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UniProtKB/Swiss-Prot P21695 (GPDA_HUMAN)
Last modified
November 3, 2009.
Version 92.
History...
Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (6) |
Third-party data |
Customize display | text xml rdf/xml gff fasta |
Names and origin
| Protein names | Recommended name: Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD+], cytoplasmic Short name=GPDH-C Short name=GPD-C EC=1.1.1.8 | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Complete proteome] | ||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 349 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Catalytic activity | sn-glycerol 3-phosphate + NAD+ = glycerone phosphate + NADH. |
| Enzyme regulation | Inhibited by zinc ions and sulfate. Ref.4 |
| Subunit structure | Homodimer. Ref.4 |
| Subcellular location | |
| Sequence similarities | Belongs to the NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase family. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Cellular component | Cytoplasm |
| Coding sequence diversity | Polymorphism |
| Ligand | NAD |
| Molecular function | Oxidoreductase |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | glycerol-3-phosphate catabolic process Inferred from electronic annotation. Source: InterPro oxidation reductionInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Cellular component | cytosol Ref.4 Inferred from Experiment. Source: Reactome glycerol-3-phosphate dehydrogenase complexInferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Molecular function | NAD or NADH binding Inferred from electronic annotation. Source: InterPro glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) activity Ref.1 Ref.4Inferred from Experiment. Source: Reactome protein homodimerization activityInferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Initiator methionine | 1 | 1 | Removed By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 2 – 349 | 348 | Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD+], cytoplasmic | PRO_0000138079 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 10 – 15 | 6 | NAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 269 – 270 | 2 | Substrate binding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 204 | 1 | Proton acceptor Probable | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 41 | 1 | NAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 97 | 1 | NAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 120 | 1 | Substrate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 153 | 1 | NAD; via amide nitrogen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 269 | 1 | NAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 296 | 1 | NAD; via amide nitrogen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 298 | 1 | NAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 54 | 1 | I → V: dbSNP rs2232202. | VAR_029492 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 113 | 1 | A → P: dbSNP rs1128867. Ref.1 | VAR_029493 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 197 | 1 | V → A: dbSNP rs2232207. | VAR_049220 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 4 – 9 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 13 – 28 | 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 32 – 39 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 44 – 49 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 50 – 57 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 61 – 63 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 73 – 78 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 79 – 83 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 87 – 91 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 95 – 97 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 98 – 105 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 114 – 117 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 124 – 128 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 132 – 140 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 144 – 148 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 153 – 157 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 162 – 167 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 171 – 181 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 186 – 192 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 194 – 216 | 23 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 221 – 242 | 22 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 243 – 245 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 249 – 253 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 255 – 257 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 258 – 267 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 269 – 280 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 284 – 291 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 298 – 313 | 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 316 – 318 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 320 – 330 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 335 – 338 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 339 – 343 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Molecular cloning, sequencing and expression of a cDNA encoding a human liver NAD-dependent alpha-glycerol-3-phosphate dehydrogenase." Menaya J., Gonzalez-Manchon C., Parrilla R., Ayuso M.S. Biochim. Biophys. Acta 1262:91-94(1995) [PubMed: 7772607] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA], VARIANT PRO-113. Tissue: Liver. |
| [2] | "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)." The MGC Project Team Genome Res. 14:2121-2127(2004) [PubMed: 15489334] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA]. Tissue: Pancreas. |
| [3] | "Sequence conservation and structural organization of the glycerol-3-phosphate dehydrogenase promoter in mice and humans." Gwynn B., Lyford K.L., Birkenmeier E.H. Mol. Cell. Biol. 10:5244-5256(1990) [PubMed: 2398890] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA] OF 1-14. Tissue: Fetal liver. |
| [4] | "Crystal structures of human glycerol 3-phosphate dehydrogenase 1 (GPD1)." Ou X., Ji C., Han X., Zhao X., Li X., Mao Y., Wong L.-L., Bartlam M., Rao Z. J. Mol. Biol. 357:858-869(2006) [PubMed: 16460752] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (2.3 ANGSTROMS) IN COMPLEX WITH NAD, SUBUNIT, ENZYME REGULATION. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| L34041 mRNA. Translation: AAA92863.1. BC032234 mRNA. Translation: AAH32234.1. M36917 Genomic DNA. Translation: AAA35925.1. | |||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00295777. | ||||||||||||||||||||||||
| PIR | S55920. | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_005267.2. | ||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.524418 | ||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P21695. 1 interaction. | ||||||||||||||||||||||||
| STRING | P21695. | ||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | P21695. | ||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000301149; ENSP00000301149; ENSG00000167588; Homo sapiens. [Genome view] | ||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 2819. | ||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:2819. | ||||||||||||||||||||||||
| NMPDR | fig|9606.3.peg.7531. | ||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc001rvz.1. human. | ||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||
| CTD | 2819. | ||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC12P048784. | ||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0010622. | ||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:4455. GPD1. | ||||||||||||||||||||||||
| MIM | 138420. gene. | ||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA28836. | ||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | P21695. | ||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | P21695. | ||||||||||||||||||||||||
| OMA | THENVKY. | ||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||
| BRENDA | 1.1.1.8. 247. | ||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_602. Metabolism of lipids and lipoproteins. | ||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P21695. | ||||||||||||||||||||||||
| Bgee | P21695. | ||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_GPD1. | ||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | P21695. | ||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000167588. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR013328. DH_multihelical. IPR016040. NAD(P)-bd_dom. IPR006168. NAD-dep_Gly3P_DH. IPR017751. NAD-dep_Gly3P_DH_euk. IPR011128. NAD-dep_Gly3P_DH_N. IPR006109. NAD_Gly3P_DH_C. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:3.40.50.720. NAD(P)-bd. 1 hit. G3DSA:1.10.1040.10. Opine_DH. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||
| PANTHER | PTHR11728. NAD_Gly3P_DH. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF07479. NAD_Gly3P_dh_C. 1 hit. PF01210. NAD_Gly3P_dh_N. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| PIRSF | PIRSF000114. Glycerol-3-P_dh. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||
| PRINTS | PR00077. GPDHDRGNASE. | ||||||||||||||||||||||||
| ProDom | PD001278. NAD_Gly3P_C. 1 hit. [Graphical view] [Entries sharing at least one domain] | ||||||||||||||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR03376. glycerol3P_DH. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00957. NAD_G3PDH. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||
| DrugBank | DB00157. NADH. | ||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 11107. | ||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | GPDA_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P21695 Secondary accession number(s): Q8N1B0 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
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