |
| [5] | "Comparison of lipopolysaccharide biosynthesis genes rfaK, rfaL, rfaY, and rfaZ of Escherichia coli K-12 and Salmonella typhimurium." Klena J.D., Pradel E., Schnaitman C.A. J. Bacteriol. 174:4746-4752(1992) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA] OF 264-319. Strain: K12. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | M95398 Genomic DNA. No translation available. X62530 Genomic DNA. Translation: CAA44391.1. U00039 Genomic DNA. Translation: AAB18598.1. U00096 Genomic DNA. Translation: AAC76645.1. AP009048 Genomic DNA. Translation: BAE77671.1. | ||||||||||||
| PIR | A40619. | ||||||||||||
| RefSeq | NP_418078.1. NC_000913.2. YP_491812.1. NC_007779.1. | ||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||
| ProteinModelPortal | P24173. | ||||||||||||
| SMR | P24173. Positions 1-312. | ||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||
| IntAct | P24173. 17 interactions. | ||||||||||||
| STRING | 511145.b3621. | ||||||||||||
Protein family/group databases | |||||||||||||
| CAZy | GT9. Glycosyltransferase Family 9. | ||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||
| EnsemblBacteria | AAC76645; AAC76645; b3621. BAE77671; BAE77671; BAE77671. | ||||||||||||
| GeneID | 12934310. 948136. | ||||||||||||
| KEGG | ecj:Y75_p3553. eco:b3621. | ||||||||||||
| PATRIC | 32122729. VBIEscCol129921_3741. | ||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||
| EchoBASE | EB1175. | ||||||||||||
| EcoGene | EG11189. rfaC. | ||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||
| eggNOG | COG0859. | ||||||||||||
| HOGENOM | HOG000257134. | ||||||||||||
| KO | K02841. | ||||||||||||
| OMA | WHPAVDR. | ||||||||||||
| ProtClustDB | PRK10964. | ||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||
| BioCyc | EcoCyc:EG11189-MONOMER. ECOL316407:JW3596-MONOMER. MetaCyc:EG11189-MONOMER. | ||||||||||||
| UniPathway | UPA00958. | ||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||
| Genevestigator | P24173. | ||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||
| InterPro | IPR002201. Glyco_trans_9. IPR011908. LipoPS_heptosylTferase-I. [Graphical view] | ||||||||||||
| Pfam | PF01075. Glyco_transf_9. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR02193. heptsyl_trn_I. 1 hit. | ||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||
Other | |||||||||||||
| EvolutionaryTrace | P24173. | ||||||||||||
Entry information
| Entry name | RFAC_ECOLI | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P24173 Secondary accession number(s): P27376, Q2M7T5 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Prokaryotic Protein Annotation Program | ||||||||
Relevant documents
| Escherichia coli Escherichia coli (strain K12): entries and cross-references to EcoGene |
| PATHWAY comments Index of metabolic and biosynthesis pathways |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with
