P08164 (NADE_BACSU) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 1, 2013.
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| Protein names | Recommended name: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase EC=6.3.1.5 Alternative name(s): General stress protein 38 Short name=GSP38 Spore outgrowth factor B Sporulation protein OutB | ||||||
| Gene names |
| ||||||
| Organism | Bacillus subtilis (strain 168) [Reference proteome] [HAMAP] | ||||||
| Taxonomic identifier | 224308 [NCBI] | ||||||
| Taxonomic lineage | Bacteria › Firmicutes › Bacilli › Bacillales › Bacillaceae › Bacillus › ![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 272 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Catalyzes a key step in NAD biosynthesis, transforming deamido-NAD into NAD by a two-step reaction. HAMAP-Rule MF_00193 |
| Catalytic activity | ATP + deamido-NAD+ + NH3 = AMP + diphosphate + NAD+. HAMAP-Rule MF_00193 |
| Pathway | Cofactor biosynthesis; NAD(+) biosynthesis; NAD(+) from deamido-NAD(+) (ammonia route): step 1/1. HAMAP-Rule MF_00193 |
| Subunit structure | Homodimer. |
| Induction | By heat shock, salt stress, oxidative stress, glucose limitation and oxygen limitation. HAMAP-Rule MF_00193 |
| Post-translational modification | Phosphorylated. Ref.5 |
| Sequence similarities | Belongs to the NAD synthetase family. |
| Biophysicochemical properties | pH dependence: Optimum pH is 8.5. HAMAP-Rule MF_00193 |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Sporulation Stress response |
| Ligand | ATP-binding NAD Nucleotide-binding |
| Molecular function | Ligase |
| PTM | Phosphoprotein |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Direct protein sequencing Reference proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological_process | NAD biosynthetic process Inferred from electronic annotation. Source: HAMAP response to stressInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW sporulation resulting in formation of a cellular sporeInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Molecular_function | ATP binding Inferred from electronic annotation. Source: HAMAP NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activityInferred from electronic annotation. Source: InterPro NAD+ synthase activityInferred from electronic annotation. Source: HAMAP |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Initiator methionine | 1 | 1 | Removed Ref.4 Ref.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 2 – 272 | 271 | NH(3)-dependent NAD(+) synthetase HAMAP-Rule MF_00193 | PRO_0000152159 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 45 – 52 | 8 | ATP HAMAP-Rule MF_00193 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 168 – 178 | 11 | NAD HAMAP-Rule MF_00193 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 33 | 1 | NAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 79 | 1 | ATP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 85 | 1 | ATP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 138 | 1 | NAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 158 | 1 | ATP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 209 | 1 | ATP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 224 | 1 | NAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 259 | 1 | NAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 3 – 11 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 19 – 37 | 19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 41 – 45 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 50 – 68 | 19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 74 – 79 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 82 – 84 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 88 – 98 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 101 – 105 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 109 – 123 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 129 – 151 | 23 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 154 – 156 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 161 – 164 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 165 – 167 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 171 – 175 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 181 – 184 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 187 – 196 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 202 – 205 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 214 – 216 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 221 – 225 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 229 – 236 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 243 – 255 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 257 – 260 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 261 – 264 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | M15811 Genomic DNA. Translation: AAA22635.1. D50453 Genomic DNA. Translation: BAA08947.1. AL009126 Genomic DNA. Translation: CAB12107.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | A26936. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_388195.1. NC_000964.3. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | P08164. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMR | P08164. Positions 2-272. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | 224308.BSU03130. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PaxDb | P08164. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EnsemblBacteria | CAB12107; CAB12107; BSU03130. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 938339. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | bsu:BSU03130. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PATRIC | 18972185. VBIBacSub10457_0321. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenoList | BSU03130. [Micado] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | COG0171. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HOG000238070. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KO | K01916. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | DFVRGNI. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtClustDB | PRK00768. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BioCyc | BSUB:BSU03130-MONOMER. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniPathway | UPA00253; UER00333. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | 3.40.50.620. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HAMAP | MF_00193. NadE. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR022310. NAD/GMP_synthase. IPR003694. NAD_synthase. IPR022926. NH(3)-dep_NAD(+)_synth. IPR014729. Rossmann-like_a/b/a_fold. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF02540. NAD_synthase. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR00552. nadE. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BindingDB | P08164. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ChEMBL | CHEMBL4615. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DrugBank | DB00131. Adenosine monophosphate. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | P08164. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | NADE_BACSU | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P08164 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Prokaryotic Protein Annotation Program | ||||||||
Relevant documents
| Bacillus subtilis Bacillus subtilis (strain 168): entries, gene names and cross-references to SubtiList |
| PATHWAY comments Index of metabolic and biosynthesis pathways |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with
