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UniProtKB/Swiss-Prot P0A7U3 (RS19_ECOLI)
Last modified
June 16, 2009.
Version 50.
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90%,
50% identity |
Documents (4) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: 30S ribosomal protein S19 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Escherichia coli (strain K12) [Complete proteome] [HAMAP] | ||||
| Taxonomic identifier | 83333 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Bacteria › Proteobacteria › Gammaproteobacteria › Enterobacteriales › Enterobacteriaceae › Escherichia |
Protein attributes
| Sequence length | 92 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | In the E.coli 70S ribosome in the initiation state (Ref.10) it has been modeled to contact the 23S rRNA of the 50S subunit forming part of bridge B1a; this bridge is broken in the model with bound EF-G. The 23S rRNA contact site in bridge B1a is modeled to differ in different ribosomal states (Ref.11), contacting alternately S13 or S19. In the 3.5 angstroms resolved ribosome structures (Ref.12) the contacts between L5, S13 and S19 bridge B1b are different, confirming the dynamic nature of this interaction. Bridge B1a is not visible in the crystallized ribosomes due to 23S rRNA disorder. HAMAP MF_00531 Protein S19 forms a complex with S13 that binds strongly to the 16S ribosomal RNA. Contacts the A site tRNA. HAMAP MF_00531 |
| Subunit structure | Part of the 30S ribosomal subunit. Binds S13 and L5 and cross-links to the A site tRNA. Ref.10 Ref.12 |
| Sequence similarities | Belongs to the ribosomal protein S19P family. |
| Mass spectrometry | Molecular mass is 10299.6 Da from positions 2 - 92. Determined by MALDI. Ref.8 |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Ligand | RNA-binding rRNA-binding tRNA-binding |
| Molecular function | Ribonucleoprotein Ribosomal protein |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Direct protein sequencing |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | translation Inferred from electronic annotation. Source: HAMAP |
| Cellular component | small ribosomal subunit Inferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Molecular function | rRNA binding Inferred from electronic annotation. Source: HAMAP structural constituent of ribosomeInferred from electronic annotation. Source: InterPro tRNA bindingInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Initiator methionine | 1 | 1 | Removed Ref.4 | |||||||||||||||||
| Chain | 2 – 92 | 91 | 30S ribosomal protein S19 HAMAP MF_00531 | PRO_0000129819 | ||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||
| Natural variant | 83 | 1 | H → Y in MW145; suppresses a rimM deletion. HAMAP MF_00531 | |||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 37 – 43 | 7 | RSTIFPN → STIFPDR AA sequence Ref.4 | |||||||||||||||||
| Sequence conflict | 86 | 1 | D → N AA sequence Ref.4 | |||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||
| Helix | 13 – 24 | 12 | ||||||||||||||||||
| Beta strand | 37 – 39 | 3 | ||||||||||||||||||
| Turn | 43 – 46 | 4 | ||||||||||||||||||
| Beta strand | 54 – 56 | 3 | ||||||||||||||||||
| Beta strand | 67 – 70 | 4 | ||||||||||||||||||
| Helix | 71 – 74 | 4 | ||||||||||||||||||
Sequences
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| X02613 Genomic DNA. Translation: CAA26464.1. U18997 Genomic DNA. Translation: AAA58113.1. U00096 Genomic DNA. Translation: AAC76341.1. AP009048 Genomic DNA. Translation: BAE77975.1. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | R3EC19. F23129. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | AP_004474.1. NP_417775.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 947811. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenomeReviews | Gene locus JW3278 in contig AP009048_GR. Gene locus b3316 in contig U00096_GR. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | ecj:JW3278. eco:b3316. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EchoBASE | EB0911. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EcoGene | EG10918. rpsS. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CMR | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | P0A7U3. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | P0A7U3. SGRNEVI. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BioCyc | EcoCyc:EG10918-MON. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HAMAP | MF_00531. [Tree] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR002222. Ribosomal_S19. IPR005732. Ribosomal_S19_bac-type. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PANTHER | PTHR11880. Ribosomal_S19. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00203. Ribosomal_S19. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIRSF | PIRSF002144. Ribosomal_S19. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRINTS | PR00975. RIBOSOMALS19. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProDom | PD001012. Ribosomal_S19. 1 hit. [Graphical view] [Entries sharing at least one domain] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR01050. rpsS_bact. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00323. RIBOSOMAL_S19. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | RS19_ECOLI | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P0A7U3 Secondary accession number(s): P02375, Q2M6Y1 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HAMAP (High-quality Automated and Manual Annotation of microbial Proteomes) | ||||||||
Relevant documents
| Escherichia coli Escherichia coli (strain K12): entries and cross-references to EcoGene |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| Ribosomal proteins Ribosomal proteins families and list of entries |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with


