SubmitCancel

Skip Header

You are using a version of browser that may not display all the features of this website. Please consider upgrading your browser.

P0CK31

- RDRP_REOVD

UniProt

P0CK31 - RDRP_REOVD

(max 400 entries)x

Your basket is currently empty.

Select item(s) and click on "Add to basket" to create your own collection here
(400 entries max)

Protein
RNA-directed RNA polymerase lambda-3
Gene
L1
Organism
Reovirus type 3 (strain Dearing) (T3D) (Mammalian orthoreovirus 3)
Status
Reviewed - Annotation score: 3 out of 5 - Experimental evidence at protein leveli

Functioni

RNA-directed RNA polymerase that is involved in transcription and genome replication. Following infection, it catalyzes the synthesis of fully conservative plus strands. After core assembly, which consists in recruitment of one capped plus-strand for each genomic segments and polymerase complexes, the polymerase switches mode and catalyzes the synthesis of complementary minus-strands.

Catalytic activityi

Nucleoside triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1).

GO - Molecular functioni

  1. RNA binding Source: InterPro
  2. RNA-directed RNA polymerase activity Source: UniProtKB-KW
  3. hydrolase activity Source: UniProtKB-KW
  4. nucleotide binding Source: UniProtKB-KW
Complete GO annotation...

GO - Biological processi

  1. viral genome replication Source: InterPro
Complete GO annotation...

Keywords - Molecular functioni

Hydrolase, Nucleotidyltransferase, RNA-directed RNA polymerase, Transferase

Keywords - Biological processi

Viral RNA replication

Keywords - Ligandi

Nucleotide-binding

Names & Taxonomyi

Protein namesi
Recommended name:
RNA-directed RNA polymerase lambda-3 (EC:2.7.7.48)
Short name:
Lambda3
Alternative name(s):
Lambda3(Pol)
Gene namesi
Name:L1
OrganismiReovirus type 3 (strain Dearing) (T3D) (Mammalian orthoreovirus 3)
Taxonomic identifieri10886 [NCBI]
Taxonomic lineageiVirusesdsRNA virusesReoviridaeSpinareovirinaeOrthoreovirus
Virus hostiMammalia [TaxID: 40674]
ProteomesiUP000006373: Genome

Subcellular locationi

Virion Reviewed prediction
Note: Found in the inner capsid (12 copies).

GO - Cellular componenti

  1. viral nucleocapsid Source: InterPro
Complete GO annotation...

Keywords - Cellular componenti

Capsid protein, Virion

PTM / Processingi

Molecule processing

Feature keyPosition(s)LengthDescriptionGraphical viewFeature identifierActions
Chaini1 – 12671267RNA-directed RNA polymerase lambda-3
PRO_0000222743Add
BLAST

Structurei

Secondary structure

Legend: HelixTurnBeta strand
Show more details
Feature keyPosition(s)LengthDescriptionGraphical viewFeature identifierActions
Helixi4 – 1512
Turni16 – 183
Helixi24 – 3613
Helixi39 – 479
Helixi53 – 553
Helixi61 – 633
Helixi69 – 724
Beta strandi73 – 753
Beta strandi81 – 833
Turni89 – 924
Helixi100 – 1023
Beta strandi103 – 1053
Beta strandi112 – 1154
Helixi117 – 1248
Helixi128 – 14417
Beta strandi147 – 1493
Helixi151 – 16212
Turni170 – 1734
Helixi181 – 1833
Helixi185 – 19814
Beta strandi206 – 2094
Beta strandi214 – 2174
Helixi226 – 24217
Helixi247 – 26216
Helixi266 – 2738
Helixi276 – 2794
Helixi282 – 2843
Beta strandi291 – 2999
Helixi303 – 3053
Beta strandi307 – 3159
Helixi318 – 3203
Helixi328 – 33710
Helixi341 – 35212
Beta strandi356 – 3583
Helixi359 – 36911
Helixi381 – 3888
Helixi401 – 4033
Beta strandi404 – 4085
Beta strandi411 – 4144
Helixi422 – 43817
Helixi440 – 4434
Helixi445 – 4539
Beta strandi457 – 4593
Helixi463 – 4719
Turni472 – 4743
Beta strandi487 – 4893
Helixi490 – 4978
Helixi502 – 5054
Helixi506 – 5105
Beta strandi516 – 5216
Beta strandi523 – 5286
Helixi533 – 55220
Helixi563 – 5653
Helixi568 – 5758
Beta strandi580 – 5878
Helixi589 – 5924
Turni595 – 5973
Helixi598 – 60912
Helixi611 – 6144
Beta strandi625 – 6295
Beta strandi632 – 6343
Beta strandi637 – 6415
Helixi643 – 65715
Beta strandi659 – 6646
Beta strandi666 – 6683
Beta strandi672 – 6776
Beta strandi682 – 6865
Helixi687 – 70418
Helixi706 – 7094
Helixi714 – 7218
Turni725 – 7273
Beta strandi728 – 7325
Beta strandi735 – 7406
Helixi750 – 76516
Turni766 – 7683
Beta strandi770 – 7745
Beta strandi779 – 7813
Beta strandi784 – 7874
Beta strandi790 – 7923
Helixi795 – 7973
Beta strandi800 – 8023
Beta strandi807 – 8093
Helixi816 – 83015
Helixi835 – 84915
Beta strandi850 – 8567
Beta strandi859 – 8646
Helixi867 – 8726
Helixi895 – 91622
Beta strandi920 – 9256
Turni926 – 9283
Beta strandi929 – 9313
Helixi933 – 9397
Helixi942 – 9498
Helixi966 – 97813
Helixi982 – 99817
Helixi1009 – 10113
Helixi1012 – 102211
Helixi1028 – 104316
Helixi1051 – 10566
Beta strandi1059 – 10668
Helixi1086 – 109510
Helixi1102 – 11065
Helixi1107 – 11093
Helixi1121 – 113313
Helixi1138 – 11469
Turni1147 – 11493
Helixi1152 – 116413
Helixi1169 – 11735
Helixi1174 – 11763
Helixi1182 – 11843
Helixi1189 – 11957
Beta strandi1196 – 11983
Turni1207 – 12093
Helixi1213 – 12175
Helixi1218 – 123215
Beta strandi1233 – 12364
Beta strandi1238 – 12458
Helixi1248 – 126215

3D structure databases

Select the link destinations:
PDBe
RCSB PDB
PDBj
Links Updated
EntryMethodResolution (Å)ChainPositionsPDBsum
1MUKX-ray2.50A1-1267[»]
1MWHX-ray2.50A1-1267[»]
1N1HX-ray2.80A1-1267[»]
1N35X-ray2.50A1-1267[»]
1N38X-ray2.80A1-1267[»]
1UONelectron microscopy7.60A1-1267[»]
ProteinModelPortaliP0CK31.
SMRiP0CK31. Positions 2-1265.

Miscellaneous databases

EvolutionaryTraceiP0CK31.

Family & Domainsi

Domains and Repeats

Feature keyPosition(s)LengthDescriptionGraphical viewFeature identifierActions
Domaini555 – 792238RdRp catalytic
Add
BLAST

Sequence similaritiesi

Family and domain databases

InterProiIPR012915. RdRP_5.
IPR007097. RNA-dir_pol_reovirus.
[Graphical view]
PfamiPF07925. RdRP_5. 1 hit.
[Graphical view]
PROSITEiPS50523. RDRP_DSRNA_REO. 1 hit.
[Graphical view]

Sequencei

Sequence statusi: Complete.

P0CK31-1 [UniParc]FASTAAdd to Basket

« Hide

MSSMILTQFG PFIESISGIT DQSNDVFEDA AKAFSMFTRS DVYKALDEIP     50
FSDDAMLPIP PTIYTKPSHD SYYYIDALNR VRRKTYQGPD DVYVPNCSIV 100
ELLEPHETLT SYGRLSEAIE NRAKDGDSQA RIATTYGRIA ESQARQIKAP 150
LEKFVLALLV AEAGGSLYDP VLQKYDEIPD LSHNCPLWCF REICRHISGP 200
LPDRAPYLYL SAGVFWLMSP RMTSAIPPLL SDLVNLAILQ QTAGLDPSLV 250
KLGVQICLHA AASSSYSWFI LKTKSIFPQN TLHSMYESLE GGYCPNLEWL 300
EPRSDYKFMY MGVMPLSAKY ARSAPSNDKK ARELGEKYGL SSVVGELRKR 350
TKTYVKHDFA SVRYIRDAMA CTSGIFLVRT PTETVLQEYT QSPEIKVPIP 400
QKDWTGPIGE IRILKDTTSS IARYLYRTWY LAAARMAAQP RTWDPLFQAI 450
MRSQYVTARG GSGAALRESL YAINVSLPDF KGLPVKAATK IFQAAQLANL 500
PFSHTSVAIL ADTSMGLRNQ VQRRPRSIMP LNVPQQQVSA PHTLTADYIN 550
YHMNLSPTSG SAVIEKVIPL GVYASSPPNQ SINIDISACD ASITWDFFLS 600
VIMAAIHEGV ASSSIGKPFM GVPASIVNDE SVVGVRAARP ISGMQNMIQH 650
LSKLYKRGFS YRVNDSFSPG NDFTHMTTTF PSGSTATSTE HTANNSTMME 700
TFLTVWGPEH TDDPDVLRLM KSLTIQRNYV CQGDDGLMII DGTTAGKVNS 750
ETIQNDLELI SKYGEEFGWK YDIAYDGTAE YLKLYFIFGC RIPNLSRHPI 800
VGKERANSSA EEPWPAILDQ IMGVFFNGVH DGLQWQRWIR YSWALCCAFS 850
RQRTMIGESV GYLQYPMWSF VYWGLPLVKA FGSDPWIFSW YMPTGDLGMY 900
SWISLIRPLM TRWMVANGYV TDRCSTVFGN ADYRRCFNEL KLYQGYYMAQ 950
LPRNPKKSGR AASREVREQF TQALSDYLMQ NPELKSRVLR GRSEWEKYGA 1000
GIIHNPPSLF DVPHKWYQGA QEAAIATREE LAEMDETLMR ARRHSYSSFS 1050
KLLEAYLLVK WRMCEAREPS VDLRLPLCAG IDPLNSDPFL KMVSVGPMLQ 1100
STRKYFAQTL FMAKTVSGLD VNAIDSALLR LRTLGADKKA LTAQLLMVGL 1150
QESEADALAG KIMLQDVNTV QLARVVNLAV PDTWMSLDFD SMFKHHVKLL 1200
PKDGRHLNTD IPPRMGWLRA ILRFLGAGMV MTATGVAVDI YLEDIHGGGR 1250
SLGQRFMTWM RQEGRSA 1267
Length:1,267
Mass (Da):142,270
Last modified:December 14, 2011 - v1
Checksum:iFC9FD43CEF527148
GO

Sequence conflict

Feature keyPosition(s)LengthDescriptionGraphical viewFeature identifierActions
Sequence conflicti267 – 2671S → A in ABP48913. 1 Publication
Sequence conflicti465 – 4684ALRE → DSAN in AAA47255. 1 Publication
Sequence conflicti557 – 5571P → T in ABP48913. 1 Publication
Sequence conflicti755 – 7562ND → KM in ABP48913. 1 Publication
Sequence conflicti926 – 9261T → P in ABP48913. 1 Publication
Sequence conflicti963 – 9631S → P in ABP48913. 1 Publication
Sequence conflicti1048 – 10481S → N in ABP48913. 1 Publication

Sequence databases

Select the link destinations:
EMBL
GenBank
DDBJ
Links Updated
M31058 Genomic RNA. Translation: AAA47255.1.
EF494435 Genomic RNA. Translation: ABP48913.1.
PIRiC30121. MWXR33.

Cross-referencesi

Sequence databases

Select the link destinations:
EMBL
GenBank
DDBJ
Links Updated
M31058 Genomic RNA. Translation: AAA47255.1 .
EF494435 Genomic RNA. Translation: ABP48913.1 .
PIRi C30121. MWXR33.

3D structure databases

Select the link destinations:
PDBe
RCSB PDB
PDBj
Links Updated
Entry Method Resolution (Å) Chain Positions PDBsum
1MUK X-ray 2.50 A 1-1267 [» ]
1MWH X-ray 2.50 A 1-1267 [» ]
1N1H X-ray 2.80 A 1-1267 [» ]
1N35 X-ray 2.50 A 1-1267 [» ]
1N38 X-ray 2.80 A 1-1267 [» ]
1UON electron microscopy 7.60 A 1-1267 [» ]
ProteinModelPortali P0CK31.
SMRi P0CK31. Positions 2-1265.
ModBasei Search...

Protocols and materials databases

Structural Biology Knowledgebase Search...

Miscellaneous databases

EvolutionaryTracei P0CK31.

Family and domain databases

InterProi IPR012915. RdRP_5.
IPR007097. RNA-dir_pol_reovirus.
[Graphical view ]
Pfami PF07925. RdRP_5. 1 hit.
[Graphical view ]
PROSITEi PS50523. RDRP_DSRNA_REO. 1 hit.
[Graphical view ]
ProtoNeti Search...

Publicationsi

  1. "The sequences of the reovirus serotype 1, 2, and 3 L1 genome segments and analysis of the mode of divergence of the reovirus serotypes."
    Wiener J.R., Joklik W.K.
    Virology 169:194-203(1989) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract]
    Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC RNA].
  2. Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC RNA].
    Strain: Infectious clone.
  3. "RNA synthesis in a cage -- structural studies of reovirus polymerase lambda3."
    Tao Y., Farsetta D.L., Nibert M.L., Harrison S.C.
    Cell 111:733-745(2002) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract]
    Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (2.5 ANGSTROMS).

Entry informationi

Entry nameiRDRP_REOVD
AccessioniPrimary (citable) accession number: P0CK31
Secondary accession number(s): A4ZY20
, P17376, P17378, Q85665
Entry historyi
Integrated into UniProtKB/Swiss-Prot: December 14, 2011
Last sequence update: December 14, 2011
Last modified: July 9, 2014
This is version 11 of the entry and version 1 of the sequence. [Complete history]
Entry statusiReviewed (UniProtKB/Swiss-Prot)
Annotation programViral Protein Annotation Program

Miscellaneousi

Keywords - Technical termi

3D-structure, Complete proteome

Documents

  1. PDB cross-references
    Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references
  2. SIMILARITY comments
    Index of protein domains and families

External Data

Dasty 3

Similar proteinsi