P12955 (PEPD_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 1, 2013.
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| Protein names | Recommended name: Xaa-Pro dipeptidase Short name=X-Pro dipeptidase EC=3.4.13.9 Alternative name(s): Imidodipeptidase Peptidase D Proline dipeptidase Short name=Prolidase | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 493 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Splits dipeptides with a prolyl or hydroxyprolyl residue in the C-terminal position. Plays an important role in collagen metabolism because the high level of iminoacids in collagen. |
| Catalytic activity | Hydrolysis of Xaa-|-Pro dipeptides; also acts on aminoacyl-hydroxyproline analogs. No action on Pro-|-Pro. |
| Cofactor | Binds 2 manganese ions per subunit. Ref.8 |
| Subunit structure | Homodimer. |
| Involvement in disease | Prolidase deficiency (PD) [MIM:170100]: A multisystem disorder associated with massive iminodipeptiduria and lack of or reduced prolidase activity in erythrocytes, leukocytes, or cultured fibroblasts. Clinical features include skin ulcers, developmental delay, recurrent infections, and a characteristic facies. |
| Sequence similarities | Belongs to the peptidase M24B family. Eukaryotic-type prolidase subfamily. |
| Mass spectrometry | Molecular mass is 54251.73 Da from positions 2 - 493. Determined by MALDI. Ref.6 |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Collagen degradation |
| Coding sequence diversity | Alternative splicing Polymorphism |
| Disease | Disease mutation |
| Ligand | Manganese Metal-binding |
| Molecular function | Dipeptidase Hydrolase Metalloprotease Protease |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Direct protein sequencing Reference proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological_process | cellular amino acid metabolic process Traceable author statement PubMed 1972707. Source: ProtInc collagen catabolic processInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW proteolysisTraceable author statement PubMed 1972707. Source: ProtInc |
| Molecular_function | aminopeptidase activity Inferred from electronic annotation. Source: InterPro dipeptidase activityInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW manganese ion bindingInferred from electronic annotation. Source: InterPro metallocarboxypeptidase activityTraceable author statement PubMed 1972707. Source: ProtInc |
| Complete GO annotation... | |
Alternative products
| This entry describes 3 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: P12955-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: P12955-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 184-224: Missing. | ||||||
| Note: No experimental confirmation available. | ||||||
| Isoform 3 (identifier: P12955-3) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 68-131: Missing. | ||||||
| Note: No experimental confirmation available. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 493 | 493 | Xaa-Pro dipeptidase | PRO_0000185087 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 276 | 1 | Manganese 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 287 | 1 | Manganese 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 287 | 1 | Manganese 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 370 | 1 | Manganese 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 412 | 1 | Manganese 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 452 | 1 | Manganese 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 452 | 1 | Manganese 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 68 – 131 | 64 | Missing in isoform 3. | VSP_045370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 184 – 224 | 41 | Missing in isoform 2. | VSP_042629 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 184 | 1 | R → Q in PD. Ref.11 | VAR_011614 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 276 | 1 | D → N in PD. Ref.9 | VAR_004404 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 278 | 1 | G → D in PD. Ref.11 | VAR_011615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 388 | 1 | R → H. Corresponds to variant rs2230062 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_051574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 435 | 1 | L → F. Ref.3 Ref.5 Corresponds to variant rs17570 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_014723 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 448 | 1 | G → R in PD. Ref.10 Ref.11 Ref.12 | VAR_004405 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 452 | 1 | Missing in PD. Ref.10 Ref.11 | VAR_004406 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 48 | 1 | L → R in BAF84250. Ref.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 66 | 1 | R → L in AAA60064. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 107 | 1 | W → R in BAF83470. Ref.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 108 | 1 | M → I in BAF83445. Ref.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 183 | 1 | C → S in AAA60064. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 221 | 1 | E → G in AAA60064. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 283 – 284 | 2 | CF → SV in AAA60064. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 294 | 1 | A → R in AAA60064. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 311 | 1 | R → L in AAA60064. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 324 | 1 | V → D in AAA60064. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 329 – 330 | 2 | MH → ID in AAA60064. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 408 | 1 | V → A in BAG56678. Ref.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 458 | 1 | T → I in AAA60064. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 478 | 1 | C → R in BAF83470. Ref.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 21 – 36 | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 45 – 49 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 54 – 56 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 69 – 75 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 79 – 81 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 83 – 87 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 88 – 90 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 93 – 97 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 102 – 104 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 105 – 107 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 114 – 121 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 124 – 128 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 129 – 131 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 132 – 138 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 152 – 154 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 166 – 168 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 176 – 185 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 189 – 212 | 24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 219 – 234 | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 238 – 241 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 244 – 247 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 248 – 252 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 272 – 277 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 279 – 281 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 288 – 293 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 300 – 319 | 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 326 – 343 | 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 351 – 356 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 357 – 359 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 360 – 363 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 373 – 377 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 394 – 396 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 408 – 411 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 414 – 416 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 419 – 427 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 429 – 432 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 437 – 443 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 448 – 450 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 452 – 457 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 459 – 464 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 472 – 479 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | J04605 mRNA. Translation: AAA60064.1. BT006692 mRNA. Translation: AAP35338.1. AK290756 mRNA. Translation: BAF83445.1. AK290781 mRNA. Translation: BAF83470.1. AK291561 mRNA. Translation: BAF84250.1. AK293126 mRNA. Translation: BAG56678.1. AK294619 mRNA. Translation: BAG57802.1. AC008744 Genomic DNA. No translation available. AC010485 Genomic DNA. No translation available. BC004305 mRNA. Translation: AAH04305.1. BC015027 mRNA. Translation: AAH15027.1. BC028295 mRNA. Translation: AAH28295.1. | ||||||||||||||||||
| IPI | IPI00257882. IPI00909399. IPI00910514. | ||||||||||||||||||
| PIR | A32454. | ||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_000276.2. NM_000285.3. NP_001159528.1. NM_001166056.1. NP_001159529.1. NM_001166057.1. | ||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.36473. | ||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | P12955. | ||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||
| IntAct | P12955. 8 interactions. | ||||||||||||||||||
| MINT | MINT-5000488. | ||||||||||||||||||
| STRING | 9606.ENSP00000244137. | ||||||||||||||||||
Protein family/group databases | |||||||||||||||||||
| MEROPS | M24.007. | ||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P12955. | ||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||
| DMDM | 50403718. | ||||||||||||||||||
2D gel databases | |||||||||||||||||||
| REPRODUCTION-2DPAGE | IPI00257882. | ||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||
| PaxDb | P12955. | ||||||||||||||||||
| PeptideAtlas | P12955. | ||||||||||||||||||
| PRIDE | P12955. | ||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||
| DNASU | 5184. | ||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000244137; ENSP00000244137; ENSG00000124299. ENST00000397032; ENSP00000380226; ENSG00000124299. ENST00000436370; ENSP00000391890; ENSG00000124299. | ||||||||||||||||||
| GeneID | 5184. | ||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:5184. | ||||||||||||||||||
| UCSC | uc002nur.4. human. | ||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||
| CTD | 5184. | ||||||||||||||||||
| GeneCards | GC19M033877. | ||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:8840. PEPD. | ||||||||||||||||||
| HPA | HPA015599. | ||||||||||||||||||
| MIM | 170100. phenotype. 613230. gene. | ||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_P12955. | ||||||||||||||||||
| Orphanet | 742. Prolidase deficiency. | ||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA33181. | ||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||
| eggNOG | COG0006. | ||||||||||||||||||
| HOGENOM | HOG000008763. | ||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG053562. | ||||||||||||||||||
| InParanoid | P12955. | ||||||||||||||||||
| KO | K14213. | ||||||||||||||||||
| OMA | ITIEPGC. | ||||||||||||||||||
| PhylomeDB | P12955. | ||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P12955. | ||||||||||||||||||
| Bgee | P12955. | ||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_PEPD. | ||||||||||||||||||
| Genevestigator | P12955. | ||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000124299. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||
| Gene3D | 3.90.230.10. 1 hit. | ||||||||||||||||||
| InterPro | IPR007865. Aminopep_P_N. IPR000994. Pept_M24_structural-domain. IPR001131. Peptidase_M24B_aminopep-P_CS. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| Pfam | PF05195. AMP_N. 1 hit. PF00557. Peptidase_M24. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| SMART | SM01011. AMP_N. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| SUPFAM | SSF55920. Peptidase_M24_cat_core. 1 hit. | ||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00491. PROLINE_PEPTIDASE. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||
| BindingDB | P12955. | ||||||||||||||||||
| ChEMBL | CHEMBL4185. | ||||||||||||||||||
| ChiTaRS | PEPD. human. | ||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | P12955. | ||||||||||||||||||
| GenomeRNAi | 5184. | ||||||||||||||||||
| NextBio | 20054. | ||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | PEPD_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P12955 Secondary accession number(s): A8K3Z1 Q9BT75 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
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