P10081 (IF4A_YEAST) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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December 14, 2011.
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| Protein names | Recommended name: ATP-dependent RNA helicase eIF4A EC=3.6.4.13 Alternative name(s): Eukaryotic initiation factor 4A Short name=eIF-4A Stimulator factor I 37 kDa component Translation initiation factor 1/2 p37 | |||||||||||||||
| Gene names |
| |||||||||||||||
| Organism | Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (Baker's yeast) | |||||||||||||||
| Taxonomic identifier | 559292 [NCBI] | |||||||||||||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Fungi › Dikarya › Ascomycota › Saccharomycotina › Saccharomycetes › Saccharomycetales › Saccharomycetaceae › Saccharomyces |
Protein attributes
| Sequence length | 395 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | ATP-dependent RNA helicase which is a subunit of the eIF4F complex involved in cap recognition and is required for mRNA binding to ribosome. In the current model of translation initiation, eIF4A unwinds RNA secondary structures in the 5'-UTR of mRNAs which is necessary to allow efficient binding of the small ribosomal subunit, and subsequent scanning for the initiator codon. Ref.10 Ref.11 Ref.13 Ref.15 Ref.16 Ref.17 |
| Catalytic activity | ATP + H2O = ADP + phosphate. |
| Subunit structure | Component of the eIF4F complex, which composition varies with external and internal environmental conditions. It is composed of at least eIF4A (TIF1/TIF2), eIF4E (TIF45) and eIF4G (TIF4631 or TIF4632) By similarity. Interacts with eIF4G1/TIF4631 and eIF4G2/TIF4632. Ref.15 Ref.16 |
| Subcellular location | |
| Domain | The Q motif is unique to and characteristic of the DEAD box family of RNA helicases and controls ATP binding and hydrolysis. Ref.17 |
| Miscellaneous | TIF1 and TIF2 code for the same protein. Present with 106000 molecules/cell in log phase SD medium. Ref.19 |
| Sequence similarities | Belongs to the DEAD box helicase family. eIF4A subfamily. Contains 1 helicase ATP-binding domain. Contains 1 helicase C-terminal domain. |
| Biophysicochemical properties | Kinetic parameters: KM=470 µM for ATP Ref.13 Ref.17 Vmax=2.6 pmol/sec/µg enzyme for ATP pH dependence: Optimum pH is 6.0. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Protein biosynthesis |
| Cellular component | Cytoplasm |
| Ligand | ATP-binding Nucleotide-binding RNA-binding |
| Molecular function | Helicase Hydrolase Initiation factor |
| PTM | Acetylation Phosphoprotein |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Direct protein sequencing Reference proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Cellular component | eukaryotic translation initiation factor 4F complex Inferred from genetic interaction Ref.15Ref.2. Source: SGD plasma membrane enriched fractionInferred from direct assay. Source: SGD ribosomeTraceable author statement. Source: SGD |
| Molecular function | ATP binding Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW ATP-dependent RNA helicase activityInferred from direct assay. Source: SGD protein bindingInferred from physical interaction. Source: IntAct translation initiation factor activityInferred from direct assay Ref.13. Source: SGD |
| Complete GO annotation... | |
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| TIF4631 | P39935 | 8 | EBI-9017,EBI-9002 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Initiator methionine | 1 | 1 | Removed | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 2 – 395 | 394 | ATP-dependent RNA helicase eIF4A | PRO_0000054968 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 53 – 222 | 170 | Helicase ATP-binding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 233 – 394 | 162 | Helicase C-terminal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 66 – 73 | 8 | ATP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif | 22 – 50 | 29 | Q motif | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif | 170 – 173 | 4 | DEAD box | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 2 | 1 | N-acetylserine Ref.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 2 | 1 | Phosphoserine Ref.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 128 | 1 | Phosphothreonine Ref.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 129 | 1 | Phosphoserine Ref.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 146 | 1 | Phosphothreonine Ref.21 Ref.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 24 | 1 | F → A: Lethal in vivo and reduces ATP binding and ATPase activity in vitro. Ref.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 42 | 1 | F → A: Slow growth in vivo and reduces ATP binding and ATPase activity in vitro. Ref.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 46 | 1 | S → A: Reduces ATP binding and ATPase activity in vitro. Ref.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 49 | 1 | Q → A: Reduces ATP binding and ATPase activity in vitro. Ref.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 49 | 1 | Q → E: Increases about 3-fold ATP binding but reduces about 2-fold ATPase activity in vitro. Ref.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 66 | 1 | A → D: Slow growth. Ref.12 Ref.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 66 | 1 | A → V: Lethal and dominant negative if overexpressed in vivo. Impairs ATP hydrolysis, RNA-helicase and translation activity in vitro. Ref.12 Ref.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 72 | 1 | K → A: Lethal in vivo and reduces ATP binding and ATPase activity in vitro. Ref.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 79 | 1 | A → V in TIF1-1; no growth at 36 degrees Celsius. Ref.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 126 | 1 | G → D: Lethal. Ref.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 127 | 1 | G → D: Slow growth. Ref.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 145 | 1 | G → D: Lethal. Ref.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 145 | 1 | G → S: Slow growth. Ref.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 170 | 1 | D → E: Lethal. Ref.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 173 | 1 | D → H: Lethal. Ref.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 311 | 1 | S → F: Slow growth. Ref.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 347 | 1 | R → E, G, I, S or T: Lethal and dominant negative if overexpressed. Ref.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 24 – 27 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 31 – 40 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 47 – 57 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 62 – 65 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 72 – 83 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 93 – 96 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 100 – 113 | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 114 – 116 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 121 – 124 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 141 – 145 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 147 – 155 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 166 – 170 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 172 – 177 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 181 – 190 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 196 – 203 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 206 – 215 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 220 – 222 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 235 – 243 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 244 – 246 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 247 – 257 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 263 – 269 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 270 – 282 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 287 – 290 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 296 – 307 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 312 – 317 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 318 – 320 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 321 – 323 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 330 – 336 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 341 – 346 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 359 – 365 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 366 – 368 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 369 – 378 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 391 – 394 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | X12813 Genomic DNA. Translation: CAA31301.1. X12814 Genomic DNA. Translation: CAA31302.1. X58099 Genomic DNA. Translation: CAA41110.1. X87371 Genomic DNA. Translation: CAA60817.1. Z49413 Genomic DNA. Translation: CAA89433.1. U25436 Genomic DNA. Translation: AAA91645.1. Z28284 Genomic DNA. Translation: CAA82138.1. BK006943 Genomic DNA. Translation: DAA08662.1. BK006944 Genomic DNA. Translation: DAA09210.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | FIBY1. S05835. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_012397.1. NM_001181571.1. NP_012985.1. NM_001179849.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | P10081. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMR | P10081. Positions 12-395. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-4571N. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P10081. 69 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MINT | MINT-546056. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | P10081. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2D gel databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SWISS-2DPAGE | P10081. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EnsemblFungi | YJL138C; YJL138C; YJL138C. YKR059W; YKR059W; YKR059W. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 853303. 853933. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | sce:YJL138C. sce:YKR059W. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SGD | S000001767. TIF1. S000003674. TIF2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | fuNOG04518. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneTree | EFGT00050000000529. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HBG737336. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | DIKVHAC. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG4PG98F. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | P10081. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | YJL138C. Saccharomyces cerevisiae. YKR059W. Saccharomyces cerevisiae. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR014001. DEAD-like_helicase. IPR011545. DNA/RNA_helicase_DEAD/DEAH_N. IPR001650. Helicase_C. IPR000629. RNA-helicase_DEAD-box_CS. IPR014014. RNA_helicase_DEAD_Q_motif. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KO | K03257. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00270. DEAD. 1 hit. PF00271. Helicase_C. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00487. DEXDc. 1 hit. SM00490. HELICc. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00039. DEAD_ATP_HELICASE. 1 hit. PS51192. HELICASE_ATP_BIND_1. 1 hit. PS51194. HELICASE_CTER. 1 hit. PS51195. Q_MOTIF. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 973627. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | IF4A_YEAST | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P10081 Secondary accession number(s): D6VW46 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Fungal Protein Annotation Program | ||||||||
Relevant documents
| Yeast Yeast (Saccharomyces cerevisiae): entries, gene names and cross-references to SGD |
| Yeast chromosome X Yeast (Saccharomyces cerevisiae) chromosome X: entries and gene names |
| Yeast chromosome XI Yeast (Saccharomyces cerevisiae) chromosome XI: entries and gene names |
| Translation initiation factors List of translation initiation factor entries |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

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