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UniProtKB/Swiss-Prot P09619 (PGFRB_HUMAN)
Last modified
June 16, 2009.
Version 124.
History...
Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (8) |
Third-party data |
Customize display | text xml rdf/xml gff fasta |
Names and origin
| Protein names | Recommended name: Beta-type platelet-derived growth factor receptor EC=2.7.10.1 Alternative name(s): PDGF-R-beta CD140 antigen-like family member B CD_antigen=CD140b | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 1106 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Receptor that binds specifically to PDGFB and PDGFD and has a tyrosine-protein kinase activity. Phosphorylates Tyr residues at the C-terminus of PTPN11 creating a binding site for the SH2 domain of GRB2. Ref.12 |
| Catalytic activity | ATP + a [protein]-L-tyrosine = ADP + a [protein]-L-tyrosine phosphate. |
| Subunit structure | Homodimer, and heterodimer with PDGFRA. Interacts with APS. The autophosphorylated form interacts directly with SHB and with PIK3C2B, maybe indirectly. Ref.8 Ref.10 Ref.11 |
| Subcellular location | |
| Involvement in disease | A chromosomal aberration involving PDGFRB is found in a form of chronic myelomonocytic leukemia (CMML). Translocation t(5;12)(q33;p13) with EVT6/TEL. It is characterized by abnormal clonal myeloid proliferation and by progression to acute myelogenous leukemia (AML). A chromosomal aberration involving PDGFRB may be a cause of acute myelogenous leukemia. Translocation t(5;14)(q33;q32) with TRIP11. The fusion protein may be involved in clonal evolution of leukemia and eosinophilia. A chromosomal aberration involving PDGFRB may be a cause of juvenile myelomonocytic leukemia. Translocation t(5;17)(q33;p11.2) with SPECC1. A chromosomal aberration involving PDGFRB is a cause in many instances of chronic myeloproliferative disorder with eosinophilia (MPE) [MIM:131440]. Translocation t(5;12) with ETV6 on chromosome 12 creating an PDGFRB-ETV6 fusion protein. A chromosomal aberration involving PDGFRB may be the cause of a myeloproliferative disorder (MBD) associated with eosinophilia. Translocation t(1;5)(q23;q33) that forms a PDE4DIP-PDGFRB fusion protein. |
| Sequence similarities | Belongs to the protein kinase superfamily. Tyr protein kinase family. CSF-1/PDGF receptor subfamily. Contains 5 Ig-like C2-type (immunoglobulin-like) domains. Contains 1 protein kinase domain. |
Ontologies
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| PDGFB | P01127 | 1 | EBI-641237,EBI-1554925 | |
| PIK3C2B | O00750 | 1 | EBI-641237,EBI-641107 | |
| PTPN1 | P18031 | 1 | EBI-641237,EBI-968788 | |
| PTPN12 | Q05209 | 1 | EBI-641237,EBI-2266035 | |
| PTPN22 | Q9Y2R2 | 1 | EBI-641237,EBI-1211241 | |
| PTPN6 | P29350 | 1 | EBI-641237,EBI-78260 | |
| PTPRB | P23467 | 1 | EBI-641237,EBI-1265766 | |
| PTPRC | P08575 | 1 | EBI-641237,EBI-1341 | |
| PTPRE | P23469 | 1 | EBI-641237,EBI-2258070 | |
| PTPRG | P23470 | 1 | EBI-641237,EBI-2258115 | |
| PTPRJ | Q12913 | 1 | EBI-641237,EBI-2264500 | |
| PTPRK | Q15262 | 1 | EBI-641237,EBI-474052 | |
| PTPRO | Q16827 | 1 | EBI-641237,EBI-723739 | |
| PTPRR | Q15256 | 1 | EBI-641237,EBI-2265659 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Signal peptide | 1 – 32 | 32 | Ref.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 33 – 1106 | 1074 | Beta-type platelet-derived growth factor receptor | PRO_0000016757 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 33 – 531 | 499 | Extracellular Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 532 – 556 | 25 | Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 557 – 1106 | 550 | Cytoplasmic Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 33 – 120 | 88 | Ig-like C2-type 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 129 – 210 | 82 | Ig-like C2-type 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 214 – 309 | 96 | Ig-like C2-type 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 331 – 403 | 73 | Ig-like C2-type 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 416 – 524 | 109 | Ig-like C2-type 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 600 – 962 | 363 | Protein kinase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 606 – 614 | 9 | ATP By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 826 | 1 | Proton acceptor By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 634 | 1 | ATP By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Site | 527 – 528 | 2 | Breakpoint for insertion to form PDE4DIP-PDGFRB fusion protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Site | 527 – 528 | 2 | Breakpoint for translocation to form TRIP11-PDGFRB | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 751 | 1 | Phosphotyrosine; by autocatalysis Ref.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 857 | 1 | Phosphotyrosine; by autocatalysis Ref.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 45 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 89 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 103 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 215 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 230 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 292 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 307 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 354 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 371 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 468 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 479 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 54 ↔ 100 | Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 149 ↔ 190 | Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 235 ↔ 291 | Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 436 ↔ 508 | Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 29 | 1 | I → F: dbSNP rs17110944. Ref.18 | VAR_034377 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 180 | 1 | S → F: dbSNP rs17853027. Ref.3 | VAR_035125 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 282 | 1 | E → K: dbSNP rs34586048. Ref.18 | VAR_042027 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 345 | 1 | P → S: dbSNP rs2229558. | VAR_049717 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 485 | 1 | E → K Ref.18 | VAR_042028 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 589 | 1 | Y → H in a gastric adenocarcinoma sample; somatic mutation. Ref.18 | VAR_042029 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 718 | 1 | N → Y Ref.18 | VAR_042030 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 882 | 1 | T → I in a breast infiltrating ductal carcinoma sample; somatic mutation. Ref.18 | VAR_042031 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 241 | 1 | E → D in AAA36427. Ref.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 601 – 603 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 606 – 613 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 615 – 617 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 620 – 624 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 628 – 631 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 632 – 634 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 641 – 649 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 671 – 673 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 675 – 678 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 681 – 685 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 686 – 695 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 700 – 702 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 713 – 716 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 726 – 735 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 740 – 746 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 747 – 749 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 750 – 757 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 761 – 766 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 775 – 779 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 781 – 783 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 785 – 788 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 800 – 820 | 21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 829 – 831 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 832 – 834 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 836 – 838 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 840 – 842 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 847 – 850 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 855 – 858 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 862 – 865 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 867 – 869 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 872 – 877 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 882 – 897 | 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 898 – 900 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 903 – 907 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 910 – 919 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 931 – 940 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 945 – 947 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 951 – 959 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| J03278 mRNA. Translation: AAA60049.1. M21616 mRNA. Translation: AAA36427.1. BC032224 mRNA. Translation: AAH32224.1. U33172 Genomic DNA. Translation: AAC51675.1. | |||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00015902. | ||||||||||||||||||||||||
| PIR | PFHUGB. A28206. | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_002600.1. | ||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.509067 | ||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP:558N. | ||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P09619. 15 interactions. | ||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P09619. | ||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | P09619. | ||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENSG00000113721. Homo sapiens. [Contig view] | ||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 5159. | ||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:5159. | ||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC05M149473. | ||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0024847. | ||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:8804. PDGFRB. | ||||||||||||||||||||||||
| HPA | CAB003842. CAB018144. | ||||||||||||||||||||||||
| MIM | 131440. phenotype. 173410. gene. | ||||||||||||||||||||||||
| Orphanet | 86832. Adult myelodysplastic/myeloproliferative disease. 98274. Chronic myeloproliferative disease. 86830. Chronic myeloproliferative disease, unclassified. 3260. Idiopathic hypereosinophilic syndrome. 98823. Leukemia, myelomonocytic, chronic. | ||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA33148. | ||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | P09619. | ||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | P09619. | ||||||||||||||||||||||||
| OMA | P09619. GACTKGG. | ||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||
| BRENDA | 2.7.10.1. 247. | ||||||||||||||||||||||||
| Pathway_Interaction_DB | pdgfrbpathway. PDGFR-beta signaling pathway. s1p_s1p1_pathway. S1P1 pathway. s1p_s1p3_pathway. S1P3 pathway. ptp1bpathway. Signaling events mediated by PTP1B. | ||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P09619. | ||||||||||||||||||||||||
| Bgee | P09619. | ||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_PDGFRB. | ||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000113721. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR013151. Ig. IPR007110. Ig-like. IPR013783. Ig-like_fold. IPR003599. Ig_sub. IPR003598. Ig_sub2. IPR000719. Prot_kinase_core. IPR017441. Protein_kinase_ATP_BS. IPR001824. Recept_tyr_kinase-III_CS. IPR001245. Tyr_pkinase. IPR008266. Tyr_pkinase_AS. IPR016243. TyrPK_CSF1-R. IPR009134. VEGFR_N. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:2.60.40.10. Ig-like_fold. 3 hits. | ||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00047. ig. 2 hits. PF07714. Pkinase_Tyr. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| PIRSF | PIRSF000615. TyrPK_CSF1-R. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||
| PRINTS | PR01832. VEGFRECEPTOR. | ||||||||||||||||||||||||
| ProDom | PD000001. Prot_kinase. 2 hits. [Graphical view] [Entries sharing at least one domain] | ||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00409. IG. 2 hits. SM00408. IGc2. 1 hit. SM00219. TyrKc. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
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| DrugBank | DB00102. Becaplermin. DB01254. Dasatinib. DB00619. Imatinib. DB00398. Sorafenib. DB01268. Sunitinib. | ||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 19958. | ||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | PGFRB_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P09619 Secondary accession number(s): Q8N5L4 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
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