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UniProtKB/Swiss-Prot P07720 (POLG_TBEVS)
Last modified
June 16, 2009.
Version 100.
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Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (3) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Genome polyprotein Cleaved into the following 10 chains: 1- Recommended name: Protein C Alternative name(s): Core protein Capsid protein 2- Recommended name: Small envelope protein M Alternative name(s): Matrix protein 3- Recommended name: Envelope protein E 4- Recommended name: Non-structural protein 1 Short name=NS1 5- Recommended name: Non-structural protein 2A Short name=NS2A 6- Recommended name: Flavivirin protease NS2B regulatory subunit 7- Recommended name: Flavivirin protease NS3 catalytic subunit EC=3.4.21.91 8- Recommended name: Non-structural protein 4A Short name=NS4A 9- Recommended name: Non-structural protein 4B Short name=NS4B 10- Recommended name: RNA-directed RNA polymerase EC=2.7.7.48 Alternative name(s): NS5 |
| Organism | Tick-borne encephalitis virus Far Eastern subtype (strain Sofjin) (SOFV) (Sofjin virus) [Complete proteome] |
| Taxonomic identifier | 11087 [NCBI] |
| Taxonomic lineage | Viruses › ssRNA positive-strand viruses, no DNA stage › Flaviviridae › Flavivirus › tick-borne encephalitis virus group |
| Virus host | Ixodes ricinus (Sheep tick) [TaxID: 34613] Ixodes persulcatus (Taiga tick) [TaxID: 34615] |
Protein attributes
| Sequence length | 3412 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | The small proteins NS2A, NS4A and NS4B are hydrophobic, suggesting a possible membrane-related function. NS5 may play a role in the viral RNA replication. The NS2B/NS3 protease complex processes the viral polyprotein. |
| Catalytic activity | Selective hydrolysis of -Xaa-Xaa-|-Yaa- bonds in which each of the Xaa can be either Arg or Lys and Yaa can be either Ser or Ala. Nucleoside triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1). |
| Subunit structure | NS3 and NS2B form a heterodimer. NS3 is the catalytic subunit, whereas NS2B strongly stimulates the latter By similarity. |
| Subcellular location | Protein C: Virion Potential. Host membrane; Single-pass membrane protein Potential. Small envelope protein M: Virion Potential. Host membrane; Single-pass membrane protein Potential. Envelope protein E: Virion Potential. Host membrane; Multi-pass membrane protein Potential. Non-structural protein 4A: Host membrane; Single-pass membrane protein Potential. Non-structural protein 4B: Host membrane; Multi-pass membrane protein Potential. |
| Post-translational modification | Specific enzymatic cleavages in vivo yield mature proteins By similarity. |
| Miscellaneous | The virion of this virus is a nucleocapsid covered by a lipoprotein envelope. The envelope contains two proteins: the protein M and glycoprotein E. The nucleocapsid is a complex of protein C and mRNA. In immature particles, there are 60 icosaedrally organized trimeric spikes on the surface. Each spike consists of three heterodimers of envelope protein M precursor (prM) and envelope protein E By similarity. The nonstructural protein NS1 presents 2 alternative cleavage sites for its C-terminus (either at position 1128 or at 1190), which may define a soluble or a membrane-bound form of NS1. |
| Sequence similarities | Contains 1 helicase ATP-binding domain. Contains 1 helicase C-terminal domain. Contains 1 peptidase S7 domain. Contains 1 RdRp catalytic domain. |
Ontologies
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Initiator methionine | 1 | 1 | Removed; by host | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 2 – 112 | 111 | Protein C | PRO_0000037804 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Propeptide | 113 – 205 | 93 | PRO_0000037805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 206 – 280 | 75 | Small envelope protein M | PRO_0000037806 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 281 – 776 | 496 | Envelope protein E | PRO_0000037807 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 777 – ?1128 | 352 | Non-structural protein 1 | PRO_0000037808 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | ?1129 – 1358 | 230 | Non-structural protein 2A | PRO_0000037809 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 1359 – 1489 | 131 | Flavivirin protease NS2B regulatory subunit | PRO_0000037810 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 1490 – 2110 | 621 | Flavivirin protease NS3 catalytic subunit | PRO_0000037811 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 2111 – 2259 | 149 | Non-structural protein 4A | PRO_0000037812 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 2260 – 2510 | 251 | Non-structural protein 4B | PRO_0000037813 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 2511 – 3412 | 902 | RNA-directed RNA polymerase | PRO_0000037814 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 101 – 112 | 12 | Hydrophobic signal sequence Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 247 – 259 | 13 | Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 266 – 280 | 15 | Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 738 – 751 | 14 | Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 1675 – 1831 | 157 | Helicase ATP-binding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 1841 – 2000 | 160 | Helicase C-terminal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 3038 – 3187 | 150 | RdRp catalytic | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 1688 – 1695 | 8 | ATP Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif | 1779 – 1782 | 4 | DEAH box | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 1543 | 1 | Charge relay system By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 1567 | 1 | Charge relay system By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 1627 | 1 | Charge relay system By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 144 | 1 | N-linked (GlcNAc...); by host Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 434 | 1 | N-linked (GlcNAc...); by host | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 861 | 1 | N-linked (GlcNAc...); by host Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 983 | 1 | N-linked (GlcNAc...); by host Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 999 | 1 | N-linked (GlcNAc...); by host Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 1228 | 1 | N-linked (GlcNAc...); by host Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 2447 | 1 | N-linked (GlcNAc...); by host Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 2466 | 1 | N-linked (GlcNAc...); by host Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 283 ↔ 310 | By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 340 ↔ 396 | By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 354 ↔ 385 | By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 372 ↔ 401 | By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 466 ↔ 570 | By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 587 ↔ 618 | By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 381 | 1 | W → S Ref.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 850 | 1 | E → D Ref.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 282 – 285 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 290 – 294 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 300 – 306 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 311 – 315 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 318 – 332 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 334 – 352 | 19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 363 – 366 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 370 – 380 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 381 – 383 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 389 – 401 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 406 – 411 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 414 – 416 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 418 – 425 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 441 – 446 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 451 – 455 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 457 – 459 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 460 – 467 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 468 – 470 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 477 – 482 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 491 – 496 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 497 – 501 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 518 – 521 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 522 – 524 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 534 – 536 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 541 – 547 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 548 – 550 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 553 – 557 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 560 – 562 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 567 – 573 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 591 – 600 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 602 – 604 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 606 – 612 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 616 – 619 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 622 – 626 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 636 – 641 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 643 – 645 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 651 – 655 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 658 – 665 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 668 – 674 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| [1] | "Nucleotide sequence of the genome and complete amino acid sequence of the polyprotein of tick-borne encephalitis virus." Pletnev A.G., Yamshchikov V.F., Blinov V.M. Virology 174:250-263(1990) [PubMed: 2136778] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC RNA]. |
| [2] | "Nucleotide sequence of the genome region encoding the structural proteins and the NS1 protein of the tick borne encephalitis virus." Yamshchikov V.F., Pletnev A.G. Nucleic Acids Res. 16:7750-7750(1988) [PubMed: 2970626] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC RNA] OF 1-1190. |
| [3] | "Tick-borne encephalitis virus genome. The nucleotide sequence coding for virion structural proteins." Pletnev A.G., Yamshchikov V.F., Blinov V.M. FEBS Lett. 200:317-321(1986) [PubMed: 3709796] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC RNA] OF 1-683 AND 777-1002. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| X07755 Genomic RNA. Translation: CAA30581.1. X03870 Genomic RNA. Translation: CAA27500.1. X03870 Genomic RNA. Translation: CAA27501.1. Sequence problems. X03870 Genomic RNA. Translation: CAA27502.1. Sequence problems. X03870 Genomic RNA. Translation: CAA27503.1. Sequence problems. X03871 Genomic RNA. Translation: CAA27505.1. | |||||||||||||
| PIR | GNWVTB. A33776. | ||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||
| |||||||||||||
| SMR | P07720. Positions 281-675. | ||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||
| InterPro | IPR014001. DEAD-like_N. IPR011492. DEAD_Flavivir. IPR001650. DNA/RNA_helicase_C. IPR002464. DNA/RNA_helicase_DEAH_CS. IPR000069. Env_glycoprot_M_flavivir. IPR011999. Flav_glyE_cen_dm. IPR013754. Flav_glyE_dim. IPR001122. Flavi_capsidC. IPR001157. Flavi_NS1. IPR000752. Flavi_NS2A. IPR000487. Flavi_NS2B. IPR000404. Flavi_NS4A. IPR001528. Flavi_NS4B. IPR002535. Flavi_propep. IPR000336. Flv_glyE_Ig-like. IPR014412. Gen_Poly_FLV. IPR014021. Helicase_SF1/SF2_ATP-bd. IPR001850. Peptidase_S7. IPR000208. RNA_pol_flaviviral. IPR007094. RNA_pol_PSvir. IPR002877. rRNA_MeTrfase_RrmJ/FtsJ. [Graphical view] | ||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:2.60.98.10. Flav_glyE_dim. 1 hit. G3DSA:2.60.40.350. Flv_glyE_Ig-like. 1 hit. | ||||||||||||
| Pfam | PF01003. Flavi_capsid. 1 hit. PF07652. Flavi_DEAD. 1 hit. PF02832. Flavi_glycop_C. 1 hit. PF00869. Flavi_glycoprot. 1 hit. PF01004. Flavi_M. 1 hit. PF00948. Flavi_NS1. 1 hit. PF01005. Flavi_NS2A. 1 hit. PF01002. Flavi_NS2B. 1 hit. PF01350. Flavi_NS4A. 1 hit. PF01349. Flavi_NS4B. 1 hit. PF00972. Flavi_NS5. 1 hit. PF01570. Flavi_propep. 1 hit. PF01728. FtsJ. 1 hit. PF00271. Helicase_C. 1 hit. PF00949. Peptidase_S7. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| PIRSF | PIRSF003817. Gen_Poly_FLV. 1 hit. | ||||||||||||
| ProDom | PD001496. Flavi_NS1. 1 hit. [Graphical view] [Entries sharing at least one domain] | ||||||||||||
| SMART | SM00487. DEXDc. 1 hit. SM00490. HELICc. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| PROSITE | PS00690. DEAH_ATP_HELICASE. False negative. PS51192. HELICASE_ATP_BIND_1. 1 hit. PS51194. HELICASE_CTER. 1 hit. PS50507. RDRP_SSRNA_POS. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||
Entry information
| Entry name | POLG_TBEVS | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P07720 Secondary accession number(s): P07721 Q88879 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | Virus (Virus annotation project) | ||||||||
Relevant documents
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| Peptidase families Classification of peptidase families and list of entries |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with


