Skip Header

You are using a version of browser that may not display all the features of this website. Please consider upgrading your browser.
Basket 0
(max 400 entries)x

Your basket is currently empty.

Select item(s) and click on "Add to basket" to create your own collection here
(400 entries max)

P0CK31

- RDRP_REOVD

UniProt

P0CK31 - RDRP_REOVD

Protein

RNA-directed RNA polymerase lambda-3

Gene

L1

Organism
Reovirus type 3 (strain Dearing) (T3D) (Mammalian orthoreovirus 3)
Status
Reviewed - Annotation score: 3 out of 5- Experimental evidence at protein leveli
    • BLAST
    • Align
    • Format
    • Add to basket
    • History
      Entry version 12 (01 Oct 2014)
      Sequence version 1 (14 Dec 2011)
      Previous versions | rss
    • Help video
    • Feedback
    • Comment

    Functioni

    RNA-directed RNA polymerase that is involved in transcription and genome replication. Following infection, it catalyzes the synthesis of fully conservative plus strands. After core assembly, which consists in recruitment of one capped plus-strand for each genomic segments and polymerase complexes, the polymerase switches mode and catalyzes the synthesis of complementary minus-strands.

    Catalytic activityi

    Nucleoside triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1).PROSITE-ProRule annotation

    GO - Molecular functioni

    1. hydrolase activity Source: UniProtKB-KW
    2. nucleotide binding Source: UniProtKB-KW
    3. RNA binding Source: InterPro
    4. RNA-directed RNA polymerase activity Source: UniProtKB-KW

    GO - Biological processi

    1. viral genome replication Source: InterPro

    Keywords - Molecular functioni

    Hydrolase, Nucleotidyltransferase, RNA-directed RNA polymerase, Transferase

    Keywords - Biological processi

    Viral RNA replication

    Keywords - Ligandi

    Nucleotide-binding

    Names & Taxonomyi

    Protein namesi
    Recommended name:
    RNA-directed RNA polymerase lambda-3 (EC:2.7.7.48)
    Short name:
    Lambda3
    Alternative name(s):
    Lambda3(Pol)
    Gene namesi
    Name:L1
    OrganismiReovirus type 3 (strain Dearing) (T3D) (Mammalian orthoreovirus 3)
    Taxonomic identifieri10886 [NCBI]
    Taxonomic lineageiVirusesdsRNA virusesReoviridaeSpinareovirinaeOrthoreovirus
    Virus hostiMammalia [TaxID: 40674]
    ProteomesiUP000006373: Genome

    Subcellular locationi

    Virion Curated
    Note: Found in the inner capsid (12 copies).

    GO - Cellular componenti

    1. viral nucleocapsid Source: InterPro

    Keywords - Cellular componenti

    Capsid protein, Virion

    PTM / Processingi

    Molecule processing

    Feature keyPosition(s)LengthDescriptionGraphical viewFeature identifierActions
    Chaini1 – 12671267RNA-directed RNA polymerase lambda-3PRO_0000222743Add
    BLAST

    Structurei

    Secondary structure

    1
    1267
    Legend: HelixTurnBeta strand
    Show more details
    Feature keyPosition(s)LengthDescriptionGraphical viewFeature identifierActions
    Helixi4 – 1512
    Turni16 – 183
    Helixi24 – 3613
    Helixi39 – 479
    Helixi53 – 553
    Helixi61 – 633
    Helixi69 – 724
    Beta strandi73 – 753
    Beta strandi81 – 833
    Turni89 – 924
    Helixi100 – 1023
    Beta strandi103 – 1053
    Beta strandi112 – 1154
    Helixi117 – 1248
    Helixi128 – 14417
    Beta strandi147 – 1493
    Helixi151 – 16212
    Turni170 – 1734
    Helixi181 – 1833
    Helixi185 – 19814
    Beta strandi206 – 2094
    Beta strandi214 – 2174
    Helixi226 – 24217
    Helixi247 – 26216
    Helixi266 – 2738
    Helixi276 – 2794
    Helixi282 – 2843
    Beta strandi291 – 2999
    Helixi303 – 3053
    Beta strandi307 – 3159
    Helixi318 – 3203
    Helixi328 – 33710
    Helixi341 – 35212
    Beta strandi356 – 3583
    Helixi359 – 36911
    Helixi381 – 3888
    Helixi401 – 4033
    Beta strandi404 – 4085
    Beta strandi411 – 4144
    Helixi422 – 43817
    Helixi440 – 4434
    Helixi445 – 4539
    Beta strandi457 – 4593
    Helixi463 – 4719
    Turni472 – 4743
    Beta strandi487 – 4893
    Helixi490 – 4978
    Helixi502 – 5054
    Helixi506 – 5105
    Beta strandi516 – 5216
    Beta strandi523 – 5286
    Helixi533 – 55220
    Helixi563 – 5653
    Helixi568 – 5758
    Beta strandi580 – 5878
    Helixi589 – 5924
    Turni595 – 5973
    Helixi598 – 60912
    Helixi611 – 6144
    Beta strandi625 – 6295
    Beta strandi632 – 6343
    Beta strandi637 – 6415
    Helixi643 – 65715
    Beta strandi659 – 6646
    Beta strandi666 – 6683
    Beta strandi672 – 6776
    Beta strandi682 – 6865
    Helixi687 – 70418
    Helixi706 – 7094
    Helixi714 – 7218
    Turni725 – 7273
    Beta strandi728 – 7325
    Beta strandi735 – 7406
    Helixi750 – 76516
    Turni766 – 7683
    Beta strandi770 – 7745
    Beta strandi779 – 7813
    Beta strandi784 – 7874
    Beta strandi790 – 7923
    Helixi795 – 7973
    Beta strandi800 – 8023
    Beta strandi807 – 8093
    Helixi816 – 83015
    Helixi835 – 84915
    Beta strandi850 – 8567
    Beta strandi859 – 8646
    Helixi867 – 8726
    Helixi895 – 91622
    Beta strandi920 – 9256
    Turni926 – 9283
    Beta strandi929 – 9313
    Helixi933 – 9397
    Helixi942 – 9498
    Helixi966 – 97813
    Helixi982 – 99817
    Helixi1009 – 10113
    Helixi1012 – 102211
    Helixi1028 – 104316
    Helixi1051 – 10566
    Beta strandi1059 – 10668
    Helixi1086 – 109510
    Helixi1102 – 11065
    Helixi1107 – 11093
    Helixi1121 – 113313
    Helixi1138 – 11469
    Turni1147 – 11493
    Helixi1152 – 116413
    Helixi1169 – 11735
    Helixi1174 – 11763
    Helixi1182 – 11843
    Helixi1189 – 11957
    Beta strandi1196 – 11983
    Turni1207 – 12093
    Helixi1213 – 12175
    Helixi1218 – 123215
    Beta strandi1233 – 12364
    Beta strandi1238 – 12458
    Helixi1248 – 126215

    3D structure databases

    Select the link destinations:
    PDBe
    RCSB PDB
    PDBj
    Links Updated
    EntryMethodResolution (Å)ChainPositionsPDBsum
    1MUKX-ray2.50A1-1267[»]
    1MWHX-ray2.50A1-1267[»]
    1N1HX-ray2.80A1-1267[»]
    1N35X-ray2.50A1-1267[»]
    1N38X-ray2.80A1-1267[»]
    1UONelectron microscopy7.60A1-1267[»]
    ProteinModelPortaliP0CK31.
    SMRiP0CK31. Positions 2-1265.
    ModBaseiSearch...
    MobiDBiSearch...

    Miscellaneous databases

    EvolutionaryTraceiP0CK31.

    Family & Domainsi

    Domains and Repeats

    Feature keyPosition(s)LengthDescriptionGraphical viewFeature identifierActions
    Domaini555 – 792238RdRp catalyticPROSITE-ProRule annotationAdd
    BLAST

    Sequence similaritiesi

    Contains 1 RdRp catalytic domain.PROSITE-ProRule annotation

    Family and domain databases

    InterProiIPR012915. RdRP_5.
    IPR007097. RNA-dir_pol_reovirus.
    [Graphical view]
    PfamiPF07925. RdRP_5. 1 hit.
    [Graphical view]
    PROSITEiPS50523. RDRP_DSRNA_REO. 1 hit.
    [Graphical view]

    Sequencei

    Sequence statusi: Complete.

    P0CK31-1 [UniParc]FASTAAdd to Basket

    « Hide

    MSSMILTQFG PFIESISGIT DQSNDVFEDA AKAFSMFTRS DVYKALDEIP     50
    FSDDAMLPIP PTIYTKPSHD SYYYIDALNR VRRKTYQGPD DVYVPNCSIV 100
    ELLEPHETLT SYGRLSEAIE NRAKDGDSQA RIATTYGRIA ESQARQIKAP 150
    LEKFVLALLV AEAGGSLYDP VLQKYDEIPD LSHNCPLWCF REICRHISGP 200
    LPDRAPYLYL SAGVFWLMSP RMTSAIPPLL SDLVNLAILQ QTAGLDPSLV 250
    KLGVQICLHA AASSSYSWFI LKTKSIFPQN TLHSMYESLE GGYCPNLEWL 300
    EPRSDYKFMY MGVMPLSAKY ARSAPSNDKK ARELGEKYGL SSVVGELRKR 350
    TKTYVKHDFA SVRYIRDAMA CTSGIFLVRT PTETVLQEYT QSPEIKVPIP 400
    QKDWTGPIGE IRILKDTTSS IARYLYRTWY LAAARMAAQP RTWDPLFQAI 450
    MRSQYVTARG GSGAALRESL YAINVSLPDF KGLPVKAATK IFQAAQLANL 500
    PFSHTSVAIL ADTSMGLRNQ VQRRPRSIMP LNVPQQQVSA PHTLTADYIN 550
    YHMNLSPTSG SAVIEKVIPL GVYASSPPNQ SINIDISACD ASITWDFFLS 600
    VIMAAIHEGV ASSSIGKPFM GVPASIVNDE SVVGVRAARP ISGMQNMIQH 650
    LSKLYKRGFS YRVNDSFSPG NDFTHMTTTF PSGSTATSTE HTANNSTMME 700
    TFLTVWGPEH TDDPDVLRLM KSLTIQRNYV CQGDDGLMII DGTTAGKVNS 750
    ETIQNDLELI SKYGEEFGWK YDIAYDGTAE YLKLYFIFGC RIPNLSRHPI 800
    VGKERANSSA EEPWPAILDQ IMGVFFNGVH DGLQWQRWIR YSWALCCAFS 850
    RQRTMIGESV GYLQYPMWSF VYWGLPLVKA FGSDPWIFSW YMPTGDLGMY 900
    SWISLIRPLM TRWMVANGYV TDRCSTVFGN ADYRRCFNEL KLYQGYYMAQ 950
    LPRNPKKSGR AASREVREQF TQALSDYLMQ NPELKSRVLR GRSEWEKYGA 1000
    GIIHNPPSLF DVPHKWYQGA QEAAIATREE LAEMDETLMR ARRHSYSSFS 1050
    KLLEAYLLVK WRMCEAREPS VDLRLPLCAG IDPLNSDPFL KMVSVGPMLQ 1100
    STRKYFAQTL FMAKTVSGLD VNAIDSALLR LRTLGADKKA LTAQLLMVGL 1150
    QESEADALAG KIMLQDVNTV QLARVVNLAV PDTWMSLDFD SMFKHHVKLL 1200
    PKDGRHLNTD IPPRMGWLRA ILRFLGAGMV MTATGVAVDI YLEDIHGGGR 1250
    SLGQRFMTWM RQEGRSA 1267
    Length:1,267
    Mass (Da):142,270
    Last modified:December 14, 2011 - v1
    Checksum:iFC9FD43CEF527148
    GO

    Experimental Info

    Feature keyPosition(s)LengthDescriptionGraphical viewFeature identifierActions
    Sequence conflicti267 – 2671S → A in ABP48913. (PubMed:18005692)Curated
    Sequence conflicti465 – 4684ALRE → DSAN in AAA47255. (PubMed:2922925)Curated
    Sequence conflicti557 – 5571P → T in ABP48913. (PubMed:18005692)Curated
    Sequence conflicti755 – 7562ND → KM in ABP48913. (PubMed:18005692)Curated
    Sequence conflicti926 – 9261T → P in ABP48913. (PubMed:18005692)Curated
    Sequence conflicti963 – 9631S → P in ABP48913. (PubMed:18005692)Curated
    Sequence conflicti1048 – 10481S → N in ABP48913. (PubMed:18005692)Curated

    Sequence databases

    Select the link destinations:
    EMBL
    GenBank
    DDBJ
    Links Updated
    M31058 Genomic RNA. Translation: AAA47255.1.
    EF494435 Genomic RNA. Translation: ABP48913.1.
    PIRiC30121. MWXR33.

    Cross-referencesi

    Sequence databases

    Select the link destinations:
    EMBL
    GenBank
    DDBJ
    Links Updated
    M31058 Genomic RNA. Translation: AAA47255.1 .
    EF494435 Genomic RNA. Translation: ABP48913.1 .
    PIRi C30121. MWXR33.

    3D structure databases

    Select the link destinations:
    PDBe
    RCSB PDB
    PDBj
    Links Updated
    Entry Method Resolution (Å) Chain Positions PDBsum
    1MUK X-ray 2.50 A 1-1267 [» ]
    1MWH X-ray 2.50 A 1-1267 [» ]
    1N1H X-ray 2.80 A 1-1267 [» ]
    1N35 X-ray 2.50 A 1-1267 [» ]
    1N38 X-ray 2.80 A 1-1267 [» ]
    1UON electron microscopy 7.60 A 1-1267 [» ]
    ProteinModelPortali P0CK31.
    SMRi P0CK31. Positions 2-1265.
    ModBasei Search...
    MobiDBi Search...

    Protocols and materials databases

    Structural Biology Knowledgebase Search...

    Miscellaneous databases

    EvolutionaryTracei P0CK31.

    Family and domain databases

    InterProi IPR012915. RdRP_5.
    IPR007097. RNA-dir_pol_reovirus.
    [Graphical view ]
    Pfami PF07925. RdRP_5. 1 hit.
    [Graphical view ]
    PROSITEi PS50523. RDRP_DSRNA_REO. 1 hit.
    [Graphical view ]
    ProtoNeti Search...

    Publicationsi

    1. "The sequences of the reovirus serotype 1, 2, and 3 L1 genome segments and analysis of the mode of divergence of the reovirus serotypes."
      Wiener J.R., Joklik W.K.
      Virology 169:194-203(1989) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract]
      Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC RNA].
    2. Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC RNA].
      Strain: Infectious clone.
    3. "RNA synthesis in a cage -- structural studies of reovirus polymerase lambda3."
      Tao Y., Farsetta D.L., Nibert M.L., Harrison S.C.
      Cell 111:733-745(2002) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract]
      Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (2.5 ANGSTROMS).

    Entry informationi

    Entry nameiRDRP_REOVD
    AccessioniPrimary (citable) accession number: P0CK31
    Secondary accession number(s): A4ZY20
    , P17376, P17378, Q85665
    Entry historyi
    Integrated into UniProtKB/Swiss-Prot: December 14, 2011
    Last sequence update: December 14, 2011
    Last modified: October 1, 2014
    This is version 12 of the entry and version 1 of the sequence. [Complete history]
    Entry statusiReviewed (UniProtKB/Swiss-Prot)
    Annotation programViral Protein Annotation Program

    Miscellaneousi

    Keywords - Technical termi

    3D-structure, Complete proteome

    Documents

    1. PDB cross-references
      Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references
    2. SIMILARITY comments
      Index of protein domains and families

    External Data

    Dasty 3