P02749 (APOH_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 1, 2013.
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| Protein names | Recommended name: Beta-2-glycoprotein 1 Alternative name(s): APC inhibitor Activated protein C-binding protein Anticardiolipin cofactor Apolipoprotein H Short name=Apo-H Beta-2-glycoprotein I Short name=B2GPI Short name=Beta(2)GPI | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 345 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Binds to various kinds of negatively charged substances such as heparin, phospholipids, and dextran sulfate. May prevent activation of the intrinsic blood coagulation cascade by binding to phospholipids on the surface of damaged cells. |
| Subcellular location | |
| Tissue specificity | Expressed by the liver and secreted in plasma. |
| Post-translational modification | N- and O-glycosylated. Ref.10 also reports glycosylation on 'Asn-188' for their allele. Ref.10 Ref.15 |
| Sequence similarities | Contains 4 Sushi (CCP/SCR) domains. |
Ontologies
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Signal peptide | 1 – 19 | 19 | Ref.10 Ref.11 Ref.12 Ref.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 20 – 345 | 326 | Beta-2-glycoprotein 1 | PRO_0000002059 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 21 – 81 | 61 | Sushi 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 82 – 139 | 58 | Sushi 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 140 – 202 | 63 | Sushi 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 203 – 262 | 60 | Sushi 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 263 – 345 | 83 | Sushi-like | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 149 | 1 | O-linked (GalNAc...) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 162 | 1 | N-linked (GlcNAc...) (complex) Ref.10 Ref.16 Ref.17 Ref.18 Ref.19 Ref.20 Ref.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 183 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Ref.10 Ref.17 Ref.18 Ref.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 193 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Ref.10 Ref.17 Ref.18 Ref.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 253 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Ref.10 Ref.16 Ref.18 Ref.19 Ref.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 23 ↔ 66 | Ref.10 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 51 ↔ 79 | Ref.10 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 84 ↔ 124 | Ref.10 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 110 ↔ 137 | Ref.10 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 142 ↔ 188 | Ref.10 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 174 ↔ 200 | Ref.10 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 205 ↔ 248 | Ref.10 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 234 ↔ 260 | Ref.10 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 264 ↔ 315 | Ref.10 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 300 ↔ 325 | Ref.10 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 307 ↔ 345 | Ref.10 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 5 | 1 | V → A. Corresponds to variant rs3826358 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_048316 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 107 | 1 | S → N in allele APOH*1. Ref.7 Ref.8 Ref.26 Corresponds to variant rs1801692 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_008169 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 154 | 1 | R → H. Ref.8 Corresponds to variant rs8178847 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_019155 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 266 | 1 | V → L in 23% of the population. Ref.8 Ref.25 Corresponds to variant rs4581 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_000673 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 325 | 1 | C → G Loss of phosphatidylserine-binding. Ref.27 Corresponds to variant rs1801689 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_008170 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 335 | 1 | W → S in allele APOH*3W; loss of phosphatidylserine-binding. Ref.8 Ref.27 Corresponds to variant rs1801690 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_008171 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 121 | 1 | S → C AA sequence Ref.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 188 | 1 | C → N AA sequence Ref.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 22 – 24 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 32 – 36 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 39 – 41 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 46 – 51 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 55 – 57 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 62 – 65 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 79 – 81 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 93 – 96 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 105 – 110 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 114 – 118 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 120 – 124 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 130 – 132 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 136 – 139 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 151 – 155 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 163 – 165 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 169 – 174 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 178 – 182 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 184 – 188 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 192 – 195 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 199 – 202 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 214 – 217 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 222 – 225 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 229 – 234 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 238 – 242 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 244 – 248 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 252 – 255 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 260 – 262 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 267 – 270 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 272 – 275 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 278 – 281 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 282 – 285 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 286 – 288 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 295 – 302 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 303 – 306 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 307 – 316 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 331 – 333 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 339 – 341 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Web resources
| SeattleSNPs |
| SHMPD The Singapore human mutation and polymorphism database |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | X58100 mRNA. Translation: CAA41113.1. X53595 mRNA. Translation: CAA37664.1. X57847 mRNA. Translation: CAA40977.1. M62839 mRNA. Translation: AAA51766.1. S80305 mRNA. Translation: AAB21330.1. Y11493 Y11498 Genomic DNA. Translation: CAA72279.1.Y17754 Genomic DNA. Translation: CAA76845.1. AK313838 mRNA. Translation: BAG36570.1. AY322156 Genomic DNA. Translation: AAP72014.1. BC020703 mRNA. Translation: AAH20703.1. BC026283 mRNA. Translation: AAH26283.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00298828. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | NBHU. S17178. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_000033.2. NM_000042.2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.445358. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | P02749. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-46878N. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P02749. 7 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MINT | MINT-6743724. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | 9606.ENSP00000205948. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | P02749. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DMDM | 543826. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PaxDb | P02749. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PeptideAtlas | P02749. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | P02749. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DNASU | 350. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000205948; ENSP00000205948; ENSG00000091583. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 350. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:350. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc002jfn.4. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 350. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC17M064208. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:616. APOH. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | CAB022214. HPA001654. HPA003732. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 138700. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_P02749. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA24903. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | NOG323950. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HOG000034008. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG004271. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | P02749. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | SRPDNGF. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG4V9TR1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | P02749. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P02749. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | P02749. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_APOH. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | P02749. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000091583. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR015104. Sushi_2. IPR000436. Sushi_SCR_CCP. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00084. Sushi. 4 hits. PF09014. Sushi_2. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProDom | PD012422. Sushi_2. 1 hit. [Graphical view] [Entries sharing at least one domain] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00032. CCP. 4 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SUPFAM | SSF57535. Complement_control_module. 5 hits. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS50923. SUSHI. 4 hits. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BindingDB | P02749. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ChEMBL | CHEMBL2859. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ChiTaRS | APOH. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | P02749. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenomeRNAi | 350. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 1441. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PMAP-CutDB | P02749. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | APOH_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P02749 Secondary accession number(s): B2R9M3, Q9UCN7 | ||||||||
| Entry history |
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| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
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| Human entries with polymorphisms or disease mutations List of human entries with polymorphisms or disease mutations |
| Human polymorphisms and disease mutations Index of human polymorphisms and disease mutations |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with
