P02309 (H4_YEAST) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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April 3, 2013.
Version 147.
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| Protein names | Recommended name: Histone H4 | |||||||||||||
| Gene names |
| |||||||||||||
| Organism | Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (Baker's yeast) [Reference proteome] | |||||||||||||
| Taxonomic identifier | 559292 [NCBI] | |||||||||||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Fungi › Dikarya › Ascomycota › Saccharomycotina › Saccharomycetes › Saccharomycetales › Saccharomycetaceae › Saccharomyces › ![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 103 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Core component of nucleosome. Nucleosomes wrap and compact DNA into chromatin, limiting DNA accessibility to the cellular machineries which require DNA as a template. Histones thereby play a central role in transcription regulation, DNA repair, DNA replication and chromosomal stability. DNA accessibility is regulated via a complex set of post-translational modifications of histones, also called histone code, and nucleosome remodeling. Component of the UAF (upstream activation factor) complex which interacts with the upstream element of the RNA polymerase I promoter and forms a stable preinitiation complex. Together with SPT15/TBP UAF seems to stimulate basal transcription to a fully activated level. |
| Subunit structure | The nucleosome is a histone octamer containing two molecules each of H2A, H2B, H3 and H4 assembled in one H3-H4 heterotetramer and two H2A-H2B heterodimers. The octamer wraps approximately 147 bp of DNA. Histone H4 is a component of the UAF (upstream activation factor) complex which consists of UAF30, RRN5, RRN9, RRN10, and histones H3 and H4. Ref.9 |
| Subcellular location | |
| Miscellaneous | Present with 524000 molecules/cell in log phase SD medium. |
| Sequence similarities | Belongs to the histone H4 family. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Cellular component | Chromosome Nucleosome core Nucleus |
| Ligand | DNA-binding |
| PTM | Acetylation Phosphoprotein |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Direct protein sequencing Reference proteome |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological_process | chromatin assembly or disassembly Traceable author statement PubMed 2275823. Source: SGD histone H3-K79 methylationInferred from mutant phenotype PubMed 18158898. Source: SGD nucleosome assemblyInferred from electronic annotation. Source: InterPro sexual sporulation resulting in formation of a cellular sporeInferred from mutant phenotype PubMed 20713519. Source: SGD |
| Cellular_component | nuclear nucleosome Traceable author statement PubMed 2275823. Source: SGD replication fork protection complexInferred from direct assay PubMed 16531994. Source: SGD |
| Molecular_function | DNA binding Traceable author statement PubMed 2275823. Source: SGD |
| Complete GO annotation... | |
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| ASF1 | P32447 | 4 | EBI-8113,EBI-3003 | |
| FPR4 | Q06205 | 5 | EBI-8113,EBI-6956 | |
| HHT2 | P61830 | 6 | EBI-8113,EBI-8098 | |
| HIF1 | Q12373 | 5 | EBI-8113,EBI-31911 | |
| SET3 | P36124 | 2 | EBI-8113,EBI-16993 | |
| STH1 | P32597 | 4 | EBI-8113,EBI-18410 |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Initiator methionine | 1 | 1 | Removed | ||||||||||||||||||||||||
| Chain | 2 – 103 | 102 | Histone H4 | PRO_0000158377 | |||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||
| DNA binding | 17 – 21 | 5 | |||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 6 | 1 | N6-acetyllysine | ||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 9 | 1 | N6-acetyllysine | ||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 17 | 1 | N6-acetyllysine | ||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 48 | 1 | Phosphoserine Ref.12 | ||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 61 | 1 | Phosphoserine Ref.12 | ||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 65 | 1 | Phosphoserine Ref.11 | ||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 46 | 1 | R → K AA sequence Ref.8 | ||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 4 – 7 | 4 | |||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 16 – 19 | 4 | |||||||||||||||||||||||||
| Helix | 27 – 29 | 3 | |||||||||||||||||||||||||
| Helix | 32 – 41 | 10 | |||||||||||||||||||||||||
| Turn | 46 – 49 | 4 | |||||||||||||||||||||||||
| Helix | 51 – 76 | 26 | |||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 80 – 82 | 3 | |||||||||||||||||||||||||
| Helix | 84 – 93 | 10 | |||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 98 – 101 | 4 | |||||||||||||||||||||||||
Sequences
References
| « Hide 'large scale' references | |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | X00724 Genomic DNA. Translation: CAA25311.1. X00725 Genomic DNA. Translation: CAA25313.1. K03154 Genomic DNA. Translation: AAA34660.1. Z35878 Genomic DNA. Translation: CAA84947.1. Z71306 Genomic DNA. Translation: CAA95892.1. AY692960 Genomic DNA. Translation: AAT92979.1. BK006936 Genomic DNA. Translation: DAA07130.1. BK006947 Genomic DNA. Translation: DAA10515.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | HSBY4. A02647. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_009563.1. NM_001178357.1. NP_014368.1. NM_001182869.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | P02309. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMR | P02309. Positions 19-103. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-418N. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | P02309. 300 interactions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MINT | MINT-613388. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | 4932.YBR009C. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PaxDb | P02309. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EnsemblFungi | YBR009C; YBR009C; YBR009C. YNL030W; YNL030W; YNL030W. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 852294. 855701. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | sce:YBR009C. sce:YNL030W. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SGD | S000000213. HHF1. S000004975. HHF2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | COG2036. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneTree | ENSGT00690000101714. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HOG000234654. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KO | K11254. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | TAMDIVY. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG476P8Z. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | P02309. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | YBR009C. Saccharomyces cerevisiae. YNL030W. Saccharomyces cerevisiae. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | 1.10.20.10. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR009072. Histone-fold. IPR007125. Histone_core_D. IPR001951. Histone_H4. IPR019809. Histone_H4_CS. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PANTHER | PTHR10484. PTHR10484. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00125. Histone. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRINTS | PR00623. HISTONEH4. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00417. H4. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SUPFAM | SSF47113. Histone-fold. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00047. HISTONE_H4. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | P02309. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 970946. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | H4_YEAST | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P02309 Secondary accession number(s): D6VQ10 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Fungal Protein Annotation Program | ||||||||
Relevant documents
| Yeast Yeast (Saccharomyces cerevisiae): entries, gene names and cross-references to SGD |
| Yeast chromosome II Yeast (Saccharomyces cerevisiae) chromosome II: entries and gene names |
| Yeast chromosome XIV Yeast (Saccharomyces cerevisiae) chromosome XIV: entries and gene names |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with
