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UniProtKB/Swiss-Prot P02743 (SAMP_HUMAN)
Last modified
November 3, 2009.
Version 126.
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90%,
50% identity |
Documents (6) |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: Serum amyloid P-component Short name=SAP Alternative name(s): 9.5S alpha-1-glycoprotein Cleaved into the following chain: 1- Recommended name: Serum amyloid P-component(1-203) | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Complete proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 223 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Function | Can interact with DNA and histones and may scavenge nuclear material released from damaged circulating cells. May also function as a calcium-dependent lectin. |
| Cofactor | Binds 2 calcium ions per subunit. |
| Subunit structure | Homopentamer. Pentaxin (or pentraxin) have a discoid arrangement of 5 non-covalently bound subunits. |
| Subcellular location | |
| Tissue specificity | Found in serum and urine. Ref.10 |
| Post-translational modification | N-glycosylated with a complex biantennary oligosaccharide chain with a sialic acid at the end (disialo-SAP). Monosialo-SAP as well as asioalo-SAP are also detected (Ref.10). Ref.9 Ref.11 Ref.12 |
| Involvement in disease | SAP is a precursor of amyloid component P which is found in basement membrane and associated with amyloid deposits. |
| Sequence similarities | Belongs to the pentaxin family. Contains 1 pentaxin domain. |
| Mass spectrometry | Molecular mass is 25462.5±1.1 Da from positions 20 - 223. Determined by ESI. Ref.9 Molecular mass is 25463±3 Da from positions 20 - 223. Determined by MALDI. Ref.10 Molecular mass is 1285.78 Da from positions 213 - 223. Determined by MALDI. Ref.10 Molecular mass is 1186.71 Da from positions 213 - 222. Determined by MALDI. Ref.10 |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Cellular component | Amyloid Secreted |
| Coding sequence diversity | Polymorphism |
| Domain | Signal |
| Ligand | Calcium Lectin Metal-binding |
| PTM | Disulfide bond Glycoprotein |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Direct protein sequencing |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | acute-phase response Ref.1 Traceable author statement. Source: ProtInc chaperone-mediated protein complex assemblyTraceable author statement. Source: ProtInc protein foldingTraceable author statement. Source: ProtInc |
| Cellular component | extracellular space Traceable author statement. Source: ProtInc |
| Molecular function | calcium ion binding Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW sugar bindingInferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW unfolded protein bindingTraceable author statement. Source: ProtInc |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Signal peptide | 1 – 19 | 19 | Ref.7 Ref.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 20 – 223 | 204 | Serum amyloid P-component | PRO_0000023540 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 20 – 222 | 203 | Serum amyloid P-component(1-203) | PRO_0000023541 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 20 – 223 | 204 | Pentaxin | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 77 | 1 | Calcium 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 78 | 1 | Calcium 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 155 | 1 | Calcium 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 155 | 1 | Calcium 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 156 | 1 | Calcium 1; via carbonyl oxygen | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 157 | 1 | Calcium 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 157 | 1 | Calcium 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 167 | 1 | Calcium 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 51 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Ref.11 Ref.12 | CAR_000169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 55 ↔ 114 | Ref.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 141 | 1 | G → S in a breast cancer sample; somatic mutation. Ref.15 | VAR_035814 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 155 | 1 | E → G | VAR_006054 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 158 | 1 | S → G | VAR_006055 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 101 | 1 | S → P in AAA60302. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 26 – 30 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 39 – 41 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 49 – 59 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 66 – 73 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 76 – 86 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 89 – 94 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 97 – 102 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 111 – 118 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 119 – 121 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 123 – 128 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 149 – 154 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 157 – 160 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 165 – 167 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 171 – 181 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 185 – 192 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 200 – 202 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 209 – 211 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 216 – 219 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| D00097 Genomic DNA. Translation: BAA00060.1. M10944 mRNA. Translation: AAA60302.1. X04608 mRNA. Translation: CAA28275.1. CR450313 mRNA. Translation: CAG29309.1. AL445528 Genomic DNA. Translation: CAH73651.1. BT006750 mRNA. Translation: AAP35396.1. BC007039 mRNA. Translation: AAH07039.1. BC007058 mRNA. Translation: AAH07058.1. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00022391. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | YLHUP. A25503. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_001630.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.507080 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P02743. 1 interaction. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | P02743. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein family/group databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TCDB | 1.C.92.1.2. pentraxin family. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GlycoSuiteDB | P02743. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2-D gel databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SWISS-2DPAGE | P02743. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cornea-2DPAGE | P02743. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DOSAC-COBS-2DPAGE | P02743. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OGP | P02743. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| REPRODUCTION-2DPAGE | IPI00022391. P02743. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PeptideAtlas | P02743. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | P02743. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000255040; ENSP00000255040; ENSG00000132703; Homo sapiens. [Genome view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 325. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:325. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc001ftv.1. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 325. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC01P157824. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| H-InvDB | HIX0001200. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:584. APCS. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | CAB007817. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 104770. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA24877. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | P02743. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | P02743. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | KIVLGQE. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | P02743. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | P02743. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_APCS. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | P02743. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000132703. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR013320. ConA-like_subgrp. IPR001759. Pentaxin. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:2.60.120.200. ConA_like_subgrp. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00354. Pentaxin. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRINTS | PR00895. PENTAXIN. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProDom | PD002153. Pentaxin. 1 hit. [Graphical view] [Entries sharing at least one domain] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00159. PTX. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00289. PENTAXIN. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 1333. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | SAMP_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P02743 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
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