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UniProtKB/Swiss-Prot P20339 (RAB5A_HUMAN)
Last modified
June 16, 2009.
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90%,
50% identity |
Documents (4) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Ras-related protein Rab-5A | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 215 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is not processed. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Required for the fusion of plasma membranes and early endosomes. |
| Enzyme regulation | Regulated by guanine nucleotide exchange factors (GEFs) which promote the exchange of bound GDP for free GTP. |
| Subunit structure | Binds EEA1. Interacts with RIN1 and GAPVD1, which regulate its pathway, probably by acting as a GEF. Interacts with ALS2CL, UNC84B, ZFYVE20 and RUFY1. Interacts with SGSM1 and SGSM3 By similarity. |
| Subcellular location | Cell membrane; Lipid-anchor; Cytoplasmic side By similarity. Early endosome membrane; Lipid-anchor By similarity. Melanosome. Note: Enriched in stage I melanosomes. |
| Sequence similarities | Belongs to the small GTPase superfamily. Rab family. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Protein transport Transport |
| Cellular component | Cell membrane Endosome Membrane |
| Ligand | GTP-binding Nucleotide-binding |
| PTM | Lipoprotein Phosphoprotein Prenylation |
| Technical term | 3D-structure |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | endocytosis Traceable author statement. Source: ProtInc protein transportInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW small GTPase mediated signal transductionInferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Cellular component | early endosome membrane Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-SubCell melanosomeInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-SubCell plasma membraneInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-SubCell |
| Molecular function | GTP binding Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW GTPase activity Ref.1Traceable author statement. Source: ProtInc protein bindingInferred from physical interaction. Source: UniProtKB |
| Complete GO annotation... | |
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| EEA1 | Q15075 | 3 | EBI-399437,EBI-298113 | |
| PIK3R1 | P23727 | 2 | EBI-399437,EBI-520244 | From a different organism. |
| RAB5C | P51148 | 1 | EBI-399437,EBI-1054923 | |
| RIN1 | Q13671 | 1 | EBI-399437,EBI-366017 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 215 | 215 | Ras-related protein Rab-5A | PRO_0000121104 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 27 – 34 | 8 | GTP By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 75 – 79 | 5 | GTP By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 133 – 136 | 4 | GTP By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif | 49 – 57 | 9 | Effector region By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 202 | 1 | Phosphothreonine Ref.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 205 | 1 | Phosphothreonine Ref.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 208 | 1 | Phosphothreonine Ref.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Lipidation | 212 | 1 | S-geranylgeranyl cysteine | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Lipidation | 213 | 1 | S-geranylgeranyl cysteine | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 81 | 1 | R → G in AAA60245. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 197 | 1 | R → G in AAA60245. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 17 – 26 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 33 – 42 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 53 – 64 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 67 – 76 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 80 – 85 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 86 – 90 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 94 – 101 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 105 – 121 | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 127 – 133 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 135 – 140 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 145 – 154 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 158 – 161 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 164 – 166 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 170 – 179 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| M28215 mRNA. Translation: AAA60245.1. AF498936 mRNA. Translation: AAM21084.1. BC001267 mRNA. Translation: AAH01267.1. BC018288 mRNA. Translation: AAH18288.1. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00023510. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | F34323. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_004153.2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.475663 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP:380N. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P20339. 8 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P20339. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | P20339. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENSG00000144566. Homo sapiens. [Contig view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 5868. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:5868. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC03P019963. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0003118. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:9783. RAB5A. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | CAB004567. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 179512. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA34143. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | P20339. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | P20339. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | P20339. PTRNQCC. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pathway_Interaction_DB | p38alphabetadownstreampathway. Signaling mediated by p38-alpha and p38-beta. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P20339. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | P20339. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_RAB5A. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000144566. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR003579. GTPase_Rab. IPR015599. Rab5-like. IPR013753. Ras. IPR001806. Ras_GTPase. IPR005225. Small_GTP_bd. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PANTHER | PTHR11708:SF254. Rab5_like. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00071. Ras. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRINTS | PR00449. RASTRNSFRMNG. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00175. RAB. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR00231. small_GTP. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS51419. RAB. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 22790. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | RAB5A_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P20339 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 3 Human chromosome 3: entries, gene names and cross-references to MIM |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

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