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UniProtKB/Swiss-Prot P04179 (SODM_HUMAN)
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January 19, 2010.
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Superoxide dismutase [Mn], mitochondrial EC=1.15.1.1 | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Complete proteome] | ||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 222 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Destroys radicals which are normally produced within the cells and which are toxic to biological systems. Ref.18 |
| Catalytic activity | 2 superoxide + 2 H+ = O2 + H2O2. |
| Cofactor | Binds 1 manganese ion per subunit. |
| Subunit structure | Homotetramer. Ref.28 |
| Subcellular location | |
| Post-translational modification | Nitrated under oxidative stress. Nitration coupled with oxidation inhibits the catalytic activity. |
| Involvement in disease | Genetic variation in SOD2 is associated with susceptibility to diabetic nephropathy [MIM:612634]; also called susceptibility to microvascular complications of diabetes type 6 (MVCD6). Diabetic nephropathy is a kidney disease and resultant kidney function impairment due to the long standing effects of diabetes on the microvasculature (glomerulus) of the kidney. Features include increased urine protein and declining kidney function. |
| Sequence similarities | Belongs to the iron/manganese superoxide dismutase family. |
Ontologies
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Transit peptide | 1 – 24 | 24 | Mitochondrion Ref.14 Ref.15 Ref.16 Ref.17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 25 – 222 | 198 | Superoxide dismutase [Mn], mitochondrial | PRO_0000032869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 50 | 1 | Manganese | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 98 | 1 | Manganese | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 183 | 1 | Manganese | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 187 | 1 | Manganese | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 58 | 1 | Nitrated tyrosine Ref.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 68 | 1 | N6-acetyllysine Ref.21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 130 | 1 | N6-acetyllysine Ref.21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 10 | 1 | S → I: dbSNP rs5746096. Ref.9 | VAR_019363 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 16 | 1 | A → V Very frequent polymorphism; associated with susceptibility to diabetic nephropathy in Japanese patients with type 2 diabetes. dbSNP rs4880. Ref.9 Ref.3 Ref.8 Ref.10 Ref.11 Ref.12 Ref.13 Ref.29 | VAR_016183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 66 | 1 | E → V: dbSNP rs5746097. Ref.9 | VAR_019364 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 76 | 1 | G → R: dbSNP rs4987023. | VAR_025898 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 82 | 1 | I → T: dbSNP rs1141718. Ref.23 | VAR_007165 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 156 | 1 | R → W: dbSNP rs5746129. Ref.9 | VAR_019365 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 58 | 1 | Y → A, H, N, V or F: Reduced enzyme activity. Ref.18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 58 | 1 | Y → F: Loss of nitration. Enhanced dityrosine formation on peroxynitrite treatment. Ref.18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 14 | 1 | A → P Ref.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 65 | 1 | T → N in CAA42066. Ref.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 65 | 1 | T → N in CAA33228. Ref.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 66 | 1 | E → Q Ref.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 112 | 1 | E → Q Ref.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 123 | 1 | R → L in CAA30687. Ref.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 133 | 1 | E → Q Ref.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 148 – 149 | 2 | Missing Ref.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 155 | 1 | E → Q Ref.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 155 | 1 | E → Q Ref.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 35 – 41 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 44 – 52 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 54 – 74 | 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 78 – 83 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 85 – 103 | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 115 – 125 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 128 – 140 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 144 – 153 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 154 – 157 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 158 – 165 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 170 – 174 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 177 – 183 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 186 – 188 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 190 – 193 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 197 – 204 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 205 – 207 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 210 – 219 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
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Web resources
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| Wikipedia Superoxide dismutase entry |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| EMBL GenBank DDBJ | X59445 mRNA. Translation: CAA42066.1. Y00472 mRNA. Translation: CAA68533.1. Y00985 mRNA. Translation: CAA68791.1. X07834 mRNA. Translation: CAA30687.1. M36693 mRNA. Translation: AAA36622.1. X15132 mRNA. Translation: CAA33228.1. X14322 mRNA. Translation: CAA32502.1. S77127 Genomic DNA. Translation: AAD14248.1. Sequence problems. BT006967 mRNA. Translation: AAP35613.1. AY267901 Genomic DNA. Translation: AAP03428.1. AK313082 mRNA. Translation: BAG35908.1. AL135914 Genomic DNA. Translation: CAI21845.1. CH471051 Genomic DNA. Translation: EAW47630.1. BC012423 mRNA. Translation: AAH12423.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00022314. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | DSHUN. S13162. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_000627.2. NP_001019636.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.487046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
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| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P04179. 20 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | P04179. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P04179. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2-D gel databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SWISS-2DPAGE | P04179. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DOSAC-COBS-2DPAGE | P04179. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HSC-2DPAGE | P04179. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OGP | P04179. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PMMA-2DPAGE | P04179. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Siena-2DPAGE | P04179. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | P04179. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| GeneID | 6648. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:6648. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 6648. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC06M160020. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:11180. SOD2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| PhylomeDB | P04179. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Pathway_Interaction_DB | foxopathway. FoxO family signaling. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P04179. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | P04179. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| PANTHER | PTHR11404. SODismutase. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF02777. Sod_Fe_C. 1 hit. PF00081. Sod_Fe_N. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Entry information
| Entry name | SODM_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P04179 Secondary accession number(s): B2R7R1 Q9P2Z3 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
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