O75351 (VPS4B_HUMAN) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
Last modified
May 1, 2013.
Version 126.
History...
Names·Attributes·General annotation·Ontologies·Sequence annotation·Sequences·References·Cross-refs·Entry info·DocumentsCustomize order
Names·Attributes·General annotation·Ontologies·Sequence annotation·Sequences·References·Cross-refs·Entry info·DocumentsCustomize orderNames and origin
| Protein names | Recommended name: Vacuolar protein sorting-associated protein 4B EC=3.6.4.6 Alternative name(s): Cell migration-inducing gene 1 protein Suppressor of K(+) transport growth defect 1 Short name=Protein SKD1 | ||||||
| Gene names |
| ||||||
| Organism | Homo sapiens (Human) [Reference proteome] | ||||||
| Taxonomic identifier | 9606 [NCBI] | ||||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Primates › Haplorrhini › Catarrhini › Hominidae › Homo![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 444 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Involved in late steps of the endosomal multivesicular bodies (MVB) pathway. Recognizes membrane-associated ESCRT-III assemblies and catalyzes their disassembly, possibly in combination with membrane fission. Redistributes the ESCRT-III components to the cytoplasm for further rounds of MVB sorting. MVBs contain intraluminal vesicles (ILVs) that are generated by invagination and scission from the limiting membrane of the endosome and mostly are delivered to lysosomes enabling degradation of membrane proteins, such as stimulated growth factor receptors, lysosomal enzymes and lipids. In conjunction with the ESCRT machinery also appears to function in topologically equivalent membrane fission events, such as the terminal stages of cytokinesis and enveloped virus budding (HIV-1 and other lentiviruses). Ref.1 Ref.8 Ref.16 |
| Catalytic activity | ATP + H2O = ADP + phosphate. |
| Subunit structure | Proposed to be monomeric or homodimeric in nucleotide-free form and to oligomerize upon binding to ATP to form two stacked hexameric or heptameric rings with a central pore through which ESCRT-III substrates are translocated in an ATP-dependent manner. In vitro, associates on the inside of a helical tubular structure formed by a CHMP2A-CHMP3 polymer. Interacts with CHMP1A, CHMP1B, CHMP2A, CHMP4B and CHMP6. Interacts with VPS4A; the interaction suggests a heteromeric assembly with VPS4A. Interacts with VTA1. Ref.1 Ref.7 Ref.8 Ref.13 Ref.17 Ref.23 Ref.25 |
| Subcellular location | Prevacuolar compartment membrane; Peripheral membrane protein. Late endosome membrane; Peripheral membrane protein Probable. Note: Membrane-associated in the prevacuolar endosomal compartment. Localized in HIV-1 particles purified from acutely infected cells. Ref.1 Ref.8 |
| Tissue specificity | Ubiquitously expressed. Ref.1 |
| Domain | The MIT domain serves as an adapter for ESCRT-III proteins. It forms an asymmetric three-helix bundle that binds amphipathic MIM (MIT interacting motif) helices along the groove between MIT helices 2 and 3 present in a subset of ESCRT-III proteins thus establishing the canonical MIM-MIT interaction. In an extended conformation along the groove between helices 1 and 3, also binds to a type-2 MIT interacting motif (MIM2). Ref.22 |
| Sequence similarities | Belongs to the AAA ATPase family. Contains 1 MIT domain. |
Ontologies
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 444 | 444 | Vacuolar protein sorting-associated protein 4B | PRO_0000084767 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Domain | 4 – 82 | 79 | MIT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide binding | 174 – 181 | 8 | ATP Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coiled coil | 19 – 82 | 64 | Potential | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 93 | 1 | Phosphoserine Ref.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 102 | 1 | Phosphoserine Ref.9 Ref.12 Ref.14 Ref.15 Ref.19 Ref.21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Modified residue | 108 | 1 | Phosphoserine Ref.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Natural variant | 58 | 1 | I → M Common polymorphism; induces thermal instability. Ref.22 Corresponds to variant rs17688948 [ dbSNP | Ensembl ]. | VAR_023385 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 15 | 1 | A → D: Reduces HIV-1 release 10-fold; when associated with D-66. Ref.11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 15 | 1 | A → D: Reduces HIV-1 release 2-fold. Ref.11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 66 | 1 | L → D: Reduces HIV-1 release 10-fold; when associated with D-15. Ref.11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 66 | 1 | L → D: Reduces HIV-1 release 3-fold. Ref.11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 208 – 209 | 2 | WL → AA: Strongly impairs HIV-1 release. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 210 | 1 | G → A: Impairs HIV-1 release. Ref.23 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 235 | 1 | E → Q: Defective in vacuolar protein sorting. Ref.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutagenesis | 390 – 396 | 7 | Missing: Abolishes interaction with VTA1. Ref.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 114 | 1 | K → R in AAC39874. Ref.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 127 | 1 | E → D in AAC39874. Ref.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 342 | 1 | S → G in AAC39874. Ref.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 1 – 3 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 6 – 23 | 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 30 – 47 | 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 52 – 55 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 56 – 72 | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 73 – 75 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 87 – 89 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 125 – 127 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 133 – 135 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 140 – 155 | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 157 – 159 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 168 – 178 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 180 – 190 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 195 – 200 | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 213 – 225 | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 227 – 234 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 235 – 237 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 238 – 240 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 243 – 245 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 250 – 263 | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 265 – 267 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 272 – 279 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 281 – 283 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 286 – 290 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 294 – 297 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 303 – 314 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 323 – 331 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 338 – 349 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 351 – 358 | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 360 – 368 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 375 – 383 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 386 – 388 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 391 – 393 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 396 – 398 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 401 – 403 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 411 – 419 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 427 – 438 | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
| [1] | "Mammalian cells express two VPS4 proteins both of which are involved in intracellular protein trafficking." Scheuring S., Roehricht R.A., Schoening-Burkhardt B., Beyer A., Mueller S., Abts H.F., Koehrer K. J. Mol. Biol. 312:469-480(2001) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [MRNA], FUNCTION, INTERACTION WITH VPS4A, SUBCELLULAR LOCATION, TISSUE SPECIFICITY, MUTAGENESIS OF GLU-235. |
| [2] | "Comparative sequence and expression analyses of four mammalian VPS4 genes." Beyer A., Scheuring S., Mueller S., Mincheva A., Lichter P., Koehrer K. Gene 305:47-59(2003) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA]. Tissue: Skin. |
| [3] | "Identification of genes expressed in human CD34(+) hematopoietic stem/progenitor cells by expressed sequence tags and efficient full-length cDNA cloning." Mao M., Fu G., Wu J.-S., Zhang Q.-H., Zhou J., Kan L.-X., Huang Q.-H., He K.-L., Gu B.-W., Han Z.-G., Shen Y., Gu J., Yu Y.-P., Xu S.-H., Wang Y.-X., Chen S.-J., Chen Z. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 95:8175-8180(1998) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA]. Tissue: Umbilical cord blood. |
| [4] | "Identification of a human cell migration gene 1." Kim J.W. Submitted (FEB-2003) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA]. |
| [5] | Mural R.J., Istrail S., Sutton G.G., Florea L., Halpern A.L., Mobarry C.M., Lippert R., Walenz B., Shatkay H., Dew I., Miller J.R., Flanigan M.J., Edwards N.J., Bolanos R., Fasulo D., Halldorsson B.V., Hannenhalli S., Turner R. Venter J.C.Submitted (JUL-2005) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE GENOMIC DNA]. |
| [6] | "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)." The MGC Project Team Genome Res. 14:2121-2127(2004) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: NUCLEOTIDE SEQUENCE [LARGE SCALE MRNA]. Tissue: Testis. |
| [7] | "CHMP1 functions as a member of a newly defined family of vesicle trafficking proteins." Howard T.L., Stauffer D.R., Degnin C.R., Hollenberg S.M. J. Cell Sci. 114:2395-2404(2001) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: INTERACTION WITH CHMP2A. |
| [8] | "The protein network of HIV budding." von Schwedler U.K., Stuchell M., Mueller B., Ward D.M., Chung H.-Y., Morita E., Wang H.E., Davis T., He G.P., Cimbora D.M., Scott A., Kraeusslich H.-G., Kaplan J., Morham S.G., Sundquist W.I. Cell 114:701-713(2003) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: FUNCTION IN HIV-1 BUDDING, INTERACTION WITH CHMP1A; CHMP1B CHMP2A; CHMP4B AND CHMP6, SUBCELLULAR LOCATION. |
| [9] | "Global, in vivo, and site-specific phosphorylation dynamics in signaling networks." Olsen J.V., Blagoev B., Gnad F., Macek B., Kumar C., Mortensen P., Mann M. Cell 127:635-648(2006) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: PHOSPHORYLATION [LARGE SCALE ANALYSIS] AT SER-102, MASS SPECTROMETRY. Tissue: Cervix carcinoma. |
| [10] | "ATM and ATR substrate analysis reveals extensive protein networks responsive to DNA damage." Matsuoka S., Ballif B.A., Smogorzewska A., McDonald E.R. III, Hurov K.E., Luo J., Bakalarski C.E., Zhao Z., Solimini N., Lerenthal Y., Shiloh Y., Gygi S.P., Elledge S.J. Science 316:1160-1166(2007) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: IDENTIFICATION BY MASS SPECTROMETRY [LARGE SCALE ANALYSIS]. Tissue: Embryonic kidney. |
| [11] | "Two distinct modes of ESCRT-III recognition are required for VPS4 functions in lysosomal protein targeting and HIV-1 budding." Kieffer C., Skalicky J.J., Morita E., De Domenico I., Ward D.M., Kaplan J., Sundquist W.I. Dev. Cell 15:62-73(2008) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: MUTAGENESIS OF ALA-15 AND LEU-66. |
| [12] | "Phosphoproteome of resting human platelets." Zahedi R.P., Lewandrowski U., Wiesner J., Wortelkamp S., Moebius J., Schuetz C., Walter U., Gambaryan S., Sickmann A. J. Proteome Res. 7:526-534(2008) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: PHOSPHORYLATION [LARGE SCALE ANALYSIS] AT SER-102, MASS SPECTROMETRY. Tissue: Platelet. |
| [13] | "Novel interactions of ESCRT-III with LIP5 and VPS4 and their implications for ESCRT-III disassembly." Shim S., Merrill S.A., Hanson P.I. Mol. Biol. Cell 19:2661-2672(2008) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: INTERACTION WITH VTA1, MUTAGENESIS OF 390-GLY--TRP-396. |
| [14] | "A quantitative atlas of mitotic phosphorylation." Dephoure N., Zhou C., Villen J., Beausoleil S.A., Bakalarski C.E., Elledge S.J., Gygi S.P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105:10762-10767(2008) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: PHOSPHORYLATION [LARGE SCALE ANALYSIS] AT SER-102, MASS SPECTROMETRY. Tissue: Cervix carcinoma. |
| [15] | "Large-scale phosphoproteome analysis of human liver tissue by enrichment and fractionation of phosphopeptides with strong anion exchange chromatography." Han G., Ye M., Zhou H., Jiang X., Feng S., Jiang X., Tian R., Wan D., Zou H., Gu J. Proteomics 8:1346-1361(2008) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: PHOSPHORYLATION [LARGE SCALE ANALYSIS] AT SER-102, MASS SPECTROMETRY. Tissue: Liver. |
| [16] | "Helical structures of ESCRT-III are disassembled by VPS4." Lata S., Schoehn G., Jain A., Pires R., Piehler J., Goettlinger H.G., Weissenhorn W. Science 321:1354-1357(2008) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: FUNCTION, ASSOCIATION WITH THE CHMP2A-CHMP3 POLYMER, ELECTRON MICROSCOPY. |
| [17] | "Biochemical analyses of human IST1 and its function in cytokinesis." Bajorek M., Morita E., Skalicky J.J., Morham S.G., Babst M., Sundquist W.I. Mol. Biol. Cell 20:1360-1373(2009) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: INTERACTION WITH IST1. |
| [18] | "Lysine acetylation targets protein complexes and co-regulates major cellular functions." Choudhary C., Kumar C., Gnad F., Nielsen M.L., Rehman M., Walther T.C., Olsen J.V., Mann M. Science 325:834-840(2009) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: IDENTIFICATION BY MASS SPECTROMETRY [LARGE SCALE ANALYSIS]. |
| [19] | "Quantitative phosphoproteomics reveals widespread full phosphorylation site occupancy during mitosis." Olsen J.V., Vermeulen M., Santamaria A., Kumar C., Miller M.L., Jensen L.J., Gnad F., Cox J., Jensen T.S., Nigg E.A., Brunak S., Mann M. Sci. Signal. 3:RA3-RA3(2010) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: PHOSPHORYLATION [LARGE SCALE ANALYSIS] AT SER-93; SER-102 AND SER-108, MASS SPECTROMETRY. Tissue: Cervix carcinoma. |
| [20] | "Initial characterization of the human central proteome." Burkard T.R., Planyavsky M., Kaupe I., Breitwieser F.P., Buerckstuemmer T., Bennett K.L., Superti-Furga G., Colinge J. BMC Syst. Biol. 5:17-17(2011) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: IDENTIFICATION BY MASS SPECTROMETRY [LARGE SCALE ANALYSIS]. |
| [21] | "System-wide temporal characterization of the proteome and phosphoproteome of human embryonic stem cell differentiation." Rigbolt K.T., Prokhorova T.A., Akimov V., Henningsen J., Johansen P.T., Kratchmarova I., Kassem M., Mann M., Olsen J.V., Blagoev B. Sci. Signal. 4:RS3-RS3(2011) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: PHOSPHORYLATION [LARGE SCALE ANALYSIS] AT SER-102, MASS SPECTROMETRY. |
| [22] | "Structural characterization of the MIT domain from human Vps4b." Takasu H., Jee J.G., Ohno A., Goda N., Fujiwara K., Tochio H., Shirakawa M., Hiroaki H. Biochem. Biophys. Res. Commun. 334:460-465(2005) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: STRUCTURE BY NMR OF 1-77, DOMAIN, VARIANT MET-58. |
| [23] | "Structural and mechanistic studies of VPS4 proteins." Scott A., Chung H.Y., Gonciarz-Swiatek M., Hill G.C., Whitby F.G., Gaspar J., Holton J.M., Viswanathan R., Ghaffarian S., Hill C.P., Sundquist W.I. EMBO J. 24:3658-3669(2005) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (2.8 ANGSTROMS) OF 123-444, SUBUNIT, INTERACTION WITH VTA1, MUTAGENESIS OF 208-TRP-LEU-209 AND GLY-210. |
| [24] | "Solution structure of MIT domain from human SKD1." RIKEN structural genomics initiative (RSGI) Submitted (NOV-2005) to the PDB data bank Cited for: STRUCTURE BY NMR OF 1-108. |
| [25] | "ESCRT-III recognition by VPS4 ATPases." Stuchell-Brereton M.D., Skalicky J.J., Kieffer C., Karren M.A., Ghaffarian S., Sundquist W.I. Nature 449:740-744(2007) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Cited for: STRUCTURE BY NMR OF 1-86 IN COMPLEX WITH CHMP2B, INTERACTION WITH CHMP1B. |
| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | AF195514 mRNA. Translation: AAG33022.1. AF282904 Genomic DNA. Translation: AAG01471.1. AF038960 mRNA. Translation: AAC39874.1. AY232629 mRNA. Translation: AAP59551.1. CH471096 Genomic DNA. Translation: EAW63143.1. BC039574 mRNA. Translation: AAH39574.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00182728. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_004860.2. NM_004869.3. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.126550. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | O75351. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntAct | O75351. 1 interaction. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| STRING | 9606.ENSP00000238497. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | O75351. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PaxDb | O75351. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PeptideAtlas | O75351. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | O75351. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DNASU | 9525. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENST00000238497; ENSP00000238497; ENSG00000119541. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 9525. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | hsa:9525. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UCSC | uc002lix.3. human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 9525. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneCards | GC18M061056. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC | HGNC:10895. VPS4B. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HPA | CAB046445. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MIM | 609983. gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| neXtProt | NX_O75351. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PharmGKB | PA35795. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenAtlas | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | COG0464. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HOG000225146. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG057074. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | O75351. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KO | K12196. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | AKCAEYL. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG4G1MGD. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhylomeDB | O75351. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Enzyme and pathway databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reactome | REACT_11123. Membrane Trafficking. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | O75351. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CleanEx | HS_VPS4B. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | O75351. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSG00000119541. Homo sapiens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR003593. AAA+_ATPase. IPR003959. ATPase_AAA_core. IPR003960. ATPase_AAA_CS. IPR007330. MIT. IPR015415. Vps4_C. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00004. AAA. 1 hit. PF04212. MIT. 1 hit. PF09336. Vps4_C. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00382. AAA. 1 hit. SM00745. MIT. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00674. AAA. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | O75351. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GenomeRNAi | 9525. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 35700. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | VPS4B_HUMAN | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: O75351 Secondary accession number(s): Q69HW4, Q9GZS7 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
| Disclaimer | Any medical or genetic information present in this entry is provided for research, educational and informational purposes only. It is not in any way intended to be used as a substitute for professional medical advice, diagnosis, treatment or care. | ||||||||
Relevant documents
| Human chromosome 18 Human chromosome 18: entries, gene names and cross-references to MIM |
| Human entries with polymorphisms or disease mutations List of human entries with polymorphisms or disease mutations |
| Human polymorphisms and disease mutations Index of human polymorphisms and disease mutations |
| MIM cross-references Online Mendelian Inheritance in Man (MIM) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

Clusters with
