Reviewed,
UniProtKB/Swiss-Prot P11926 (DCOR_HUMAN)
Last modified
November 25, 2008.
Version 103.
History...
Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (6) |
Third-party data |
Customize display | text xml rdf/xml gff fasta |
Names and origin · Protein attributes · General annotation (Comments) · Ontologies · Binary interactions · Sequence annotation (Features) · Sequences · References · Web resources · Cross-references · Entry information · Relevant documents
Names and origin
| Protein names | Recommended name: Ornithine decarboxylase Short name=ODC EC=4.1.1.17 | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 461 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is not processed. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Catalytic activity | L-ornithine = putrescine + CO(2). |
| Cofactor | Pyridoxal phosphate. |
| Enzyme regulation | Inhibited by S-nitrosylation. |
| Pathway | |
| Subunit structure | Homodimer. |
| Post-translational modification | S-Nitrosylation inhibits the enzyme. S-Nitrosylated in vitro on 4 cysteine residues. |
| Sequence similarities | Belongs to the Orn/Lys/Arg decarboxylase class-II family. |
Ontologies
Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Polyamine biosynthesis |
| Ligand | Pyridoxal phosphate |
| Molecular function | Decarboxylase Lyase |
| PTM | Phosphoprotein S-nitrosylation |
| Technical term | 3D-structure |
Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | polyamine biosynthetic process Non-traceable author statement. Source: UniProtKB |
| Cellular component | nucleus Inferred from direct assay. Source: HPA |
| Molecular function | ornithine decarboxylase activity Ref.11 Traceable author statement. Source: UniProtKB protein bindingInferred from physical interaction. Source: IntAct |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 461 | 461 | Ornithine decarboxylase | PRO_0000149891 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 360 | 1 | Proton donor; shared with dimeric partner | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 69 | 1 | Pyridoxal phosphate (covalent) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 303 | 1 | Phosphoserine; by CK2 By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 360 | 1 | S-nitrosocysteine; in inhibited form Probable | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 360 | 1 | C → A: 25% decrease of in vitro nitrosylation level | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 1 – 5 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 11 – 13 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 20 – 28 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 32 – 34 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 40 – 44 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 45 – 58 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 62 – 67 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 68 – 70 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 74 – 83 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 86 – 89 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 92 – 99 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 100 – 102 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 105 – 107 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 108 – 110 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 117 – 125 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 130 – 133 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 136 – 145 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 150 – 155 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 174 – 186 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 190 – 195 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 206 – 225 | 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 231 – 233 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 240 – 242 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 244 – 246 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 248 – 262 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 265 – 267 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 270 – 273 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 277 – 280 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 281 – 283 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 284 – 296 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 313 – 319 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 322 – 326 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 327 – 331 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 350 – 356 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 358 – 360 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 365 – 373 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 380 – 383 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 388 – 390 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 391 – 393 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 397 – 399 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 404 – 409 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 411 – 420 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Complete amino acid sequence of human ornithine decarboxylase deduced from complementary DNA." Hickok N.J., Seppaenen P.J., Gunsalus G.L., Jaenne O.A. DNA 6:179-187(1987) [PubMed: 3595418] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA]. |
| [2] | Jaenne O.A. Submitted (APR-2003) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: SEQUENCE REVISION TO 415. |
| [3] | "Characterization and sequence analysis of the human ornithine decarboxylase gene." Fitzgerald M.C., Flanagan M.A. DNA 8:623-634(1989) [PubMed: 2693021] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA]. |
| [4] | "Nucleotide sequence of the human ornithine decarboxylase gene." van Steeg H., van Oostrom C.T.M., Martens J.W.M., van Kreyl C.F., Schepens J., Wieringa B. Nucleic Acids Res. 17:8855-8856(1989) [PubMed: 2587220] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA]. |
| [5] | "Human ornithine decarboxylase-encoding loci: nucleotide sequence of the expressed gene and characterization of a pseudogene." Hickok N.J., Wahlfors J., Crozat A., Halmekytoe M., Alhonen L., Jaenne J., Jaenne O.A. Gene 93:257-263(1990) [PubMed: 2227439] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA]. |
| [6] | "Isolation and expression of a human ornithine decarboxylase gene." Moshier J.A., Gilbert J.D., Skunca M., Dosescu J., Almodovar K.M., Luk G.D. J. Biol. Chem. 265:4884-4892(1990) [PubMed: 2318872] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA]. |
| [7] | "Multiple promoter elements govern expression of the human ornithine decarboxylase gene in colon carcinoma cells." Moshier J.A., Osborne D.L., Skunca M., Dosescu J., Gilbert J.D., Fitzgerald M.C., Polidori G., Wagner R.L., Friezner Degen S.J., Luk G.D., Flanagan M.A. Nucleic Acids Res. 20:2581-2590(1992) [PubMed: 1598217] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA]. |
| [8] | "Regulation of ornithine decarboxylase mRNA levels in human breast cancer cells: pattern of expression and involvement of core enhancer promoter element." Wright P.S., Cooper J.R., Cross-Doersen D.E., Miller J.A., Chmielewski P.A., Wagner R.L., Streng K.A., Flanagan M.A. Cell Growth Differ. 6:1097-1102(1995) [PubMed: 8519686] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA]. |
| [9] | "NIEHS-SNPs, environmental genome project, NIEHS ES15478, Department of Genome Sciences, Seattle, WA (URL: http://egp.gs.washington.edu)." Livingston R.J., Rieder M.J., Chung M.-W., Ritchie T.K., Olson A.N., Nguyen C.P., Gildersleeve H., Cassidy C.M., Johnson E.J., Swanson J.E., McFarland I., Yool B., Park C., Nickerson D.A. Submitted (NOV-2004) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA]. |
| [10] | "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)." The MGC Project Team Genome Res. 14:2121-2127(2004) [PubMed: 15489334] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA]. Tissue: Lymph. |
| [11] | "Expression of human chromosome 2 ornithine decarboxylase gene in ornithine decarboxylase-deficient Chinese hamster ovary cells." Hsieh J.T., Denning M.F., Heidel S.M., Verma A.K. Cancer Res. 50:2239-2244(1990) [PubMed: 2317811] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] OF 1-22. |
| [12] | "Cell-cycle-dependent expression of human ornithine decarboxylase." Kaczmarek L., Calabretta B., Ferrari S., de Riel J.K. J. Cell. Physiol. 132:545-551(1987) [PubMed: 3308908] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA] OF 112-461. |
| [13] | "Nitric oxide inhibits ornithine decarboxylase by S-nitrosylation." Bauer P.M., Fukuto J.M., Buga G.M., Pegg A.E., Ignarro L.J. Biochem. Biophys. Res. Commun. 262:355-358(1999) [PubMed: 10462479] [Abstract] Cited for: S-NITROSYLATION. |
| [14] | "Nitric oxide inhibits ornithine decarboxylase via S-nitrosylation of cysteine 360 in the active site of the enzyme." Bauer P.M., Buga G.M., Fukuto J.M., Pegg A.E., Ignarro L.J. J. Biol. Chem. 276:34458-34464(2001) [PubMed: 11461922] [Abstract] Cited for: S-NITROSYLATION AT CYS-360, MUTAGENESIS OF CYS-360. |
| [15] | "Crystal structure of human ornithine decarboxylase at 2.1 A resolution: structural insights to antizyme binding." Almrud J.J., Oliveira M.A., Kern A.D., Grishin N.V., Phillips M.A., Hackert M.L. J. Mol. Biol. 295:7-16(2000) [PubMed: 10623504] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (2.1 ANGSTROMS). |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| M16650 mRNA. Translation: AAA59966.2. M31061 Genomic DNA. Translation: AAA60563.1. X16277 Genomic DNA. Translation: CAA34353.1. M33764 Genomic DNA. Translation: AAA60564.1. M34158 Genomic DNA. Translation: AAA59969.1. M81740 Genomic DNA. Translation: AAA59967.1. X55362 mRNA. Translation: CAA39047.1. AY841870 Genomic DNA. Translation: AAV88093.1. BC025296 mRNA. Translation: AAH25296.1. X53271 mRNA. Translation: CAA37369.1. M20372 mRNA. Translation: AAA59968.1. | |||||||||||||||||||||||||
| PIR | DCHUO. S06900. | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_002530.1. | ||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.467701 | ||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P11926. | ||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P11926. | ||||||||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||||||||
| NIEHS-SNPs | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENSG00000115758. Homo sapiens. [Contig view] | ||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 4953. | ||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:4953. | ||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0001818. | ||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:8109. ODC1. | ||||||||||||||||||||||||
| HPA | HPA001536. | ||||||||||||||||||||||||
| MIM | 165640. gene. | ||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA31897. | ||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | P11926. | ||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | P11926. | ||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||
| BioCyc | MetaCyc:MON-11542. | ||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_13. Metabolism of amino acids. | ||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P11926. | ||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_ODC1. | ||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000115758. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR000183. De-COase2. IPR002433. Orn_de-COase. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF02784. Orn_Arg_deC_N. 1 hit. PF00278. Orn_DAP_Arg_deC. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| PRINTS | PR01179. ODADCRBXLASE. PR01182. ORNDCRBXLASE. | ||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00878. ODR_DC_2_1. 1 hit. PS00879. ODR_DC_2_2. 1 hit. [Graph | ||||||||||||||||||||||||

Clusters with