O35235 (TNF11_MOUSE) Reviewed, UniProtKB/Swiss-Prot
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April 3, 2013.
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| Protein names | Recommended name: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11 Alternative name(s): Osteoclast differentiation factor Short name=ODF Osteoprotegerin ligand Short name=OPGL Receptor activator of nuclear factor kappa-B ligand Short name=RANKL TNF-related activation-induced cytokine Short name=TRANCE CD_antigen=CD254 Cleaved into the following 2 chains: | ||||
| Gene names |
| ||||
| Organism | Mus musculus (Mouse) [Reference proteome] | ||||
| Taxonomic identifier | 10090 [NCBI] | ||||
| Taxonomic lineage | Eukaryota › Metazoa › Chordata › Craniata › Vertebrata › Euteleostomi › Mammalia › Eutheria › Euarchontoglires › Glires › Rodentia › Sciurognathi › Muroidea › Muridae › Murinae › Mus › Mus![]() |
Protein attributes
| Sequence length | 316 AA. |
| Sequence status | Complete. |
| Sequence processing | The displayed sequence is further processed into a mature form. |
| Protein existence | Evidence at protein level |
General annotation (Comments)
| Function | Cytokine that binds to TNFRSF11B/OPG and to TNFRSF11A/RANK. Osteoclast differentiation and activation factor. Augments the ability of dendritic cells to stimulate naive T-cell proliferation. May be an important regulator of interactions between T-cells and dendritic cells and may play a role in the regulation of the T-cell-dependent immune response. May also play an important role in enhanced bone-resorption in humoral hypercalcemia of malignancy. |
| Subunit structure | Homotrimer. Interacts with TNFRSF11A and TNFRSF11B. Ref.9 Ref.10 Ref.11 |
| Subcellular location | Isoform 1: Cell membrane; Single-pass type II membrane protein. Isoform 2: Cell membrane; Single-pass type II membrane protein. Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11, soluble form: Secreted. |
| Tissue specificity | Highly expressed in thymus and lymph nodes, but not in non-lymphoid tissues and is abundantly expressed in T-cells but not in B-cells. A high level expression is also seen in the trabecular bone and lung. |
| Post-translational modification | N-glycosylated. Ref.8 The soluble form of isoform 1 derives from the membrane form by proteolytic processing. The cleavage may be catalyzed by ADAM17. A further shorter soluble form was observed. |
| Involvement in disease | Deficiency in Tnfsf11 results in failure to form lobulo-alveolar mammary structures during pregnancy, resulting in death of newborns. Trance-deficient mice show severe osteopetrosis, with no osteoclasts, marrow spaces, or tooth eruption, and exhibit profound growth retardation at several skeletal sites, including the limbs, skull, and vertebrae and have marked chondrodysplasia, with thick, irregular growth plates and a relative increase in hypertrophic chondrocytes. |
| Sequence similarities | Belongs to the tumor necrosis factor family. |
Ontologies
Alternative products
| This entry describes 3 isoforms produced by alternative splicing. [Align] [Select] | ||||||
| Isoform 1 (identifier: O35235-1) This isoform has been chosen as the 'canonical' sequence. All positional information in this entry refers to it. This is also the sequence that appears in the downloadable versions of the entry. | ||||||
| Isoform 2 (identifier: O35235-2) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 14-44: SSEEMGSGPGVPHEGPLHPAPSAPAPAPPPA → TP | ||||||
| Isoform 3 (identifier: O35235-3) The sequence of this isoform differs from the canonical sequence as follows: 1-117: Missing. |
Sequence annotation (Features)
| Feature key | Position(s) | Length | Description | Graphical view | Feature identifier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule processing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Chain | 1 – 316 | 316 | Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11, membrane form | PRO_0000034516 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chain | 139 – 316 | 178 | Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11, soluble form | PRO_0000034517 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Regions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 1 – 48 | 48 | Cytoplasmic Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transmembrane | 49 – 69 | 21 | Helical; Signal-anchor for type II membrane protein; Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Topological domain | 70 – 316 | 247 | Extracellular Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sites | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Site | 138 – 139 | 2 | Cleavage | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 197 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glycosylation | 262 | 1 | N-linked (GlcNAc...) Potential | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Natural variations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 1 – 117 | 117 | Missing in isoform 3. | VSP_006448 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative sequence | 14 – 44 | 31 | SSEEM…APPPA → TP in isoform 2. | VSP_006449 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental info | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 99 | 1 | D → G in AAC71061. Ref.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 99 | 1 | D → G in AAC40113. Ref.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 99 | 1 | D → G in BAA25425. Ref.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 99 | 1 | D → G in BAA36970. Ref.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 99 | 1 | D → G in BAA97257. Ref.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 99 | 1 | D → G in BAA97259. Ref.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence conflict | 141 – 143 | 3 | Missing in BAA36970. Ref.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helix Strand Turn | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 164 – 169 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 171 – 173 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 177 – 179 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 181 – 183 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 186 – 190 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 194 – 201 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 204 – 207 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 211 – 224 | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 225 – 227 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 233 – 248 | 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 251 – 262 | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 265 – 282 | 18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 286 – 293 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Helix | 295 – 297 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Turn | 302 – 304 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Beta strand | 305 – 313 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequences
| ||||||||||||||||||||||||||||||
References
| « Hide 'large scale' references | |
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| + | Additional computationally mapped references. |
Cross-references
Sequence databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EMBL GenBank DDBJ | AF013170 mRNA. Translation: AAC71061.1. AF019048 mRNA. Translation: AAB86812.1. AF053713 mRNA. Translation: AAC40113.1. AB008426 mRNA. Translation: BAA25425.1. AB022039 Genomic DNA. Translation: BAA36970.1. AB032771 mRNA. Translation: BAA97257.1. AB032772 mRNA. Translation: BAA97258.1. AB036798 mRNA. Translation: BAA97259.1. AK159498 mRNA. Translation: BAE35131.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IPI | IPI00128604. IPI00227894. IPI00875021. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_035743.2. NM_011613.3. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniGene | Mm.249221. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D structure databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PDBe RCSB PDB PDBj |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProteinModelPortal | O35235. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMR | O35235. Positions 161-316. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ModBase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein-protein interaction databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DIP | DIP-59480N. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PTM databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | O35235. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIDE | O35235. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protocols and materials databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| StructuralBiologyKnowledgebase | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome annotation databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | ENSMUST00000022592; ENSMUSP00000022592; ENSMUSG00000022015. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneID | 21943. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KEGG | mmu:21943. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism-specific databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CTD | 8600. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MGI | MGI:1100089. Tnfsf11. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phylogenomic databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| eggNOG | NOG40842. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GeneTree | ENSGT00530000063443. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOGENOM | HOG000132981. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HOVERGEN | HBG054257. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InParanoid | Q3TWY5. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KO | K05473. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OMA | GKLIVNQ. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| OrthoDB | EOG4FTW12. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Bgee | O35235. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genevestigator | O35235. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GermOnline | ENSMUSG00000022015. Mus musculus. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Family and domain databases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gene3D | 2.60.120.40. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InterPro | IPR006052. TNF. IPR017355. TNF_ligand_10/11. IPR008983. Tumour_necrosis_fac-like_dom. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pfam | PF00229. TNF. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PIRSF | PIRSF038013. TNF10_TNF11. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMART | SM00207. TNF. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SUPFAM | SSF49842. TNF_like. 1 hit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROSITE | PS00251. TNF_1. False negative. PS50049. TNF_2. 1 hit. [Graphical view] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ProtoNet | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ChiTaRS | TNFSF11. mouse. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EvolutionaryTrace | O35235. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NextBio | 301584. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PMAP-CutDB | Q3TWY5. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SOURCE | Search... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry information
| Entry name | TNF11_MOUSE | ||||||||
| Accession | Primary (citable) accession number: O35235 Secondary accession number(s): O35306 Q9R1Y0 | ||||||||
| Entry history |
| ||||||||
| Entry status | Reviewed (UniProtKB/Swiss-Prot) | ||||||||
| Annotation program | Chordata Protein Annotation Program | ||||||||
Relevant documents
| MGD cross-references Mouse Genome Database (MGD) cross-references in UniProtKB/Swiss-Prot |
| PDB cross-references Index of Protein Data Bank (PDB) cross-references |
| SIMILARITY comments Index of protein domains and families |

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