O88844 (IDHC_MOUSE) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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May 29, 2013.
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| Protein names | Recommended name: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic Short name=IDH EC=1.1.1.42 Alternative name(s): Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase IDP NADP(+)-specific ICDH Oxalosuccinate decarboxylase | ||
| Gene names |
| ||
| Organism | Mus musculus (Mouse) [Reference proteome] | ||
| Taxonomic identifier | 10090 [NCBI] | ||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Glires › Rodentia › Sciurognathi › Muroidea › Muridae › Murinae › Mus › Mus![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 414 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Catalytic activity | Isocitrate + NADP+ = 2-oxoglutarate + CO2 + NADPH. |
| Cofactor | Binds 1 magnesium or manganese ion per subunit By similarity. |
| Subunit structure | Homodimer By similarity. |
| Subcellular location | |
| Sequence similarities | Belongs to the isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases family. |
Ontologies
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 414 | 414 | Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic | PRO_0000083578 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 75 – 77 | 3 | NADP By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 310 – 315 | 6 | NADP By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 94 – 100 | 7 | Substrate binding By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 252 | 1 | Magnesium or manganese By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 275 | 1 | Magnesium or manganese By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 77 | 1 | Substrate By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 82 | 1 | NADP By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 109 | 1 | Substrate By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 132 | 1 | Substrate By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 260 | 1 | NADP By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Binding site | 328 | 1 | NADP; via amide nitrogen and carbonyl oxygen By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Site | 139 | 1 | Critical for catalysis By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Site | 212 | 1 | Critical for catalysis By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 321 | 1 | N6-acetyllysine By similarity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 243 | 1 | K → N in AAD02919. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 5 – 14 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 17 – 30 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 31 – 34 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 35 – 43 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 46 – 51 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 52 – 54 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 55 – 67 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 68 – 72 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 80 – 86 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 95 – 103 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 106 – 111 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 128 – 133 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 137 – 140 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 142 – 146 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 148 – 162 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 165 – 172 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 177 – 185 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 186 – 203 | 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 207 – 211 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 213 – 215 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 219 – 234 | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 236 – 241 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 246 – 250 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 251 – 260 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 265 – 269 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 271 – 285 | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 290 – 296 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 303 – 306 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 313 – 320 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 330 – 347 | 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 350 – 368 | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 374 – 381 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 383 – 385 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 388 – 390 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 394 – 412 | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Cytosolic isocitrate dehydrogenase in humans, mice, and voles and phylogenetic analysis of the enzyme family." Nekrutenko A., Hillis D.M., Patton J.C., Bradley R.D., Baker R.J. Mol. Biol. Evol. 15:1674-1684(1998) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA]. |
| [2] | "The transcriptional landscape of the mammalian genome." Carninci P., Kasukawa T., Katayama S., Gough J., Frith M.C., Maeda N., Oyama R., Ravasi T., Lenhard B., Wells C., Kodzius R., Shimokawa K., Bajic V.B., Brenner S.E., Batalov S., Forrest A.R., Zavolan M., Davis M.J. Hayashizaki Y.Science 309:1559-1563(2005) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA]. Strain: C57BL/6J. Tissue: Bone marrow, Embryo and Sympathetic ganglion. |
| [3] | Mural R.J., Adams M.D., Myers E.W., Smith H.O., Venter J.C. Submitted (JUL-2005) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. |
| [4] | Lubec G., Yang J.W., Zigmond M. Submitted (JUL-2007) to UniProtKB Cited for: PROTEIN SEQUENCE OF 30-49. Tissue: Brain. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | AF020039 mRNA. Translation: AAD02919.1. AK149019 mRNA. Translation: BAE28720.1. AK151212 mRNA. Translation: BAE30207.1. AK159173 mRNA. Translation: BAE34873.1. AK160896 mRNA. Translation: BAE36075.1. AK167158 mRNA. Translation: BAE39299.1. CH466548 Genomic DNA. Translation: EDL00223.1. CH466548 Genomic DNA. Translation: EDL00225.1. | ||||||||||||||||||
| IPI | IPI00762452. | ||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_001104790.1. NM_001111320.1. NP_034627.3. NM_010497.3. | ||||||||||||||||||
| UniGene | Mm.9925. | ||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | O88844. | ||||||||||||||||||
| SMR | O88844. Positions 4-413. | ||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||
| MINT | MINT-1859161. | ||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||
| PhosphoSite | O88844. | ||||||||||||||||||
2D gel databases | |||||||||||||||||||
| COMPLUYEAST-2DPAGE | O88844. | ||||||||||||||||||
| REPRODUCTION-2DPAGE | O88844. | ||||||||||||||||||
| SWISS-2DPAGE | O88844. | ||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||
| PaxDb | O88844. | ||||||||||||||||||
| PRIDE | O88844. | ||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||
| Ensembl | ENSMUST00000097709; ENSMUSP00000095316; ENSMUSG00000025950. ENSMUST00000169032; ENSMUSP00000127307; ENSMUSG00000025950. | ||||||||||||||||||
| GeneID | 15926. | ||||||||||||||||||
| KEGG | mmu:15926. | ||||||||||||||||||
| UCSC | uc007bhn.2. mouse. | ||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||
| CTD | 3417. | ||||||||||||||||||
| MGI | MGI:96413. Idh1. | ||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||
| eggNOG | COG0538. | ||||||||||||||||||
| GeneTree | ENSGT00390000012547. | ||||||||||||||||||
| HOGENOM | HOG000019858. | ||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG006119. | ||||||||||||||||||
| KO | K00031. | ||||||||||||||||||
| OMA | ALGMFNT. | ||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG47M1Z0. | ||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||
| ArrayExpress | O88844. | ||||||||||||||||||
| Bgee | O88844. | ||||||||||||||||||
| CleanEx | MM_IDH1. | ||||||||||||||||||
| Genevestigator | O88844. | ||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSMUSG00000025950. Mus musculus. | ||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||
| Gene3D | 3.40.718.10. 1 hit. | ||||||||||||||||||
| InterPro | IPR019818. IsoCit/isopropylmalate_DH_CS. IPR004790. Isocitrate_DH_NADP. IPR024084. IsoPropMal-DH-like_dom. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| PANTHER | PTHR11822. PTHR11822. 1 hit. | ||||||||||||||||||
| Pfam | PF00180. Iso_dh. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| PIRSF | PIRSF000108. IDH_NADP. 1 hit. | ||||||||||||||||||
| TIGRFAMs | TIGR00127. nadp_idh_euk. 1 hit. | ||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00470. IDH_IMDH. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | O88844. | ||||||||||||||||||
| NextBio | 288640. | ||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | IDHC_MOUSE | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: O88844 Secondary accession number(s): Q3UAV7 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
Relevant documents
| MGD cross-references Mouse Genome Database (MGD) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with
