P02699 (OPSD_BOVIN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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November 16, 2011.
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| Protein names | Recommended name: Rhodopsin | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Bos taurus (Bovine) | ||
| Taxonomic identifier | 9913 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Laurasiatheria › Cetartiodactyla › Ruminantia › Pecora › Bovidae › Bovinae › Bos |
Protein attributes
| Sequence length | 348 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Photoreceptor required for image-forming vision at low light intensity. Required for photoreceptor cell viability after birth. Light-induced isomerization of 11-cis to all-trans retinal triggers a conformational change leading to G-protein activation and release of all-trans retinal By similarity. Ref.26 Ref.27 |
| Subunit structure | Homodimer. Ref.31 |
| Subcellular location | Membrane; Multi-pass membrane protein. Note: Synthesized in the inner segment (IS) of rod photoreceptor cells before vectorial transport to the rod outer segment (OS) photosensory cilia By similarity. |
| Tissue specificity | Rod shaped photoreceptor cells which mediates vision in dim light. |
| Post-translational modification | Phosphorylated on some or all of the serine and threonine residues present in the C-terminal region. Ref.10 Ref.18 Ref.19 Contains one covalently linked retinal chromophore. |
| Sequence similarities | Belongs to the G-protein coupled receptor 1 family. Opsin subfamily. |
| Biophysicochemical properties | Absorption: Abs(max)=495 nm |
Ontologies
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 348 | 348 | Rhodopsin | PRO_0000197653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 1 – 36 | 36 | Extracellular | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 37 – 63 | 27 | Helical; Name=1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 64 – 73 | 10 | Cytoplasmic | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 74 – 96 | 23 | Helical; Name=2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 97 – 110 | 14 | Extracellular | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 111 – 133 | 23 | Helical; Name=3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 134 – 152 | 19 | Cytoplasmic | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 153 – 173 | 21 | Helical; Name=4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 174 – 202 | 29 | Extracellular | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 203 – 224 | 22 | Helical; Name=5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 225 – 249 | 25 | Cytoplasmic | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 250 – 274 | 25 | Helical; Name=6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 275 – 286 | 12 | Extracellular | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 287 – 308 | 22 | Helical; Name=7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 309 – 348 | 40 | Cytoplasmic | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 113 – 125 | 13 | Retinal chromophore binding | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 207 – 212 | 6 | Retinal chromophore binding | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif | 134 – 137 | 4 | 'Ionic lock' involved in activated form stabilization | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 201 | 1 | Zinc | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 279 | 1 | Zinc | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 265 | 1 | Retinal chromophore | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 296 | 1 | Retinal chromophore (covalent) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 1 | 1 | N-acetylmethionine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 296 | 1 | N6-(retinylidene)lysine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 334 | 1 | Phosphoserine By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 335 | 1 | Phosphothreonine Ref.18 Ref.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 336 | 1 | Phosphothreonine Ref.18 Ref.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 338 | 1 | Phosphoserine By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 340 | 1 | Phosphothreonine Ref.18 Ref.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 342 | 1 | Phosphothreonine Ref.18 Ref.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 343 | 1 | Phosphoserine; by RK and GRK7 Ref.10 Ref.18 Ref.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Lipidation | 322 | 1 | S-palmitoyl cysteine Ref.8 Ref.11 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Lipidation | 323 | 1 | S-palmitoyl cysteine Ref.8 Ref.11 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 2 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Ref.1 Ref.6 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 15 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Ref.1 Ref.6 Ref.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 110 ↔ 187 | Ref.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 2 | 1 | N → C: Stabilized by a disulfide bond and normal light absorption; when associated with C-282 and D-15. Ref.29 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 15 | 1 | N → D: Normal light absorption; when associated with C-2 and C-282. Ref.29 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 282 | 1 | D → C: Stabilized by a disulfide bond and normal light absorption; when associated with C-2 and D-15. Ref.29 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 281 | 1 | S → F in AAA30675. Ref.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 3 – 5 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 10 – 13 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 23 – 25 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 29 – 31 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 34 – 64 | 31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 71 – 89 | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 91 – 100 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 106 – 139 | 34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 143 – 145 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 150 – 168 | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 170 – 172 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 178 – 181 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 182 – 185 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 186 – 189 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 196 – 199 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 200 – 210 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 213 – 225 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 246 – 254 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 256 – 277 | 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 285 – 295 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 296 – 299 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 301 – 309 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 311 – 321 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 322 – 324 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 338 – 342 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
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| EMBL GenBank DDBJ | K00506 K00505 Genomic DNA. Translation: AAA30674.1.M21606 mRNA. Translation: AAA30675.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00712873. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | OOBO. A90840. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_001014890.1. NM_001014890.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Bt.12753. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| PhylomeDB | P02699. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Entry information
| Entry name | OPSD_BOVIN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P02699 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
Relevant documents
| 7-transmembrane G-linked receptors List of 7-transmembrane G-linked receptor entries |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

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