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UniProtKB/Swiss-Prot P0A988 (DPO3B_ECOLI)
Last modified
June 16, 2009.
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Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: DNA polymerase III subunit beta EC=2.7.7.7 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Escherichia coli (strain K12) [Complete proteome] [HAMAP] | ||||
| Taxonomic identifier | 83333 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Bacteria › Proteobacteria › Gammaproteobacteria › Enterobacteriales › Enterobacteriaceae › Escherichia |
Protein attributes
| Sequence length | 366 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is not processed. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | DNA polymerase III is a complex, multichain enzyme responsible for most of the replicative synthesis in bacteria. This DNA polymerase also exhibits 3' to 5' exonuclease activity. The beta chain is required for initiation of replication once it is clamped onto DNA, it slides freely (bidirectional and ATP-independent) along duplex DNA. |
| Catalytic activity | Deoxynucleoside triphosphate + DNA(n) = diphosphate + DNA(n+1). |
| Subunit structure | The DNA polymerase holoenzyme is a complex that contains 10 different types of subunits. These subunits are organized into 3 functionally essential subassemblies: the pol III core, the beta sliding clamp processivity factor and the clamp-loading complex. The pol III core (subunits alpha,epsilon and theta) contains the polymerase and the 3'-5' exonuclease proofreading activities. The polymerase is tethered to the template via the sliding clamp processivity factor. The clamp-loading complex assembles the beta processivity factor onto the primer template and plays a central role in the organization and communication at the replication fork. This complex contains delta, delta', psi and chi, and copies of either or both of two different dnaX proteins, gamma and tau. The composition of the holoenzyme is, therefore: (alpha,epsilon,theta)[2]-(gamma/tau)[3]-delta,delta', psi,chi-beta[4]. The beta chain is a homodimer when not associated with the other components. |
| Subcellular location |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | DNA replication |
| Cellular component | Cytoplasm |
| Molecular function | DNA-directed DNA polymerase Nucleotidyltransferase Transferase |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | DNA replication Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Cellular component | cytosol Inferred from direct assay. Source: UniProtKB |
| Molecular function | 3'-5' exonuclease activity Inferred from electronic annotation. Source: InterPro DNA bindingInferred from electronic annotation. Source: InterPro DNA-directed DNA polymerase activityInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW protein bindingInferred from physical interaction. Source: IntAct |
| Complete GO annotation... | |
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| groL | P0A6F5 | 1 | EBI-542385,EBI-543750 | |
| hda | P69931 | 1 | EBI-542385,EBI-545453 | |
| holA | P28630 | 1 | EBI-542385,EBI-549153 | |
| rpe | P0AG07 | 1 | EBI-542385,EBI-546020 | |
| yajQ | P0A8E7 | 1 | EBI-542385,EBI-370752 | |
| ybbN | P77395 | 1 | EBI-542385,EBI-545297 | |
| yhbH | P0AFX0 | 1 | EBI-542385,EBI-561113 | |
| zwf | P0AC53 | 1 | EBI-542385,EBI-555656 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 366 | 366 | DNA polymerase III subunit beta | PRO_0000105434 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 1 – 125 | 125 | I | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 126 – 253 | 128 | II | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 254 – 366 | 113 | III | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 2 – 6 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 7 – 17 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 18 – 20 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 28 – 31 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 32 – 38 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 41 – 47 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 49 – 58 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 66 – 71 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 72 – 81 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 87 – 93 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 96 – 101 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 104 – 109 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 113 – 115 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 126 – 131 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 132 – 140 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 143 – 145 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 153 – 155 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 156 – 172 | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 177 – 196 | 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 197 – 206 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 209 – 211 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 213 – 218 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 220 – 227 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 230 – 235 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 244 – 246 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 254 – 259 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 260 – 271 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 276 – 278 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 280 – 286 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 289 – 295 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 301 – 307 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 315 – 320 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 321 – 331 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 333 – 340 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 347 – 351 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 354 – 361 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| J01602 Genomic DNA. Translation: AAB59150.1. L10328 Genomic DNA. Translation: AAA62052.1. U00096 Genomic DNA. Translation: AAC76724.1. AP009048 Genomic DNA. Translation: BAE77593.1. M19876 Genomic DNA. Translation: AAA23695.1. M13822 Genomic DNA. Translation: AAA24512.1. K02179 Genomic DNA. Translation: AAA24510.1. X04341 Genomic DNA. Translation: CAA27869.1. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | DJEC3B. A91510. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | AP_004092.1. NP_418156.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P0A988. 28 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2-D gel databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ECO2DBASE | A036.1. 6TH EDITION. B036.1. 6TH EDITION. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 948218. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenomeReviews | Gene locus JW3678 in contig AP009048_GR. Gene locus b3701 in contig U00096_GR. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | ecj:JW3678. eco:b3701. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EchoBASE | EB0238. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EcoGene | EG10242. dnaN. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CMR | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | P0A988. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | P0A988. IGFNARY. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BioCyc | EcoCyc:EG10242-MON. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR001001. DNA_polIII_beta. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:3.10.150.10. DNA_polIII_beta. 3 hits. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00712. DNA_pol3_beta. 1 hit. PF02767. DNA_pol3_beta_2. 1 hit. PF02768. DNA_pol3_beta_3. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00480. POL3Bc. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR00663. dnan. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | DPO3B_ECOLI | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P0A988 Secondary accession number(s): P00583, Q2M813 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HAMAP (High-quality Automated and Manual Annotation of microbial Proteomes) | ||||||||
Relevant documents
| Escherichia coli Escherichia coli (strain K12): entries and cross-references to EcoGene |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |

Clusters with


