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UniProtKB/Swiss-Prot P14483 (HB2A_MOUSE)
Last modified
July 13, 2010.
Version 89.
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Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (3) |
Third-party data |
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Names and originHide
| Protein names | Recommended name: H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Mus musculus (Mouse) | ||||
| Taxonomic identifier | 10090 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Glires › Rodentia › Sciurognathi › Muroidea › Muridae › Murinae › Mus |
Protein attributesHide
| Sequence length | 265 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)Hide
| Subcellular location | Membrane; Single-pass type I membrane protein Potential. |
| Sequence similarities | Belongs to the MHC class II family. Contains 1 Ig-like C1-type (immunoglobulin-like) domain. |
OntologiesHide
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Immunity |
| Cellular component | MHC II Membrane |
| Domain | Signal Transmembrane |
| PTM | Disulfide bond Glycoprotein |
| Technical term | 3D-structure |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II Inferred from direct assay. Source: MGI immune responseInferred from mutant phenotype. Source: MGI |
| Cellular component | Golgi apparatus Inferred from direct assay. Source: MGI MHC class II protein complexInferred from direct assay. Source: MGI early endosomeInferred from direct assay. Source: MGI external side of plasma membraneInferred from direct assay. Source: MGI integral to membraneInferred from direct assay. Source: MGI multivesicular bodyInferred from direct assay. Source: MGI |
| Molecular function | peptide antigen binding Inferred from direct assay. Source: MGI protein bindingInferred from physical interaction. Source: MGI |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)Hide
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Signal peptide | 1 – 27 | 27 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 28 – 265 | 238 | H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain | PRO_0000018993 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 28 – 226 | 199 | Extracellular Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 227 – 247 | 21 | Helical; Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 248 – 265 | 18 | Cytoplasmic Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 125 – 213 | 89 | Ig-like C1-type | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 28 – 122 | 95 | Beta-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 123 – 216 | 94 | Beta-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 217 – 226 | 10 | Connecting peptide | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 46 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 42 ↔ 106 | By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 145 ↔ 201 | By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 35 – 43 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 46 – 49 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 52 – 59 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 62 – 68 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 69 – 71 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 73 – 78 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 79 – 81 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 82 – 90 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 92 – 98 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 101 – 104 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 107 – 111 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 112 – 117 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 118 – 120 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 126 – 136 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 137 – 139 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 142 – 153 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 156 – 161 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 164 – 166 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 170 – 172 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 179 – 181 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 183 – 190 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 199 – 204 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 212 – 216 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SequencesHide
| ||||||||||||||||||
ReferencesHide
| [1] | "Structure of the murine immune response I-A beta locus: sequence of the I-A beta gene and an adjacent beta-chain second domain exon." Larhammar D., Hammerling U., Denaro M., Lund T., Flavell R.A., Rask L., Peterson P.A. Cell 34:179-188(1983) [PubMed: 6411350] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA]. |
| [2] | Rowen L., Qin S., Ahearn M.E., Loretz C., Faust J., Lasky S., Mahairas G., Hood L.E. Submitted (OCT-1997) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA]. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-referencesHide
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | V01527 Genomic DNA. Translation: CAA24768.1. AF027865 Genomic DNA. Translation: AAB81531.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00126585. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | I48656. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_996988.2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Mm.254067 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MINT | MINT-257639. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | P14483. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | P14483. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENSMUST00000040828; ENSMUSP00000041008; ENSMUSG00000073421; Mus musculus. [Genome view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 14961. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MGI | MGI:103070. H2-Ab1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HBG283835. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG012730. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | P14483. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | WKKALRI. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | P14483. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P14483. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | P14483. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | MM_H2-AB1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | P14483. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSMUSG00000073421. Mus musculus. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR007110. Ig-like. IPR013783. Ig-like_fold. IPR003006. Ig/MHC_CS. IPR003597. Ig_C1-set. IPR011162. MHC_I/II-like_Ag-recog. IPR000353. MHC_II_b_N. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:2.60.40.10. Ig-like_fold. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF07654. C1-set. 1 hit. PF00969. MHC_II_beta. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProDom | PD000328. MHC_II_b_N. 1 hit. [Graphical view] [Entries sharing at least one domain] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00407. IGc1. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SUPFAM | SSF54452. MHC_I/II-like_Ag-recog. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS50835. IG_LIKE. 1 hit. PS00290. IG_MHC. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry informationHide
| Entry name | HB2A_MOUSE | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P14483 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
Relevant documentsHide
| MGD cross-references Mouse Genome Database (MGD) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

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