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UniProtKB/Swiss-Prot P01903 (2DRA_HUMAN)
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January 19, 2010.
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Documents (6) |
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Names and origin
| Protein names | Recommended name: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain Alternative name(s): MHC class II antigen DRA | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Complete proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 254 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level. |
General annotation (Comments)
| Subunit structure | Heterodimer of an alpha chain and a beta chain. Ref.26 Ref.27 Ref.28 Ref.29 Ref.30 |
| Subcellular location | |
| Polymorphism | The following alleles of DRA are known: DRA*0101 and DRA*0102. The sequence shown is that of DRA*0101. |
| Involvement in disease | Genetic variations in HLA-DRA are associated with susceptibility to hepatitis B virus infection (HBV infection) [MIM:610424]. Approximately one third of all cases of cirrhosis and half of all cases of hepatocellular carcinoma can be attributed to chronic HBV infection. HBV infection may result in subclinical or asymptomatic infection, acute self-limited hepatitis, or fulminant hepatitis requiring liver transplantation. |
| Sequence similarities | Belongs to the MHC class II family. Contains 1 Ig-like C1-type (immunoglobulin-like) domain. |
Ontologies
| Keywords | |
|---|---|
| Biological process | Immune response |
| Cellular component | MHC II Membrane |
| Coding sequence diversity | Polymorphism |
| Domain | Signal Transmembrane |
| PTM | Disulfide bond Glycoprotein |
| Technical term | 3D-structure Complete proteome Direct protein sequencing |
| Gene Ontology (GO) | |
| Biological process | antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW immune response Ref.4 Ref.13Non-traceable author statement. Source: UniProtKB |
| Cellular component | MHC class II protein complex Inferred from electronic annotation. Source: UniProtKB-KW integral to plasma membrane Ref.4 Ref.13Non-traceable author statement. Source: UniProtKB lysosomeInferred from direct assay. Source: MGI |
| Molecular function | MHC class II receptor activity Ref.4 Ref.13 Non-traceable author statement. Source: UniProtKB |
| Complete GO annotation... | |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Signal peptide | 1 – 25 | 25 | Ref.11 Ref.12 Ref.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 26 – 254 | 229 | HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain | PRO_0000018947 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 26 – 216 | 191 | Extracellular Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 217 – 239 | 23 | Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 240 – 254 | 15 | Cytoplasmic Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 112 – 204 | 93 | Ig-like C1-type | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 26 – 109 | 84 | Alpha-1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 110 – 203 | 94 | Alpha-2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 204 – 216 | 13 | Connecting peptide | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 103 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Ref.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 143 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Ref.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Disulfide bond | 132 ↔ 188 | Ref.27 Ref.28 Ref.29 Ref.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 16 | 1 | V → L: dbSNP rs16822586. | VAR_035241 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 242 | 1 | V → L in allele DRA*0102. dbSNP rs7192. Ref.8 Ref.10 | VAR_004399 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 28 – 29 | 2 | EE → AD AA sequence Ref.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 33 | 1 | I → T AA sequence Ref.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 34 – 35 | 2 | QA → YP AA sequence Ref.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 48 | 1 | M → Q AA sequence Ref.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 54 | 1 | D → T AA sequence Ref.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 59 | 1 | V → Y AA sequence Ref.12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 64 | 1 | K → L AA sequence Ref.12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 67 | 1 | V → A AA sequence Ref.11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 69 | 1 | R → L AA sequence Ref.12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 75 | 1 | R → P AA sequence Ref.12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 78 | 1 | S → D AA sequence Ref.12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 149 | 1 | N → E AA sequence Ref.11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 30 – 40 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 41 – 43 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 44 – 51 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 54 – 60 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 61 – 64 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 65 – 70 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 71 – 73 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 74 – 76 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 82 – 101 | 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 102 – 104 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 113 – 120 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 128 – 140 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 143 – 148 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 151 – 153 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 170 – 178 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 186 – 191 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 199 – 203 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| IPI | IPI00005171. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIR | HLHUDA. A93952. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_061984.2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.520048 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
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| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| STRING | P01903. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| GeneID | 3122. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:3122. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| HGNC | HGNC:4947. HLA-DRA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | CAB015402. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 142860. gene. 610424. phenotype. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orphanet | 505. Lassueur-Graham-Little syndrome. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA35071. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | prNOG13462. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | P01903. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | P01903. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG96X1TH. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pathway_Interaction_DB | il12_stat4pathway. IL12 signaling mediated by STAT4. il12_2pathway. IL12-mediated signaling events. tcrpathway. TCR signaling in naive CD4+ T cells. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_6900. Signaling in Immune system. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_HLA-DRA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | P01903. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR007110. Ig-like. IPR013783. Ig-like_fold. IPR003006. Ig/MHC_CS. IPR003597. Ig_C1-set. IPR011162. MHC_I/II-like_Ag-recog. IPR001003. MHC_II_a_N. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | G3DSA:2.60.40.10. Ig-like_fold. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF07654. C1-set. 1 hit. PF00993. MHC_II_alpha. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00407. IGc1. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS50835. IG_LIKE. 1 hit. PS00290. IG_MHC. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Resources | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 12390. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | 2DRA_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: P01903 Secondary accession number(s): A2BET4 Q9TP70 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation project | HPI (Human Proteome Initiative) | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 6 Human chromosome 6: entries, gene names and cross-references to MIM |
| Human entries with polymorphisms or disease mutations List of human entries with polymorphisms or disease mutations |
| Human polymorphisms and disease mutations Index of human polymorphisms and disease mutations |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

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