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UniProtKB/Swiss-Prot P07954 (FUMH_HUMAN)
Last modified
January 19, 2010.
Version 127.
History...
Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (7) |
Third-party data |
Customize display | text xml rdf/xml gff fasta |
Names and origin
| Protein names | Recommended name: Fumarate hydratase, mitochondrial Short name=Fumarase EC=4.2.1.2 | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Complete proteome] | ||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 510 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Also acts as a tumor suppressor. |
| Catalytic activity | (S)-malate = fumarate + H2O. |
| Pathway | Carbohydrate metabolism; tricarboxylic acid cycle; (S)-malate from fumarate: step 1/1. |
| Subunit structure | Homotetramer. |
| Subcellular location | Isoform Mitochondrial: Mitochondrion. Isoform Cytoplasmic: Cytoplasm. |
| Post-translational modification | Isoform Cytoplasmic is acetylated at position 2 By similarity. |
| Involvement in disease | Defects in FH are the cause of fumarase deficiency (FD) [MIM:606812]; also known as fumaricaciduria. FD is characterized by progressive encephalopathy, developmental delay, hypotonia, cerebral atrophy and lactic and pyruvic acidemia. Ref.10 Ref.11 Defects in FH are the cause of multiple cutaneous and uterine leiomyomata (MCUL1) [MIM:150800]. MCUL1 is an autosomal dominant condition in which affected individuals develop benign smooth muscle tumors (leiomyomata) of the skin. Affected females also usually develop leiomyomata of the uterus (fibroids). Ref.12 Defects in FH are the cause of hereditary leiomyomatosis and renal cell cancer (HLRCC) [MIM:605839]. Ref.12 |
| Miscellaneous | There are 2 substrate binding sites: the catalytic A site, and the non-catalytic B site that may play a role in the transfer of substrate or product between the active site and the solvent. Alternatively, the B site may bind allosteric effectors By similarity. |
| Sequence similarities | Belongs to the class-II fumarase/aspartase family. Fumarase subfamily. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Tricarboxylic acid cycle |
| Cellular component | Cytoplasm Mitochondrion |
| Coding sequence diversity | Alternative initiation |
| Disease | Disease mutation Tumor suppressor |
| Domain | Transit peptide |
| Molecular function | Lyase |
| PTM | Acetylation Phosphoprotein |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Direct protein sequencing |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | fumarate metabolic process Traceable author statement. Source: ProtInc tricarboxylic acid cycleInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW |
| Cellular component | mitochondrial matrix Inferred from Experiment. Source: Reactome tricarboxylic acid cycle enzyme complexInferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Molecular function | fumarate hydratase activity Ref.5 Inferred from Experiment. Source: Reactome |
| Complete GO annotation... | |
Alternative products
| This entry describes 2 isoforms produced by alternative initiation. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform Mitochondrial (identifier: P07954-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform Cytoplasmic (identifier: P07954-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-43: Missing. | ||||||
| Note: Initiator Met-1 is removed. Contains a N-acetylalanine at position 2 (By similarity). |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Transit peptide | 1 – 44 | 44 | Mitochondrion By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 45 – 510 | 466 | Fumarate hydratase, mitochondrial | PRO_0000010319 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 176 – 179 | 4 | B site By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 186 – 188 | 3 | Substrate binding By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 147 | 1 | Substrate By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 66 | 1 | N6-acetyllysine Ref.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 80 | 1 | N6-acetyllysine Ref.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 94 | 1 | N6-acetyllysine Ref.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 115 | 1 | N6-acetyllysine By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 256 | 1 | N6-acetyllysine Ref.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 292 | 1 | N6-acetyllysine Ref.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 477 | 1 | N6-acetyllysine By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 491 | 1 | Phosphotyrosine Ref.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1 – 43 | 43 | Missing in isoform Cytoplasmic. | VSP_018965 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 107 | 1 | N → T in MCUL1. Ref.12 | VAR_013497 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 117 | 1 | A → P in MCUL1. Ref.12 | VAR_013498 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 180 | 1 | H → R in MCUL1. Ref.12 | VAR_013499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 185 | 1 | Q → R in MCUL1. Ref.12 | VAR_013500 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 230 | 1 | K → R in FD and MCUL1. Ref.11 Ref.12 | VAR_002445 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 233 | 1 | R → H in MCUL1. dbSNP rs28933069. Ref.12 | VAR_013501 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 282 | 1 | G → V in MCUL1. Ref.12 | VAR_013502 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 308 | 1 | A → T in FD. Ref.10 Ref.11 | VAR_002446 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 312 | 1 | F → C in FD. Ref.11 | VAR_002447 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 328 | 1 | M → R in HLRCC. Ref.12 | VAR_013503 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 425 | 1 | D → V in FD. Ref.11 | VAR_002448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 50 – 53 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 60 – 63 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 71 – 78 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 90 – 95 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 99 – 106 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 107 – 109 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 114 – 128 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 133 – 135 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 139 – 141 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 148 – 164 | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 177 – 181 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 182 – 184 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 187 – 205 | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 212 – 224 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 225 – 227 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 252 – 264 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 267 – 269 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 270 – 272 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 290 – 300 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 311 – 316 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 319 – 324 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 328 – 344 | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 375 – 387 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 391 – 395 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 409 – 422 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 426 – 433 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 442 – 451 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 454 – 459 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 460 – 462 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 466 – 477 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 482 – 488 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 494 – 500 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 503 – 505 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | U59309 mRNA. Translation: AAB66354.1. U48857 mRNA. Translation: AAD00071.1. BT009839 mRNA. Translation: AAP88841.1. BC003108 mRNA. Translation: AAH03108.1. BC017444 mRNA. Translation: AAH17444.1. M15502 mRNA. Translation: AAA52483.1. | ||||||||||||
| IPI | IPI00296053. IPI00759715. | ||||||||||||
| PIR | UFHUM. S06213. | ||||||||||||
| RefSeq | NP_000134.2. | ||||||||||||
| UniGene | Hs.592490 | ||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||
| IntAct | P07954. 4 interactions. | ||||||||||||
| STRING | P07954. | ||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||
| PhosphoSite | P07954. | ||||||||||||
2-D gel databases | |||||||||||||
| SWISS-2DPAGE | P07954. | ||||||||||||
| REPRODUCTION-2DPAGE | IPI00296053. | ||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||
| PRIDE | P07954. | ||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||
| Ensembl | ENST00000366560; ENSP00000355518; ENSG00000091483; Homo sapiens. [Genome view] | ||||||||||||
| GeneID | 2271. | ||||||||||||
| KEGG | hsa:2271. | ||||||||||||
| UCSC | uc001hyx.1. human. | ||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||
| CTD | 2271. | ||||||||||||
| GeneCards | GC01M239746. | ||||||||||||
| H-InvDB | HIX0001737. | ||||||||||||
| HGNC | HGNC:3700. FH. | ||||||||||||
| HPA | CAB017785. | ||||||||||||
| MIM | 136850. gene. 150800. phenotype. 605839. phenotype. 606812. phenotype. | ||||||||||||
| Orphanet | 24. Fumaric aciduria. 523. Leiomyomatosis, familial. | ||||||||||||
| PharmGKB | PA29261. | ||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||
| eggNOG | prNOG07459. | ||||||||||||
| HOGENOM | HBG284369. | ||||||||||||
| HOVERGEN | P07954. | ||||||||||||
| InParanoid | P07954. | ||||||||||||
| OMA | RIEKDTM. | ||||||||||||
| OrthoDB | EOG9909W2. | ||||||||||||
| PhylomeDB | P07954. | ||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||
| BioCyc | MetaCyc:ENSG00000091483-MONOMER. | ||||||||||||
| BRENDA | 4.2.1.2. 247. | ||||||||||||
| Reactome | REACT_1046. Pyruvate metabolism and TCA cycle. REACT_1505. Integration of energy metabolism. REACT_15380. Diabetes pathways. | ||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||
| ArrayExpress | P07954. | ||||||||||||
| Bgee | P07954. | ||||||||||||
| CleanEx | HS_FH. | ||||||||||||
| Genevestigator | P07954. | ||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000091483. Homo sapiens. | ||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||
| InterPro | IPR005677. Fum_hydII. IPR018951. Fumarase_C_C. IPR000362. Fumarate_lyase. IPR020557. Fumarate_lyase_CS. IPR008948. L-Aspartase-like. [Graphical view] | ||||||||||||
| Pfam | PF10415. FumaraseC_C. 1 hit. PF00206. Lyase_1. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| PRINTS | PR00149. FUMRATELYASE. | ||||||||||||
| PROSITE | PS00163. FUMARATE_LYASES. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||
| NextBio | 9235. | ||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||
Entry information
| Entry name | FUMH_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P07954 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 1 Human chromosome 1: entries, gene names and cross-references to MIM |
| Human entries with polymorphisms or disease mutations List of human entries with polymorphisms or disease mutations |
| Human polymorphisms and disease mutations Index of human polymorphisms and disease mutations |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PATHWAY comments Index of metabolic and biosynthesis pathways |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with


