O75604 (UBP2_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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January 25, 2012.
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Names·Attributes·General annotation·Ontologies·Interactions·Alt products·Sequence annotation·Sequences·References·Cross-refs·Entry info·DocumentsCustomize orderNames and origin
| Protein names | Recommended name: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2 EC=3.4.19.12 Alternative name(s): 41 kDa ubiquitin-specific protease Deubiquitinating enzyme 2 Ubiquitin thiolesterase 2 Ubiquitin-specific-processing protease 2 | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Homo sapiens (Human) | ||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo |
Protein attributes
| Sequence length | 605 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Hydrolase that deubiquitinates polyubiquitinated target proteins such as MDM2, MDM4 and CCND1. Isoform 1 and isoform 4 possess both ubiquitin-specific peptidase and isopeptidase activities. Deubiquitinates MDM2 without reversing MDM2-mediated p53/TP53 ubiquitination and thus indirectly promotes p53/TP53 degradation and limits p53 activity. Has no deubiquitinase activity against p53/TP53. Prevents MDM2-mediated degradation of MDM4. Plays a role in the G1/S cell-cycle progression in normal and cancer cells. Plays a role in the regulation of myogenic differentiation of embryonic muscle cells. Ref.8 Ref.9 Ref.10 |
| Catalytic activity | Thiol-dependent hydrolysis of ester, thioester, amide, peptide and isopeptide bonds formed by the C-terminal Gly of ubiquitin (a 76-residue protein attached to proteins as an intracellular targeting signal). |
| Cofactor | Binds 1 zinc ion. |
| Enzyme regulation | Cleavage is inhibited by ubiquitin in a dosage-dependent manner. Cleavage is blocked by ubiquitin aldehyde. Ref.13 |
| Subunit structure | Homooligomer By similarity. Found in trimeric complex with MDM2 and MDM4 and UPB2. Interacts with CCND1; the interaction is direct and promotes its stabilization by antagonizing ubiquitin-dependent degradation. Interacts (via N-terminus and C-terminus) with MDM2. Interacts with MDM4. Ref.8 Ref.9 Ref.10 |
| Subcellular location | Cytoplasm By similarity. Cytoplasm › perinuclear region By similarity. Note: Localizes in the spermatid head in late-elongating spermatids in the thin area between the outer acrosomal membrane and the plasma membrane By similarity. |
| Tissue specificity | Expressed in mesangial cells of the kidney and in different types of glomerulonephritides (at protein level). Ref.11 |
| Induction | Down-regulated by cisplatin (at protein level). Ref.10 Ref.13 |
| Domain | The different N-terminus extensions of isoform 1 and isoform 4 determine their respective subcellular localization and differentiel effect on myoblast fusion and accumulation of muscle-specific proteins. The different N-terminus extensions of isoform 1 and isoform 4 are not essential for their catalytic activity By similarity. |
| Sequence similarities | Belongs to the peptidase C19 family. USP2 subfamily. |
Ontologies
Binary interactions
With | Entry | #Exp. | IntAct | Notes |
|---|---|---|---|---|
| KRT15 | P19012 | 2 | EBI-743272,EBI-739566 |
Alternative products
| This entry describes 4 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: O75604-1) Also known as: USP2a; USP2-69; This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: O75604-2) Also known as: USP2b; The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-252: Missing. 253-258: PGRDGM → MLNKAK | ||||||
| Note: No experimental confirmation available. | ||||||
| Isoform 3 (identifier: O75604-3) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-258: MSQLSSTLKR...RSSSPGRDGM → MLVPGSTRPSSKKRQ | ||||||
| Isoform 4 (identifier: O75604-4) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-258: MSQLSSTLKR...RSSSPGRDGM → MRTSYTVTLP...FVGLLLNKAK |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 605 | 605 | Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2 | PRO_0000080616 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 1 – 200 | 200 | Necessary for interaction with MDM4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Region | 403 – 503 | 101 | Necessary for interaction with MDM4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 276 | 1 | Nucleophile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Active site | 557 | 1 | Proton acceptor By similarity | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 425 | 1 | Zinc Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 428 | 1 | Zinc | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 476 | 1 | Zinc | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Metal binding | 479 | 1 | Zinc | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1 – 258 | 258 | MSQLS…GRDGM → MLVPGSTRPSSKKRQ in isoform 3. | VSP_039559 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1 – 258 | 258 | MSQLS…GRDGM → MRTSYTVTLPEDPPAAPFPA LAKELRPRSPLSPSLLLSTF VGLLLNKAK in isoform 4. | VSP_039560 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1 – 252 | 252 | Missing in isoform 2. | VSP_005256 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 253 – 258 | 6 | PGRDGM → MLNKAK in isoform 2. | VSP_005257 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 174 | 1 | R → Q. Corresponds to variant rs33929148 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_051519 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 383 | 1 | N → S. Corresponds to variant rs45533837 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_051520 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 276 | 1 | C → A: Loss of enzymatic activity. Increases the steady-state level of CCND1. Ref.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 549 | 1 | H → A: Loss of enzymatic activity. Increases the steady-state level of MDM2 and MDM4 that leads to attenuation of MDM2-mediated degradation of p53/TP53 and MDM4. Increases the level of p53/TP53 and MDM4 ubiquitin conjugates. Ref.8 Ref.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 421 | 1 | S → G in BAB71388. Ref.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 501 | 1 | H → R in BAB71388. Ref.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 594 | 1 | L → H in AAC28392. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 602 – 605 | 4 | PSRM → TSPI in AAC28392. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 276 – 286 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 289 – 296 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 299 – 302 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 313 – 326 | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 337 – 346 | 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 348 – 350 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 358 – 372 | 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 392 – 404 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 410 – 415 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 417 – 425 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 426 – 428 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 431 – 444 | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 455 – 462 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 466 – 468 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 470 – 472 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 477 – 480 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 485 – 493 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 496 – 503 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 529 – 531 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 532 – 536 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 540 – 551 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 556 – 563 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 565 – 567 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 570 – 574 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 577 – 581 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 583 – 585 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 591 – 598 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | AF079564 mRNA. Translation: AAC28392.1. AF440755 mRNA. Translation: AAN65363.1. AK057225 mRNA. Translation: BAB71388.1. AK292255 mRNA. Translation: BAF84944.1. EF445044 Genomic DNA. Translation: ACA06096.1. EF445044 Genomic DNA. Translation: ACA06097.1. AP003396 Genomic DNA. No translation available. CH471065 Genomic DNA. Translation: EAW67484.1. CH471065 Genomic DNA. Translation: EAW67485.1. CH471065 Genomic DNA. Translation: EAW67486.1. BC002854 mRNA. Translation: AAH02854.1. BC002955 mRNA. Translation: AAH02955.1. BC041366 mRNA. Translation: AAH41366.1. | ||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00216783. IPI00298910. IPI00969446. IPI00969474. | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_001230688.1. NM_001243759.1. NP_004196.4. NM_004205.4. NP_741994.1. NM_171997.2. | ||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.524085. | ||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | O75604. | ||||||||||||||||||||||||
| SMR | O75604. Positions 263-600. | ||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-29134N. | ||||||||||||||||||||||||
| IntAct | O75604. 8 interactions. | ||||||||||||||||||||||||
| MINT | MINT-4304073. | ||||||||||||||||||||||||
| STRING | O75604. | ||||||||||||||||||||||||
Protein family/group databases | |||||||||||||||||||||||||
| MEROPS | C19.013. | ||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | O75604. | ||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | O75604. | ||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000260187; ENSP00000260187; ENSG00000036672. ENST00000313870; ENSP00000322149; ENSG00000036672. | ||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 9099. | ||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:9099. | ||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc001pwm.2. human. | ||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||
| CTD | 9099. | ||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC11M119259. | ||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:12618. USP2. | ||||||||||||||||||||||||
| HPA | HPA006777. HPA007222. | ||||||||||||||||||||||||
| MIM | 604725. gene. | ||||||||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_O75604. | ||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA37244. | ||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | prNOG09737. | ||||||||||||||||||||||||
| GeneTree | ENSGT00600000084018. | ||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HBG505643. | ||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG011164. | ||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | O75604. | ||||||||||||||||||||||||
| OMA | SASHRSY. | ||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG47M1XH. | ||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | O75604. | ||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||
| ArrayExpress | O75604. | ||||||||||||||||||||||||
| Bgee | O75604. | ||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_USP2. | ||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | O75604. | ||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000036672. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR018200. Pept_C19ubi-hydrolase_C_CS. IPR001394. Peptidase_C19. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| KO | K11833. | ||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00443. UCH. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00972. UCH_2_1. 1 hit. PS00973. UCH_2_2. 1 hit. PS50235. UCH_2_3. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 34107. | ||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | UBP2_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: O75604 Secondary accession number(s): B0YJB8 Q9BQ21 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
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