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UniProtKB/Swiss-Prot P13501 (CCL5_HUMAN)
Last modified
June 16, 2009.
Version 111.
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Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (6) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: C-C motif chemokine 5 Alternative name(s): Small-inducible cytokine A5 T-cell-specific protein RANTES SIS-delta T cell-specific protein P228 Short name=TCP228 Eosinophil-chemotactic cytokine EoCP Cleaved into the following 2 chains: 1- Recommended name: RANTES(3-68) 2- Recommended name: RANTES(4-68) | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 91 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Chemoattractant for blood monocytes, memory T-helper cells and eosinophils. Causes the release of histamine from basophils and activates eosinophils. Binds to CCR1, CCR3, CCR4 and CCR5. One of the major HIV-suppressive factors produced by CD8+ T-cells. Recombinant RANTES protein induces a dose-dependent inhibition of different strains of HIV-1, HIV-2, and simian immunodeficiency virus (SIV). The processed form RANTES(3-68) acts as a natural chemotaxis inhibitor and is a more potent inhibitor of HIV-1-infection. The second processed form RANTES(4-68) exhibits reduced chemotactic and HIV-suppressive activity compared with RANTES(1-68) and RANTES(3-68) and is generated by an unidentified enzyme associated with monocytes and neutrophils. Ref.3 Ref.8 Ref.10 Ref.11 Ref.12 |
| Subcellular location | |
| Tissue specificity | T-cell and macrophage specific. |
| Induction | By mitogens. |
| Post-translational modification | N-terminal processed form RANTES(3-68) is produced by proteolytic cleavage, probably by DPP4, after secretion from peripheral blood leukocytes and cultured sarcoma cells. The identity of the O-linked saccharides at Ser-27 and Ser-28 are not reported in Ref.8. They are assigned by similarity. |
| Polymorphism | The variant Phe-24 is an antagonist of the chemokine receptors CCR1 and CCR3. |
| Sequence similarities | Belongs to the intercrine beta (chemokine CC) family. |
| Mass spectrometry | Molecular mass is 7515±1 Da from positions 27 - 91. Determined by SELDI. Ref.12 Molecular mass is 7862.8±1.1 Da from positions 24 - 91. Determined by ESI. Ref.8 Molecular mass is 8355±10 Da from positions 24 - 91. Determined by ESI. O-glycosylated. Ref.8 |
Ontologies
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Signal peptide | 1 – 23 | 23 | Ref.8 Ref.9 | |||||||||||||||||||
| Chain | 24 – 91 | 68 | C-C motif chemokine 5 | PRO_0000005175 | ||||||||||||||||||
| Chain | 26 – 91 | 66 | RANTES(3-68) | PRO_0000005176 | ||||||||||||||||||
| Chain | 27 – 91 | 65 | RANTES(4-68) | PRO_0000005177 | ||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||
| Site | 25 – 26 | 2 | Cleavage; by DPP4 | |||||||||||||||||||
| Site | 90 | 1 | Susceptible to oxidation | |||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 27 | 1 | O-linked (GalNAc...); partial Ref.8 | |||||||||||||||||||
| Glycosylation | 28 | 1 | O-linked (GalNAc...); partial Ref.8 | |||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 33 ↔ 57 | |||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 34 ↔ 73 | |||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 24 | 1 | S → F Ref.3 | VAR_043043 | ||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 7 | 1 | A → R in AAA36725. Ref.1 | |||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 7 | 1 | A → R in AAF73070. Ref.5 | |||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 14 | 1 | A → V in AAF73070. Ref.5 | |||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 31 – 33 | 3 | ||||||||||||||||||||
| Helix | 44 – 46 | 3 | ||||||||||||||||||||
| Beta strand | 47 – 52 | 6 | ||||||||||||||||||||
| Beta strand | 57 – 59 | 3 | ||||||||||||||||||||
| Beta strand | 62 – 66 | 5 | ||||||||||||||||||||
| Beta strand | 71 – 74 | 4 | ||||||||||||||||||||
| Helix | 79 – 89 | 11 | ||||||||||||||||||||
Sequences
References
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| [1] | "A human T cell-specific molecule is a member of a new gene family." Schall T.J., Jongstra J., Dyer B.J., Jorgensen J., Clayberger C., Davis M.M., Krensky A.M. J. Immunol. 141:1018-1025(1988) [PubMed: 2456327] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA]. |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| M21121 mRNA. Translation: AAA36725.1. AF088219 Genomic DNA. Translation: AAC63331.1. DQ230537 mRNA. Translation: ABB69929.1. AF043341 mRNA. Translation: AAC03541.1. AF266753 mRNA. Translation: AAF73070.1. DQ017060 Genomic DNA. Translation: AAY22177.1. BC008600 mRNA. Translation: AAH08600.1. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00009309. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | A28815. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_002976.2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.514821 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP:31N. DIP:5841N. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PeptideAtlas | P13501. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENSG00000161570. Homo sapiens. [Contig view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 6352. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:6352. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC17M031222. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0020441. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:10632. CCL5. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 187011. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA35564. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | P13501. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | P13501. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | P13501. VFVTRKN. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pathway_Interaction_DB | syndecan_1_pathway. Syndecan-1-mediated signaling events. syndecan_4_pathway. Syndecan-4-mediated signaling events. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_14797. Signaling by GPCR. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P13501. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | P13501. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_CCL5. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000161570. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR000827. CC_chemkine_sml_CS. IPR001811. Chemokine_IL8. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00048. IL8. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00199. SCY. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00472. SMALL_CYTOKINES_CC. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 24676. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PMAP-CutDB | P13501. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | CCL5_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P13501 Secondary accession number(s): O43646 Q9UC99 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 17 Human chromosome 17: entries, gene names and cross-references to MIM |
| Human entries with polymorphisms or disease mutations List of human entries with polymorphisms or disease mutations |
| Human polymorphisms and disease mutations Index of human polymorphisms and disease mutations |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

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