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UniProtKB/Swiss-Prot P04187 (GRAB_MOUSE)
Last modified
January 19, 2010.
Version 111.
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Clusters with 100%,
90%,
50% identity |
Documents (4) |
Third-party data |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Granzyme B(G,H) EC=3.4.21.79 Alternative name(s): Cytotoxic cell protease 1 Short name=CCP1 Short name=CTLA-1 Fragmentin-2 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Mus musculus (Mouse) | ||||
| Taxonomic identifier | 10090 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Glires › Rodentia › Sciurognathi › Muroidea › Muridae › Murinae › Mus |
Protein attributes
| Sequence length | 247 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | This enzyme is necessary for target cell lysis in cell-mediated immune responses. It cleaves after Asp. Seems to be linked to an activation cascade of caspases (aspartate-specific cysteine proteases) responsible for apoptosis execution. Cleaves caspase-3, -7, -9 and 10 to give rise to active enzymes mediating apoptosis By similarity. |
| Catalytic activity | Preferential cleavage: -Asp-|-Xaa- >> -Asn-|-Xaa- > -Met-|-Xaa-, -Ser-|-Xaa-. |
| Subcellular location | Cytoplasmic granule. Note: Cytoplasmic granules of cytolytic T-lymphocytes and natural killer cells. |
| Sequence similarities | Belongs to the peptidase S1 family. Granzyme subfamily. Contains 1 peptidase S1 domain. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Apoptosis Cytolysis |
| Domain | Signal |
| Molecular function | Hydrolase Protease Serine protease |
| PTM | Disulfide bond Glycoprotein Zymogen |
| Technical term | 3D-structure Direct protein sequencing |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | apoptosis Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW cytolysisInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW induction of apoptosis by granzymeInferred from direct assay. Source: MGI proteolysisInferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Molecular function | protein binding Inferred from physical interaction. Source: MGI serine-type endopeptidase activityInferred from electronic annotation. Source: InterPro |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Signal peptide | 1 – 18 | 18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Propeptide | 19 – 20 | 2 | Activation peptide | PRO_0000027401 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 21 – 247 | 227 | Granzyme B(G,H) | PRO_0000027402 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 21 – 245 | 225 | Peptidase S1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 64 | 1 | Charge relay system By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 108 | 1 | Charge relay system By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 203 | 1 | Charge relay system By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 71 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 182 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 49 ↔ 65 | By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 142 ↔ 209 | By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 173 ↔ 188 | By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 35 – 41 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 43 – 55 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 58 – 61 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 63 – 65 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 68 – 75 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 87 – 96 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 102 – 104 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 110 – 116 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 141 – 147 | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 149 – 151 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 154 – 156 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 161 – 168 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 170 – 174 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 175 – 177 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 178 – 180 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 183 – 185 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 186 – 189 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 200 – 204 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 206 – 209 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 212 – 219 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 228 – 232 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 233 – 245 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Novel serine proteases encoded by two cytotoxic T lymphocyte-specific genes." Lobe C.G., Finlay B.B., Paranchych W., Paetkau V.H., Bleackley R.C. Science 232:858-861(1986) [PubMed: 3518058] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA]. |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | X04072 mRNA. Translation: CAA27715.1. M12302 mRNA. Translation: AAA37383.1. M22526 Genomic DNA. Translation: AAB61756.1. BC002085 mRNA. Translation: AAH02085.1. U05707 Genomic DNA. Translation: AAB60470.1. | ||||||||||||
| IPI | IPI00114066. | ||||||||||||
| PIR | PRMSCL. A94288. | ||||||||||||
| RefSeq | NP_038570.1. | ||||||||||||
| UniGene | Mm.14874 | ||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||
| SMR | P04187. Positions 21-245. | ||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||
| DIP | DIP-562N. | ||||||||||||
| STRING | P04187. | ||||||||||||
Protein family/group databases | |||||||||||||
| MEROPS | S01.136. | ||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||
| PRIDE | P04187. | ||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||
| Ensembl | ENSMUST00000015581; ENSMUSP00000015581; ENSMUSG00000015437; Mus musculus. [Genome view] | ||||||||||||
| GeneID | 14939. | ||||||||||||
| KEGG | mmu:14939. | ||||||||||||
| UCSC | uc007ubv.1. mouse. | ||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||
| CTD | 14939. | ||||||||||||
| MGI | MGI:109267. Gzmb. | ||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||
| eggNOG | roNOG09047. | ||||||||||||
| HOGENOM | HBG755338. | ||||||||||||
| HOVERGEN | P04187. | ||||||||||||
| InParanoid | P04187. | ||||||||||||
| OMA | STIEICA. | ||||||||||||
| OrthoDB | EOG9CZF11. | ||||||||||||
| PhylomeDB | P04187. | ||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||
| BRENDA | 3.4.21.79. 244. | ||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||
| ArrayExpress | P04187. | ||||||||||||
| Bgee | P04187. | ||||||||||||
| CleanEx | MM_GZMB. | ||||||||||||
| Genevestigator | P04187. | ||||||||||||
| GermOnline | ENSMUSG00000015437. Mus musculus. | ||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||
| InterPro | IPR018114. Peptidase_S1/S6_AS. IPR001254. Peptidase_S1_S6. IPR001314. Peptidase_S1A. IPR009003. Ser/Cys_Pept_Trypsin-like. [Graphical view] | ||||||||||||
| Pfam | PF00089. Trypsin. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| PRINTS | PR00722. CHYMOTRYPSIN. | ||||||||||||
| SMART | SM00020. Tryp_SPc. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| PROSITE | PS50240. TRYPSIN_DOM. 1 hit. PS00134. TRYPSIN_HIS. 1 hit. PS00135. TRYPSIN_SER. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||
| NextBio | 287263. | ||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||
Entry information
| Entry name | GRAB_MOUSE | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P04187 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
Relevant documents
| MGD cross-references Mouse Genome Database (MGD) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| Peptidase families Classification of peptidase families and list of entries |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with


