P20813 (CP2B6_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 1, 2013.
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| Protein names | Recommended name: Cytochrome P450 2B6 EC=1.14.13.- Alternative name(s): 1,4-cineole 2-exo-monooxygenase CYPIIB6 Cytochrome P450 IIB1 | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 491 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Cytochromes P450 are a group of heme-thiolate monooxygenases. In liver microsomes, this enzyme is involved in an NADPH-dependent electron transport pathway. It oxidizes a variety of structurally unrelated compounds, including steroids, fatty acids, and xenobiotics. Acts as a 1,4-cineole 2-exo-monooxygenase. Ref.7 |
| Catalytic activity | 1,4-cineole + NADPH + O2 = 2-exo-hydroxy-1,4-cineole + NADP+ + H2O. Ref.7 |
| Cofactor | Heme group. |
| Subcellular location | Endoplasmic reticulum membrane; Peripheral membrane protein. Microsome membrane; Peripheral membrane protein. |
| Tissue specificity | Expressed in liver, lung and heart right ventricle. Ref.6 |
| Induction | By phenobarbital. |
| Post-translational modification | Phosphorylation is accompanied by a decrease in enzyme activity By similarity. |
| Polymorphism | Genetic variations in CYP2B6 are responsible for poor metabolism of efavirenz and, therefore, susceptibility to efavirenz toxicity in the central nervous system [MIM:614546]. Efavirenz is a non-nucleoside reverse transcriptase inhibitor frequently prescribed with 2 nucleoside reverse transcriptase inhibitors as initial therapy for human immunodeficiency virus (HIV) infection. Up to half of patients treated with efavirenz, experience side effects in the central nervous system, including dizziness, insomnia, impaired concentration, somnolence, and abnormal dreams. Severe depression, aggressive behavior, and paranoid or manic reactions may also occur, depending on efavirenz concentration in the plasma. |
| Sequence similarities | Belongs to the cytochrome P450 family. |
| Biophysicochemical properties | Kinetic parameters: KM=360 µM for 1,4-cineole Ref.7 Vmax=3.4 nmol/min/nmol enzyme toward 2-exo-hydroxy-1,4-cineole |
Ontologies
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 491 | 491 | Cytochrome P450 2B6 | PRO_0000051683 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 436 | 1 | Iron (heme axial ligand) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 128 | 1 | Phosphoserine; by PKA By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 21 | 1 | Q → L in allele CYP2B6*10. Ref.19 Corresponds to variant rs34883432 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_023563 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 22 | 1 | R → C in allele CYP2B6*2 and allele CYP2B6*10. Ref.3 Ref.15 Ref.16 Ref.17 Ref.18 Ref.20 Corresponds to variant rs8192709 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_016927 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 26 | 1 | T → S. Ref.3 Corresponds to variant rs33973337 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_025206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 28 | 1 | D → G. Ref.3 Corresponds to variant rs33980385 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_025207 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 29 | 1 | R → P. Corresponds to variant rs34284776 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_033819 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 29 | 1 | R → S. Ref.3 Corresponds to variant rs33926104 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_025208 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 46 | 1 | M → V in allele CYP2B6*11. Ref.19 Corresponds to variant rs35303484 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_023564 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 99 | 1 | G → E in allele CYP2B6*12. Ref.19 Corresponds to variant rs36060847 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_023565 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 139 | 1 | K → E in allele CYP2B6*8 and allele CYP2B6*13. Ref.18 Ref.19 | VAR_016948 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 140 | 1 | R → Q in allele CYP2B6*14. Ref.19 Corresponds to variant rs35773040 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_023566 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 167 | 1 | P → A. Ref.2 Ref.17 Corresponds to variant rs3826711 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_016924 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 172 | 1 | Q → H in allele CYP2B6*6, allele CYP2B6*7, allele CYP2B6*9 and allele CYP2B6*13. Ref.2 Ref.3 Ref.14 Ref.15 Ref.16 Ref.17 Ref.18 Ref.20 Corresponds to variant rs3745274 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_016925 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 259 | 1 | S → R in allele CYP2B6*3. Ref.15 Ref.16 Corresponds to variant rs45482602 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_016928 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 262 | 1 | K → R in allele CYP2B6*4, allele CYP2B6*6, allele CYP2B6*7 and allele CYP2B6*13; slight decrease in activity. Ref.2 Ref.3 Ref.15 Ref.16 Ref.20 Corresponds to variant rs2279343 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_016926 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 289 | 1 | N → K. Ref.3 Corresponds to variant rs34277950 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_025209 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 306 | 1 | T → S. Ref.3 Corresponds to variant rs34698757 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_025210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 328 | 1 | I → T. Ref.3 Ref.20 Corresponds to variant rs28399499 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_024716 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 391 | 1 | I → N in allele CYP2B6*15. Ref.19 Corresponds to variant rs35979566 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_023567 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 487 | 1 | R → C in allele CYP2B6*5 and allele CYP2B6*7. Ref.3 Ref.15 Ref.16 Ref.17 Ref.18 Ref.20 Corresponds to variant rs3211371 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_016929 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 146 | 1 | I → T in AAF13602. Ref.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 238 | 1 | L → P in AAF13602. Ref.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 38 – 40 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 43 – 45 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 51 – 62 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 64 – 70 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 73 – 78 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 81 – 88 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 89 – 93 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 94 – 96 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 102 – 104 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 105 – 108 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 113 – 115 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 118 – 134 | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 135 – 137 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 142 – 159 | 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 160 – 162 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 168 – 184 | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 193 – 209 | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 212 – 224 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 230 – 254 | 25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 264 – 274 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 275 – 278 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 283 – 285 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 288 – 316 | 29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 318 – 331 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 332 – 335 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 340 – 345 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 347 – 360 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 375 – 377 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 380 – 382 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 387 – 390 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 392 – 396 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 399 – 401 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 402 – 404 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 410 – 413 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 432 – 434 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 439 – 456 | 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 457 – 460 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 465 – 467 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 473 – 480 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 486 – 490 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Web resources
| Cytochrome P450 Allele Nomenclature Committee CYP2B6 alleles |
| NIEHS-SNPs |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | M29874 mRNA. Translation: AAA52144.1. AF182277 mRNA. Translation: AAF13602.1. DQ298753 Genomic DNA. Translation: ABB84469.1. AC023172 Genomic DNA. Translation: AAF32444.1. X13494 mRNA. No translation available. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00025829. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | A32969. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_000758.1. NM_000767.4. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.1360. | ||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | P20813. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | 9606.ENSP00000324648. | ||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P20813. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| DMDM | 117205. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| PaxDb | P20813. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | P20813. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000324071; ENSP00000324648; ENSG00000197408. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 1555. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:1555. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc002opr.1. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 1555. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC19P041497. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:2615. CYP2B6. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | HPA048124. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 123930. gene. 614546. phenotype. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_P20813. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Orphanet | 240869. Efavirenz toxicity. 240969. Susceptibility to adverse reaction due to efavirenz treatment. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA123. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | COG2124. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HOG000036992. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG015789. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | P20813. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| KO | K07412. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | GRGKIAM. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG40K7ZR. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | P20813. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| BioCyc | MetaCyc:HS09587-MONOMER. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_111217. Metabolism. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| SABIO-RK | P20813. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P20813. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | P20813. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_CYP2B6. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | P20813. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000197408. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | 1.10.630.10. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR001128. Cyt_P450. IPR017972. Cyt_P450_CS. IPR002401. Cyt_P450_E_grp-I. IPR008068. Cyt_P450_E_grp-I_CYP2B-like. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00067. p450. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PRINTS | PR00463. EP450I. PR01685. EP450ICYP2B. PR00385. P450. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| SUPFAM | SSF48264. Cytochrome_P450. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00086. CYTOCHROME_P450. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||
| BindingDB | P20813. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| ChEMBL | CHEMBL4729. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| DrugBank | DB01156. Bupropion. DB00241. Butalbital. DB00564. Carbamazepine. DB00758. Clopidogrel. DB00531. Cyclophosphamide. DB00625. Efavirenz. DB01181. Ifosfamide. DB01043. Memantine. DB00454. Meperidine. DB00532. Mephenytoin. DB00333. Methadone. DB00849. Methylphenobarbital. DB00683. Midazolam. DB00220. Nelfinavir. DB00238. Nevirapine. DB00184. Nicotine. DB01173. Orphenadrine. DB00252. Phenytoin. DB00818. Propofol. DB00503. Ritonavir. DB01037. Selegiline. DB01104. Sertraline. DB00208. Ticlopidine. DB01361. Troleandomycin. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | P20813. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| GenomeRNAi | 1555. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 6423. | ||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | CP2B6_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P20813 Secondary accession number(s): Q2V565, Q9UK46 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
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